Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- userguide:feature [2008/10/09 10:00]
132.168.73.247 créée
+++ userguide:feature [2009/12/01 10:59] (current)
132.168.73.124
@@ Line 1: / Line 1: @@
-===== Principales fonctionnalités =====
+===== Main Features =====
-==== Filtrage automatique ====
+==== Automatic Filtering ====
-Les résultats d'identification sont relus par IRMa qui propose dès l'ouverture d'une identification d'appliquer ou non des règles de validation automatique. Ces règles conduisent à accepter ou à rejeter l'identification de certains peptides.
-\\
-\\ Néanmoins, il est possible à tout moment d'applique un nouveau filtre sur l'identification en cours de validation.
-==== Validation manuelle ====
+Since a Mascot dat file is open, IRMa allows you to apply filter rules. This rules assigns peptide-sequence matches (PSM) to significant or ambiguous categories according to different criteria such as score, rank or mandatory post-translational modifications.
-A tout moment, l'utilisateur a la possibilité de valider ou d'invalider lui-même un peptide identifié en se basant sur le spectre de fragmentation associé au peptide.
+==== Manual validation ====
+This automatic classification can always be adjusted; the user can restore PSMs from the ambiguous group to the significant group or vice versa.
 ==== Visualisation ====
-IRMa donne accès au spectre de fragmentation qui a conduit à l'identification du peptide, au tableau d'ions identifiés par Mascot, et à la position du peptide sur la séquence de la protéine. Ces informations sont parfois nécessaires pour juger de l'adéquation entre le spectre soumis au moteur d'identification et le peptide proposé pour ce spectre par le moteur.
-==== Accès aux données en ligne ====
+The identification result can then be browsed and the same information and grouping shown in the Mascot result page are available but displayed in a structured and accessible layout by IRMa. Fragmentation spectra and matching ions can also be visualised in order to accept or reject manually incorrect matches.
-Pour les banques de données de protéines les plus courantes, IRMa permet d'accéder en ligne à la description et aux caractéristiques détaillées des protéines identifiées en se connectant aux sites web des banques concernées..
-==== Statistique ====
+==== Acces online data  ====
-Les informations suivantes sont accessible :
-  * Si la recherche est effectuée dans une base de données "decoy", le taux de faux positifs est donné.
-  * Le nombre de spectres assignés ou non
-==== Maintien de la cohérence ====
+IRMa provides online access to public datasources for each identified protein, depending on the databank used by Mascot. The later version of IRMa allow users to customise the URL template that will be used for his own databanks.
- Lorsque les peptides sont validés ou invalidés dans IRMa, l'outil maintient la cohérence de l'identification de la protéine proposée : le score d'identification de cette protéine et sa couverture en séquence sont réactualisés. Ce faisant, l'ordre dans lequel les protéines sont identifiées est remis à jour, de même que la préséance des peptides matchant plusieurs protéines.
-Enfin, si l'invalidation d'un peptide conduit à ne plus avoir de peptide spécifique de la protéine identifiée, IRMa propose de regrouper la protéine en question avec celles pour lesquelles l'ensemble des peptides conduisant à leur identification est identique.
+==== Statistics ====
+IRMa provides some statistics about spectra or PSM :
+  * For "decoy" searches, the false positive rate is calculated according to PSM classified as significant.
+  * The number of assigned spectra is also available
+  * error mass distribution for all identified spetra is calculated providing valuable information on
-Les valeurs de statistique sont également remis à jour
+==== Protein grouping consistency ====
-==== Export ====
-IRMa permet à n'importe quel stade de la validation d'exporter une partie des informations contenues dans l'identification.
-    * Export sous format « fasta » des séquences des protéines identifiées pour une utilisation ultérieure dans d'autres outils (blast par exemple)
-    * Export du résultat d'identification complet sous format Excel pour rendu de résultat
-    * Export du résultat d'identification détaillé (peptide, spectre annoté et tableau des ions fragments) au format PDF pour toutes ou certaines des protéines (peptide unique, PTM)
-    * Export dans des bases de données relationnelles pour permettre la construction de bases thématiques contenant des résultats de multiples identifications de protéines par spectrométrie de masse. voir le [[.:userguide:export_db|schéma]]
-    * Export au format pkl ou mgf des queries
+ IRMa will ensure that the exact same sequence cannot appear twice in the significant category. Dynamic classification has an impact on protein hits: when a PSM is declared ambiguous, it becomes irrelevant to proteins identification. IRMa takes into account these changes to ensure consistency of information such as protein coverage and identification score and dynamically proposes new protein hit sets and sub-sets based on significant PSMs. For instance, two proteins of a same hit that initially shared only a sub-set of PSMs can become indistinguishable (all significant PSMs are shared) if specific PSMs are judged ambiguous.
+==== Export ====
+IRMa allow users to export their results (or parts of it) in many different formats :
+    * Identified protein's sequences can be exported in fasta format for further analysis (blast for instance)
+    * The whole identification result can be exported in Microsoft Excel format. Users can customise the content of this export.
+    * Identification's details can be exported to a PDF format including graphical representation of annotated spectra.
+    * Identification results can be exported to relational databases. By doing this, users can then compile many identifications within a unique database. See [[.:userguide:export_db|schéma]]
+    * Spectra assigned or not can be exported in PKL or MGF format.

IRMa

User Tools

Site Tools

Differences

Page Tools