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L'interface graphique d'IRMa est composé de deux panels de navigation à gauche et à droite de la fenêtre et d'un ensemble de vues détaillées au centre.
Sur la partie gauche, ce navigateur représente sous la forme d'une hiérarchie de hits les différents élements de l'identification :
La fenêtre centrale est dédiée aux vues détaillées des éléments de l'identification.
La vue la plus utilisée est celle qui détaille le contenu d'un hit. Les informations suivantes sont visibles dans cette vue :
Une barre d'outil permet de :
De plus, il est possible à tout moment de changer de protéine principale en en sélectionnant une nouvelle dans la liste des protéines qui matchent pour un même ensemble de peptide. Cliquer avec le bouton droit sur la protéine désirée et choisir de la passer en protéine principale.
Au niveau des peptides, il est possible d'effectuer les opérations suivantes sur cette vue :
On retrouve ici, pour la query couramment sélectionnée, la liste des 10 peptides qui ont matchés. Pour chacun de ces peptides, il est possible de visualiser le spectre annoté et le tableau des ions fragments.
Regroupe les informations sur la recherche Mascot : base utilisé, fichier soumis, taxonomie …
Liste de toutes les protéines principales identifiée avec leur description, leur score et le nombre de peptides ayant
La partie droite (navigation par query) représente sous la forme d'une hiérarchie de query de l'identification :
La barre d'outils placée en haut de la fenêtre permet de réaliser les opérations suivantes :