HHsearch 1.5 NAME protein:vir:8818 # supfam: gp2.5 # Length: 186 # NCBI annotation: hypothetical protein # Family: family:all:27043 # MgeID: mge:158 # MgeName: PaP3 # Cross-refs: genbank:acc:NP_775226;genbank:gi:27476024;genbank:GeneID:2700573 FAM FILE tmprsG-dc COM /home/guerois/programs/hhsearch/hhmake -i /tmp/tmprsG-dc.a3m -seq 10 -id 90 DATE Sun Apr 26 10:18:04 2009 LENG 186 match states, 186 columns in multiple alignment FILT 1 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4200 -0.5570 SEQ >ss_pred PSIPRED predicted secondary structure CCCCCCHHHCCCHHHHHCCEEECCCCCCCCEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEECCCCEEEEEEHHHHCCCHHHCCCCCHHHCCCEEEE CCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCEEEEEEEECEEEEEEECCCCCCCCCEECCCCCCCCCCCCHHCCCCCCCCCCCC >ss_conf PSIPRED confidence values 9610001101112452101122477764607889986237022578887530134303445775103650323210000011232242000100223661 38887788888888765157898615687654205775540402110001688866750147756544672000146667446789 >Consensus mskkvsqrftfpvaklifpyivtpdteygevyqvticiptkeqadelvakmeskdarlkgtikyterdgeflfkvkqkkhvdwmqdgerksavmkpivlt sdnkpydgpnpwggstgevgilietqkgargkgtitalrlrgvrlheivsggdgeddplfgggfteeedkpedvfgedfddedapi >protein:vir:8818 Length: 186 # NCBI annotation: hypothetical protein # Family: family:all:27043 # MgeID: mge:158 # MgeName: PaP3 # Cross-refs: genbank:acc:NP_775226;genbank:gi:27476024;genbank:GeneID:2700573 MSKKVSQRFTFPVAKLIFPYIVTPDTEYGEVYQVTICIPTKEQADELVAKMESKDARLKGTIKYTERDGEFLFKVKQKKHVDWMQDGERKSAVMKPIVLT SDNKPYDGPNPWGGSTGEVGILIETQKGARGKGTITALRLRGVRLHEIVSGGDGEDDPLFGGGFTEEEDKPEDVFGEDFDDEDAPI # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 K 3 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 K 4 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 V 5 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 S 6 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 7 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 R 8 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 F 9 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 T 10 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 F 11 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 P 12 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 V 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 A 14 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 K 15 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 I 17 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 F 18 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 P 19 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 20 0 * * * * * * 1000 0 0 I 21 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 V 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 T 23 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 P 24 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 D 25 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 T 26 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 E 27 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 28 0 * * * * * * 1000 0 0 G 29 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 E 30 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 V 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 32 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 33 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 V 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 T 35 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 I 36 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 C 37 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 I 38 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 P 39 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 T 40 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 K 41 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 43 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 A 44 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 D 45 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 E 46 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 L 47 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 V 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 A 49 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 K 50 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 M 51 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 E 52 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 S 53 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 K 54 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 D 55 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 A 56 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 R 57 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 L 58 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 K 59 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 G 60 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 T 61 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 I 62 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 K 63 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 64 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 64 0 * * * * * * 1000 0 0 T 65 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 E 66 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 R 67 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 D 68 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 G 69 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 E 70 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 F 71 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 L 72 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 F 73 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 K 74 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 V 75 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 K 76 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 77 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 K 78 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 K 79 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 H 80 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 V 81 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 D 82 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 W 83 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 M 84 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 85 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 D 86 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 G 87 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 E 88 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 R 89 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 K 90 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 S 91 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 A 92 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 V 93 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 M 94 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 K 95 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 P 96 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 I 97 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 V 98 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 L 99 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 T 100 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 S 101 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 D 102 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 N 103 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 K 104 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 P 105 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 106 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 106 0 * * * * * * 1000 0 0 D 107 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 G 108 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 P 109 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 N 110 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 P 111 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 W 112 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 G 113 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 G 114 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 S 115 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 T 116 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 G 117 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 E 118 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 V 119 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 G 120 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 I 121 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 L 122 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 I 123 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 E 124 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 T 125 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 126 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 K 127 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 G 128 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 A 129 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 R 130 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 G 131 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 K 132 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 G 133 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 T 134 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 I 135 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 T 136 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 A 137 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 L 138 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 R 139 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 L 140 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 R 141 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 G 142 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 V 143 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 R 144 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 144 0 * * * * * * 1000 0 0 L 145 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 H 146 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 E 147 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 I 148 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 V 149 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 149 0 * * * * * * 1000 0 0 S 150 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 G 151 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 G 152 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 D 153 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 G 154 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1000 0 0 E 155 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1000 0 0 D 156 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1000 0 0 D 157 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1000 0 0 P 158 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 L 159 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 F 160 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1000 0 0 G 161 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1000 0 0 G 162 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 G 163 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 163 0 * * * * * * 1000 0 0 F 164 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 164 0 * * * * * * 1000 0 0 T 165 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 165 0 * * * * * * 1000 0 0 E 166 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 166 0 * * * * * * 1000 0 0 E 167 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 167 0 * * * * * * 1000 0 0 E 168 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 168 0 * * * * * * 1000 0 0 D 169 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 169 0 * * * * * * 1000 0 0 K 170 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 170 0 * * * * * * 1000 0 0 P 171 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 171 0 * * * * * * 1000 0 0 E 172 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 172 0 * * * * * * 1000 0 0 D 173 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 173 0 * * * * * * 1000 0 0 V 174 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 174 0 * * * * * * 1000 0 0 F 175 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 175 0 * * * * * * 1000 0 0 G 176 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 176 0 * * * * * * 1000 0 0 E 177 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 177 0 * * * * * * 1000 0 0 D 178 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 178 0 * * * * * * 1000 0 0 F 179 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 179 0 * * * * * * 1000 0 0 D 180 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 180 0 * * * * * * 1000 0 0 D 181 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 181 0 * * * * * * 1000 0 0 E 182 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 182 0 * * * * * * 1000 0 0 D 183 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 183 0 * * * * * * 1000 0 0 A 184 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 184 0 * * * * * * 1000 0 0 P 185 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 185 0 * * * * * * 1000 0 0 I 186 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 186 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //