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L'interface graphique
L'interface graphique d'IRMa est composé de deux panels de navigation à gauche et à droite de la fenêtre et d'un ensemble de vues détaillées au centre.
La partie gauche (navigation par protéines) représente sous la forme d'une hiérarchie de hits les différents élements de l'identification :
- les hits
- les peptides
La fenêtre centrale est dédié aux vues détaillées des éléments de l'identification. La vue la plus utilisée est celle qui détaille le contenu d'un hit. Les informations suivantes sont visibles dans cette vue :
- La description de la proteine principale, son score, masse, pI, couverture, etc.
- La liste des protéines qui matchent pour un même ensemble ou pour un sous ensemble des peptides.
- Les peptides qui matchent pour ce hit.
Il est possible d'effectuer les opérations suivantes sur cette vue :
- Obtenir la vue Mascot d'un peptide (peptide view) via une connexion au serveur Mascot. Pour ce faire, il faut sélectionner un peptide dans l'un des tableaux et presser la barre d'espace.
- Invalider un peptide en sélectionnant un ou plusieurs peptides dans le tableau des peptides significatifs et en pressant la touche A (pour Ambigu).
La partie droite (navigation par query) représente sous la forme d'une hiérarchie de query de l'identification :
- les query
- les peptides
- les hits
La barre d'outils placée en haut de la fenêtre permet de réaliser les opérations suivantes :
Page Tools
