IRMa

Since a Mascot dat file is open, IRMa allows you to apply filter rules. This rules assigns peptide-sequence matches (PSM) to significant or ambiguous categories according to different criteria such as score, rank or mandatory post-translational modifications.

This automatic classification can always be adjusted; the user can restore PSMs from the ambiguous group to the significant group or vice versa.

IRMa donne accès au spectre de fragmentation qui a conduit à l'identification du peptide, au tableau d'ions identifiés par Mascot, et à la position du peptide sur la séquence de la protéine. Ces informations sont parfois nécessaires pour juger de l'adéquation entre le spectre soumis au moteur d'identification et le peptide proposé pour ce spectre par le moteur.

Pour les banques de données de protéines les plus courantes, IRMa permet d'accéder en ligne à la description et aux caractéristiques détaillées des protéines identifiées en se connectant aux sites web des banques concernées..

Les informations suivantes sont accessible :

• Si la recherche est effectuée dans une base de données “decoy”, le taux de faux positifs est donné.
• Le nombre de spectres assignés ou non

Lorsque les peptides sont validés ou invalidés dans IRMa, l'outil maintient la cohérence de l'identification de la protéine proposée : le score d'identification de cette protéine et sa couverture en séquence sont réactualisés. Ce faisant, l'ordre dans lequel les protéines sont identifiées est remis à jour, de même que la préséance des peptides matchant plusieurs protéines.

Enfin, si l'invalidation d'un peptide conduit à ne plus avoir de peptide spécifique de la protéine identifiée, IRMa propose de regrouper la protéine en question avec celles pour lesquelles l'ensemble des peptides conduisant à leur identification est identique.

Les valeurs de statistique sont également remis à jour

IRMa permet à n'importe quel stade de la validation d'exporter une partie des informations contenues dans l'identification.

• Export sous format « fasta » des séquences des protéines identifiées pour une utilisation ultérieure dans d'autres outils (blast par exemple)
• Export du résultat d'identification complet sous format Excel pour rendu de résultat
• Export du résultat d'identification détaillé (peptide, spectre annoté et tableau des ions fragments) au format PDF pour toutes ou certaines des protéines (peptide unique, PTM)
• Export dans des bases de données relationnelles pour permettre la construction de bases thématiques contenant des résultats de multiples identifications de protéines par spectrométrie de masse. voir le schéma
• Export au format pkl ou mgf des queries