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Dans les cas de quantification avec précurseur pré-traitées par Mascot Distiller il existent un certains nombre de problèmes liés aux ratios.
Distiller ne parle jamais d'intensité mais toujours de ratio, celui(ceux) défini dans la méthode de quantification du serveur Mascot. Du côté IRMa, ou plutôt MSIdb il est prévu de ne pas parler de ratios mais seulement des intensités, les ratios pouvant être facilement recalculé comme on veux grâce aux intensités.

L'interface de Distiller n'affiche pas du tout d'intensité mais celles-ci sont quand même présentes dans le fichiers .rov ⇒ Dans l'élément < absoluteValue /> de chaque < partner />, attribut “value” ou “value_b”.

Problème (sauf si l'on a choisi des 'Simple ratio') : lorsque l'on fait le rapport des deux valeurs comme indiqué dans le ratio (par exemple “L/H” pour “partner light/partner heavy”) on ne tombe pas du tout sur la même valeur…

Ceci s'explique par le fait que Distiller recalcule un ratio à partir de la méthode des moindres carrés (voir ici). Il prend toutes les intensités qui lui ont permis de calculer les < absoluteValue /> (=toutes les intensités des spectres compris entre XICPeakStart et XICPeakEnd) et ce pour les deux < partner /> pour chaque spectre. Fait un nuage de point de ces valeurs avec en abscisse le partner H (si c'est lui qui est en dénominateur) et en ordonnée les valeurs du partner L.

La méthode des moindres carré va lui permettre de tracé un droite “moyenne” mettant d'accord tout les points (en gros). Cette droite à pour équation y = a + bx. Et b (la pente de la droite) sera le ratio qu'affichera Distiller. Illustration à partir des données extraite du xml ci-dessous (le dessin de la droite est faite au jugé)

Nous avons donc au final un ratio qui ne correspond à aucun rapport d'intensité “réelle”, donc pour un ratio = L/H, on ne peut pas retrouver L et H.

La solution choisie et proposée par Matrix science (l'éditeur de Mascot Distiller) est de “corriger” une intensité d'un des partenaire à l'aide de l'intensité de l'autre et du ratio. En gros, on a l et h les intensités donnés pour chaque partenaire et b le ratio. l/h != b mais l'/h = b si l' = bxh.

Une fois que l'on a récupéré les intensités et les avoirs attribuées aux partenaires (component) on les corrige. Problèmes, le cas L/H = b est le plus simple. Mais on peut avoir (2L+3H)/5H = b, (L+P)/H = c, P/F = d et F/G = e. Donc :

• il peut y avoir plusieurs ratios et plus de deux partenaires (voir le contenu de la méthode de quanti)!
  • une intensité A qui a corrigé une intensité B ne doit pas être corrigé par une intensité C ensuite car sinon le ratio A/B n'est plus cohérent!
  • idem, une intensité ne doit pas être corrigé deux fois
  • cas possibles (légende : 2 valeurs comprise dans un ratio, “corrigée” = valeur déjà corrigée; “correcteur”=valeur ayant corrigé une autre):
    • 1 corrigée/correcteur + 1 corrigée/correcteur = erreur
    • 1 corrigée/correcteur + 1 corrigée = erreur
    • 1 corrigée/correcteur + 1 correcteur = erreur
    • 1 corrigée/correcteur + 1 (rien) = bon
    • 1 corrigée + 1 correcteur = erreur
    • 1 corrigé + 1 (rien) = bon
    • 1 correcteur +1 (rien) = bon
• il peut y avoir plus de deux partenaires par ratio (plus d'un numérateur et plus d'un dénominateur), ce qui, avec les coefficient possiblement appliqué à chaque partenaire, peut complexifié énormément les équations
  • Dans ce cas on considère que l'on ne peut pas le traiter ⇒ Exception

Nota : la valeur “displayIntensity” de < peptideMatch / >, qui est la somme des “value” des < absoluteValue /> de chaque partenaire, deviens “fausse” si il y a correction.