userguide:ihm
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| Line 7: | Line 7: | ||
| ==== Browse protein hits ==== | ==== Browse protein hits ==== | ||
| - | Sur la partie gauche, ce navigateur représente sous la forme d'une hiérarchie de hits les différents élements de l'identification : | + | Hierarchical representation of protein hits : |
| * protein hits {{:userguide:protein.png|}} | * protein hits {{:userguide:protein.png|}} | ||
| * peptides {{:userguide:peptide.png|}} | * peptides {{:userguide:peptide.png|}} | ||
| Line 15: | Line 15: | ||
| === Protein Hit details === | === Protein Hit details === | ||
| - | La vue la plus utilisée est celle qui détaille le contenu d'un hit. Les informations suivantes sont visibles dans cette vue : | + | This pane displays the proteins and the set of peptides collapsed into the selected hit : |
| - | * La description de la proteine principale, son score, masse, pI, couverture, etc. | + | * The "main" protein details : description, score, mass, pi, coverage, etc. |
| - | * La liste des protéines qui matchent pour un même ensemble ou pour un sous ensemble des peptides. | + | * The collection of proteins matching the same set of peptides or a sub-set of this peptides. |
| - | * Les peptides qui matchent pour ce hit. | + | * The set of peptides collapsed into this hit according to their category : significant, ambiguous or duplicated. |
| - | * Une liste d'annotation obtenu pour la protéine principale | + | * Some additional informations associated to the "main" protein (emPAI, ...) |
| {{ :userguide:irma_prot.png |}} | {{ :userguide:irma_prot.png |}} | ||
| - | Une barre d'outil permet de : | + | At the top of this pane, a toolbar allow users to : |
| - | * obtenir la vue Mascot de la protéine (protéine view) {{:userguide:viewpg.png|}} | + | * access Mascot Protein View page{{:userguide:viewpg.png|}} |
| - | * accéder à la description de la protéine dans une banque public {{:userguide:webprotein.png|}} | + | * access protein description provided by public datasource {{:userguide:webprotein.png|}} |
| - | * de supprimer le hit dans le cas où il n'y a plus de peptides significatifs pour celui-ci | + | * delete the selected hit from the result if it does not contains any more significant PSM |
| - | * de regrouper le hit avec uin autre dans le cas où il n'y a plus de peptides significatif spécifique à ce hit. | + | * group the selected hit with another one if IRMa detect that the set of PSM classified as significants is a subset of PSM belonging to another hit. |
| - | De plus, il est possible à tout moment de changer de protéine principale en en sélectionnant une nouvelle dans la liste des protéines qui matchent pour un même ensemble de peptide. Cliquer avec le bouton droit sur la protéine désirée et choisir de la passer en protéine principale. | + | The user can replace the main protein by choosing another protein among the list of proteins identified by the same set of PSM (right-clic on the protein you want to set as the new "main" protein). |
| - | Au niveau des peptides, il est possible d'effectuer les opérations suivantes sur cette vue : | + | By selecting a PSM, users can : |
| - | * Obtenir la vue Mascot d'un peptide (peptide view) via une connexion au serveur Mascot. Pour ce faire, il faut sélectionner un peptide dans l'un des tableaux et presser la barre d'espace. | + | * Acces Mascot peptide view (select PSM and press space bar or rigth-clic for contextual menu). |
| - | * Invalider un peptide en sélectionnant un ou plusieurs peptides dans le tableau des peptides significatifs et en pressant la touche A (pour Ambigu). | + | * Classify a ambiguous a selected PSM (select PSM and press A for Ambiguous). |
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| === Query details === | === Query details === | ||
| - | On retrouve ici, pour la query couramment sélectionnée, la liste des 10 peptides qui ont matchés. Pour chacun de ces peptides, il est possible de visualiser le spectre annoté et le tableau des ions fragments. | + | |
| + | Displays potential peptide sequence matches of the selected query. Right-clic on a PSM to display the annotated spectra of the selected peptide and the ion fragment matches. | ||
| === Search Parameters === | === Search Parameters === | ||
| - | Regroupe les informations sur la recherche Mascot : base utilisé, fichier soumis, taxonomie ... | + | |
| + | Informations about the search : taxonomy, parameters, source file, etc. | ||
| === Proteins List === | === Proteins List === | ||
| - | Liste de toutes les protéines principales identifiée avec leur description, leur score et le nombre de peptides ayant | ||
| - | **__La partie droite__** (navigation par query) représente sous la forme d'une hiérarchie de query de l'identification : | + | For each hit in the identification result, display accession, description, score, matches count, etc of the main protein |
| - | * les query {{:userguide:query.png|}} | + | |
| - | * les peptides {{:userguide:peptide.png|}} | + | |
| - | * les hits {{:userguide:protein.png|}} | + | |
| - | La barre d'outils placée en haut de la fenêtre permet de réaliser les opérations suivantes : | + | **__right pane__** (query-centric browser) hierarchical representation of the queries : |
| + | * queries {{:userguide:query.png|}} | ||
| + | * peptides {{:userguide:peptide.png|}} | ||
| + | * hits {{:userguide:protein.png|}} | ||
userguide/ihm.1259662941.txt.gz · Last modified: 2009/12/01 11:22 by 132.168.73.124
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