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• Les peptides dupliqués issus d'un même requête n'étaient pas pris en compte dans les grouping (et donc rattachés à aucune protéine). Permet de filter ou non ces peptides lors du parse de .dat (#3987)
• Export XLS : Ajout de l'expectation value des peptides (#5792)+ Residue avant/apres pour les peptides dupliqués d'une même query (#4849)
• Ajout du filtre des protéines (en fonction du nombre de peptides & leur score) dans IRMa Batch/auto (#6149)

* renomme “prec. intensity” en “TIC MSMS” dans la table des peptides…

Compatible with MSIdb E.2. (for E.series, still and D.3 & D.4 for D.series)

• Add leaves_match_count properties in MSIdb (version E.2). In order to increase speed for further algorithm (spectral case for instance : issue #4575)
• Exception if search settings contained Fixed PTM on multiple residues. ( issue #4393)

• Error in ambiguous peptides set update when running Single Peptide Per Query Filter ( issue #4524)
• Log change : When running Change Master Filter, if this operation needs ambiguous peptides to be deleted in a proteins group and these peptides belongs to other proteins groups as significant, a Warning message is displayed in log.

• encoding problem in XLS export (issue #4279)

• Query filter, error in query assignment (Issue #4013)

• Feature #835 : NEW Filter! False Positive Rate Seeker filter. See filter documentation and script documentation to know more about its usage.
• Feature #835 : NEW Filter! Single match per query Filter. See filter documentation and script documentation to know more about its usage.
• Features #2684 & #2685 : adding infos about specific peptides number and some other infos (#significant, #specific significant, Spectral count and Spectral count specific) in graphical mode and in excel export :
  • All are added for Subset and Sameset proteins
  • #specific significant and Spectral count specific added for Typical proteins (as the others already exist)
• Feature #3619 : Precursor intensity is now displayable and exportable (in excel and MSIdb) if available in .dat file. Click on the square button in upper right corner of a peptide table to show the column.

• Issue #2771 : In excel export Subset proteins no longer have the spectral count of the master protein
• Issue #3662 : Fixed PTMs are now displayed
• Issue #3766 : Statistics curves cannot anymore go below 0 (happened in rare cases).
• Issue #3845 : Log of DeltaMassFilter no longer list all properties, just used ones.

• Task #3448: code refactoring for precursor quantification export

• Feature #3436 : read and export relevant mark onto quantification data, from .rov file

• Issue #3450 : Quantitation data export : incoherence in peptide_ion
• Issue #3451 : Fake quantitation data (with NaN values) are exported

• Issue #3111 : Sometimes error (OutOfMemory error) occur while exporting to MSIdb

• Feature #2400 : 64bits compatibility (see installation guide how to do)

• Issue #2707 : Fragments and matches compute have errors
• Issue #1807 : Same .ROV can be export twice in MSIdb
• Issue #1957 : PTMs duplication for the same peptide
• Issue #2624 : Context name from ROV file are cryptic
• Issue #3054 : Problem with quantification component set when exporting in MSIdb

• Issue #1997 : Can't choose db version for db export in scripts, default is versions “D” ⇒ It's now possible with a new export.DB parameter. See Scripts documentation, Database Export part for more info on how to.
• Issue #2035 : DB Model script has some minor errors
• Issue #2042 : vE.1 data export failing for newly created DB
• Issue #2043 : vD.4 data export failing for some DB

• Feature #947 : Add same set count and sub set count in excel export.
• New MSI db version and Quantitation data support
  • #1642, #1782 : Support MSIdb version E.1
  • #1640 : Export quanti information in MSIdb
  • #1641 : Export multibase searches in MSIdb
  • #1771 : Add DB export of quality parameter from rov file
  • #1783 : Add scripts command for XLS quantitation data export
  • #1797, #1798 : Export in MSIdb unidentified peptides in MSIdband quality parameter for Precursor quanti method
  • #1832, #1833 : XLS export using script : Allowing missing column definition and simplify script if needed

• Issue #1471 : Error saving identification with long taxonomy name
• Issue #1636 : Bug opening .dat file with quanti 15N
• Issue #1787 : XLS Export - Batch : Changing charge index only change title
• Issue #1795 : Erreur if cancel filter when opening a new mascot identification
• Issue #1808 : Wrong delta mass filter Info in excel file
• Issue #1834 : XLS export not correct if .dat with N15 quanti

• Issues #1849 : Error when exporting to a MSI db version D.3 using IRMa Batch
• Issue #1848 : Error in Excel statistical sheet

• Demand #1819 : Integrate a new SpeL 1.6.1 release

• Demand #1791 : Integrate SpeL 1.6.0 wich include ProteomeCommons library

• Demands #1507 and #1643 : Greatly improve IRMa application and IRMa batch stability in case of several identification processing
• Demand #1077 : Peptide charge is now display in interface and exported in xls exports. BEWARE : update your scripts to add the following line for “protein details” AND “all peptides” sheets. Even if you don't want to export charge data (in this case set to true the “hidden” parameter)

<column index="17" title="Charge" hidden="false" key="xls.peptidecolumn.charge.title"/>

• Quantification :
  • Demand #1373 and #1656 : Intensity retrieving for reporter and precursor quantification (see this page for more information on intensity correction in precursor quantification method)
  • Demand #1476 : Retrieve, display and export (into xls) the unidentified peptides found in .rov files. These peptides are search by Mascot Distiller based on identified peptides and by varying the charge or by searching a missing component (for example : just the “light” component has been identified, Distiller will search the “heavy” component).
  • Demand #1477 : Retrieve, display and export (into xls) the ratio's quality parameter given in .rov files.
  • Demand #1501 : Adds the possibility to choose to export (into xls) the quantification data and the unidentified peptides. See XLS preferences window into IRMa application.

• Issues #616, #1135 and #1658: Memory crash in IRMa Batch ⇒ see above for demands #1507 and #1643
• Issue #1637 : IRMa batch log window can be too big (in number of character)
• Issue #999 : In IRMaApp, protein tab : the displayed “#peptide” included all peptide type. Now two column give the #relevant and #duplicated peptides
• Issue #1419 : Filter description/history were wrong if a filter is done twice with different parameters
• Issue #1509 : If a filter is cancelled the filter description/history display a NullFilter
• Issue #1429 : Mascot version set to something else than 2.1 : Protein information like pI and molecular weight are not retrieved
• Issue #1430 : If a search is done on multiple databank the protein view did not display information for protein of the second databank
• Issue #1770 : If a search is done on multiple databank : second databank's proteins don't have annotations
• Issue #1520 : For peptide matches filters : for a group of peptides (relevant + its duplicated), if the relevant peptide didn't pass the filter and set to ambiguous all its duplicated are set to ambiguous too, even if some of them pass the filter.
• Issue #1627 : Sometimes the prediction of FDR (via statistics window) for delta mass threshold variation is not correct.
• Issue #1635 : If a protein sequence has change in databank between the search time and the IRMa processing time, sometimes the application bug (Now the user is warned about the problem and for which protein its happened)
• Issue #1637 : If two .dat with same quantification method are opened one after the other the displaying bugged

• Issue #1576 : Excel sheet size bug

• Demand #1512 : Possibility to export MGF in IRMa batch and auto ⇒ new script command “export.MGF”, see script page for more information

• Issue #1461 : Excel sheet size exceeded for Similar proteins sheet (cf previous fixed issue in 1.25.0 #1326)
• Issue #1498 : Warning about Component column during Excel export
• Issue #1502 : Export Excel bug with precursor quantitation method in IRMa batch
• Issue #1505 : Export Excel : for the Similar protein sheet : Some case where subset title shown even if there is non subset
• Issue #1510 : Delta mass filter statistics tab stay with the data before any filter
• Issue #1511 : Not enough decimal shown for the FPR in statistics page

• Demand #1385 : Mascot 2.3 compatible
• Demand #1385 : Multi-base searching : start of integration ⇒ information integrated in application, batch, auto, excel export BUT not exportable in MSIdb and not savable in .irma project.
• Demands #1386 and #1412 : Distiller file .rov openable with IRMa (application, batch and auto)
• Demands #1188, #1325, #1364, #1409, #1415, #1422 Quantitation :
  • reading of quantitation ratio given by mascot server (for reporter quantitation method, iTRAQ for example)
  • reading of quantitation ratio given in distiller .rov file (for precursor quantitation method, 15N for example)
  • displaying these ratio in interface and in the excel export BUT not in MSIdb and in .irma project
  • export of “Component” column in Excel export

• Issue #1326 : Export data too big for excel sheet (Bug “Invalid row number (-32768) outside allowable range (0..65535)”).

• Demand #15 : the log can now be easily accessed
• Demand #1083 : the used script is dumped into the log to be verified after the execution
• Demand #1145 : the usage of Typical protein filter (old Master protein filter) is easiest. See script page for more information or “sample_script1.xml” and “sample_script4.xml” in the “/auto” directory for examples.

• Demand #1000 : Used filters are now stored. Can be accessed in
  • IRMa application (Tools⇒Filter⇒Filter history),
  • MSIdb (stores as properties of identification)
  • Excel exports (in the first sheet).
• Demand #1116 : The number of total sequences and number of searched sequences (for the wanted Taxonomy) in the requested Mascot database can be accessed in
  • IRMa application (in the “Search” tab)
  • MSIdb (in new fields of “search_settings” and “database” tables)
  • Excel export (in the first sheet)

• Issue #753 : Mascot server URL can be set in scripts for batch modes and relies anymore on an execution of IRMa application.

• Bug exporting to PDF or viewing peptide fragmentation details.

• IRMa Batch
  • Proteins Filters by accession didn't work.
  • Error when filtering protein groups using peptides count

• Adding some tools in statistics panel :
  • repartition of the delta masses of all PSM.
  • a graph representing the way the FPR will vary if you filter on different parameters (delta mass, score, number of ion, etc…)
• Close demand #253 : Adding information on position of variable modifications and on ion origin.
• Close demand #10 : Possibility to define own database URL pattern in the databaseURL.properties file.
• Close demands #297 and #531 : Adding a Peptide Sequence Match filter : Filtering on delta masses.
• Close demand #528 : Changing the way the filter on Master Protein works : now you can define upon 9 rules (example of a rule : master protein must have “SP” in their accession number) and compose them.
• Protein group filter : delete protein groups based on the number of specific peptides identified in this group.
• Suppression of the PSM filter on peptides number.

• Close issue #16 : Update problem on protein table
• Close issue #145 : Coverage rate calculation problem on protein master changing
• Close issue #553 : Pretty rank definition correction to fully correspond to mascot one
• Close issue #554 : Problem with some unassigned peptides which have a pretty rank 1 associated with a hits
• Close issue #615 : Problem with spectra annotation in case of quantitation search.

• Close issue #552 : Coverage value is equal to mass in xls export.

• Error in VBScript (on some system)
• Error when using expression filter with no expression
• Close issue #130 : IRMa project name is displayed in Search Panel
• Close issue #198 : export similair proteins is not enabled by default
• Close issue #302 : XLS file overwritten if export in file without specifying extension
• Close issue #11 : export subset treshold & FPR in parse values worksheet
• Close issue #18 and #288: Save last directory opened for each file type (can specify if last directory is for each file type or for all in preferences)
• Add Spectral Count (relevant+duplicated) information un summary page in XLS export
• Make XLS export compatible even with script generated for older IRMa

• Export retention time in XLS format
• New MSI Version D.2 : match PK modification
• Modify AMT view according to current MSI model + let them in public schema (allow sql queries with software working on schema !)
• autoIRMa return error code and use them in VBScript
• autoIRMa VBScript creates 2 log file : summary and detailed
• Add a tab in statistic dialog window where delta mass distribution is displayed.

• Error when building fragmentation information, mass tolerance was assumed to be in Da but could be in mmu

• Take into account Mascot quantitation methods
• New MSI db model (Version D1) :
  • peptide_group
  • context
  • properties could be associated to most of concept
    • context, identification, hits/protein_group, proteins in hit/protein_group_content, run
• Allow www.matrixscience.com as Mascot server URL in preferences

• Use transaction while writing in DB

• Possibilité de faire remonter en master proteine une proteine same-set qui correspond à une expression régulière donnée. Ceci n'est appliqué que si la proteine master ne matche pas déjà l'expression régulière.
• Possibilité de supprimer les hits qui contiennent des protéines correspondant à une expression régulière donnée. Tout le hit est supprimé si la proteine master et toutes les protéines same-set matchent avec l'expressio régulière.
• Possibilité de “rejouer” certaines traces de log :
  • changement de groupe d'un peptide (ambigu, significatif, etc)
  • suppression d'un hit
  • merge de protein hits
• Les fichiers .irma contiennent désormais les paramètres de filtre et de parse qui ont été utilisés, ces informations sont donc correctement exportées dans les MSI et XLS si on repart d'un .irma.
• Le modèle d'export des MSI est modifié : il contient tous les paramètres de filtre et de parse qui ont été utilisés ainsi que la version d'IRMa utilisée pour la validation et les protéines similaires / master sont représentées différemment dans le modèle. Cela signifie qu'une migration des MSIdb existantes est nécessaire.
• Export des valeurs statistiques calculées : les PSM (peptide-spectrum-match) sur les proteines reverse et forward, le taux de faux positifs et les décomptes de spectres assignés ou non.
  • sous la forme d'une nouvelle page “statistiques” pour Excel
  • sous la forme d'enregistrement des tables “settings_data” et “property” dans les MSI db.
• Mode Batch
  • Le format XML pour les scripts est différents, en particulier à cause des parametres des filtres et de parse (uniformisation des parametres de filtre et de parse)
  • Possibilité d'utiliser le mode batch en partant d'un .irma et plus seulement d'un .dat

• Export XLS : si une protein subset ne comporte aucun peptide significatif, cette protéine n'est pas exportée.
• Export MSIdb : si une proteine ne comporte aucun match elle n'est pas exportée

• Changement de master Protein : si l'identification etait relue depuis un fichier .irma, le changement de master provoquait une erreur.

• Mode Batch/Auto : les valeurs spécifiées pour le filtre n'etaient pas appliquées.
• Export XLS : erreur d'export de la feuille “Annotations” lorsque l'identification ne contient plus aucun hit (protein group)

• Propriétés des protéines : calcul de diverses valeurs concernant les protéines (emPAI, SC, #peptides, etc)
• Export XLS
  • ajout d'une colonne “nombre de hits” pour les peptides
  • ajout d'une colonne emPAI dans la feuille résumé des proteines
  • ajout d'une feuille “brouillon” qui contient diverses propriétés calculées pour les protéines master
  • feuille “similar proteins” : les master protéines des protein group qui n'ont ni subset ni sameset sont tout de meme exportées
• Mode Batch
  • permet d'executer IRMa en boucle sur une liste de fichiers .dat à partir d'un script autoIRMa
• autoIRMa
  • Modification du fonctionnement d'autoIRMa : il n'est plus nécessaire d'écrire dans le système de préférences de l'utilisateur les valeurs qui doivent être utilisées : on utilise un script XML qui décrit non seulement l'enchainement des opérations mais également les paramètres qui doivent être utilisés lors de ces différentes étapes.

• Lors du changement de master d'un protein group il y avait un bug si la masse de la nouvelle master était 0
• Lors du merge de deux protein group, si un peptide ambigu exite dans les 2 protein group qui vont être mergés, il est conservé
• emPAI : pour obtenir des valeurs identiques à celles de Mascot, le nombre de peptides observables est un réél et non plus un entier
• Un dialogue de confirmation est affiché si on tente d'enregistrer sur un fichier existant (pour les différentes exports et sauvegardes)
• amélioration des traces de log (plus verbeux, mais plus complet)

• Option : Read only master protein sequences: provoquait un plantage d'IRMa

• Filtrage :
  • il est désormais possible de filtrer un résultat d'identification après avoir ouvert l'identification dans IRMa. De ce fait plusieurs filtres peuvent être appliqués. Toutefois, seul le premier filtre appliqué est décrit dans les exports (PDF et DB).
  • Ajout d'un filtre pour déclarer ambigus les peptides qui ne portent pas une ou des modifications (autrement dit : modification variable obligatoire …)
• Calcul de la valeur de l'emPAI et affichage de cette valeur ainsi que des valeurs qui servet à calculer l'emPAI (nombre de peptides observés, nombre de peptides observables).

• Parse :
  • Lorsque le nombre de proteines sub set est trop important, le parser de Matrix Science plante. Il est désormais possible de réduire le nombre de ces proteines en spécifiant le threshold de score de ces protéines par rapport au score de la master proteine.

• Export Queries :
  • Erreur lors de la création des groupes de queries en fonction de leur status (unassigned queries / unassigned peptides / ambiguous …) lors de l'export des queries
  • Certains spectres n'étaient pas retrouvés dans les fichiers MGF d'origine lorsque plusieurs état de charge sont spécifiés dansle fichier MGF. La comparaison se fait aussi sur le “title” associé aux spectres

• Statistiques sur le nombre de spectres assignés ou non.

• Problème lors du calcul de la masse des protéines à partir de leur séquence.
• Impossible de relire un projet IRMa sauvegardé avec les options : ne pas sauvegarder les unassigned query et/ou unassigned peptides. Cette option est pour le moment supprimée.
• Lors de l'export PDF ou de la visualisation des informations de fragmentation d'un peptide: lève une exception dans le cas ou le fichier résultat de Mascot n'est pas accessible !
• Erreur lors de la sauvegarde de la méthode de quantification spécifiée lors de la recherche Mascot (Le nom de la méthode n'était pas sauvegardé).

• Prise en compte des modifications induites par le type de quantification choisi pour la recherche Mascot (quantitation parameter). Ces modifications sont soit des modifications fixes soit des modifications variables. Dans la page résumé de IRMa, on voit donc maintenant apparaitre la quantification et dans la liste des modifications (fixes et variables) on retrouve les modifications explicitement spécifiées et celles induites par la quantification. Dans les tableaux de peptides (relatifs aux hits), les peptides comprenant au moins une modification dûe au type de quantification sont affichés en italic.
• Distribution du modèle de la base de données pour exporter les identifications et ajout d'une version à ce modèle.
• Demande confirmation à l'utilisateur lors de la suppression ou du merge depuis la page protein group

• Lorsqu'un type de quantification était sélectionné lors de la recherche Mascot, IRMa levé une exception.
• Export PDF : certains peptides n'étaient pas exportés même si on choisi de tout exporter.

Voir le fichier changeNotes.html de la distribution …