userguide:definitions
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userguide:definitions [2008/10/09 10:03] 132.168.73.247 |
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| Line 1: | Line 1: | ||
| - | ===== Définitions ===== | + | ===== Definitions ===== |
| ==== Hit (ou protein hit) ==== | ==== Hit (ou protein hit) ==== | ||
| - | Un hit est une identification de proteine proposée par Mascot : Pour chaque spectre sousmis à Mascot, celui-ci propose différents peptides qui matchent plus ou moins bien avec ce spectre. Chaque peptide est naturellement issu d'un ou de plusieurs protéines présentes dans la banque interrogée. Mascot regroupe alors les peptides identifiés par protéines pour formé ce que nous nommerons des hits. | + | A hit is a collection of proteins identified by a set of peptides or peptide-sequence matches. Mascot assigns up to ten peptide sequences of each submitted spectra. Each peptide sequences belongs to one or more proteins. Proteins that span the same set of peptides, or a subset, are collapsed into a single hit. |
| + | |||
| + | ==== Query === | ||
| + | |||
| + | A query is a spectra submitted to Mascot for identification | ||
| ==== Unassigned Queries ==== | ==== Unassigned Queries ==== | ||
| - | Les queries pour lesquelles il n'a pas été possible d'associer un peptide. Il n'y a donc aucune proposition de séquence pour ces queries. | ||
| - | ==== Unassigned Rank1 Queries ==== | + | Queries that or not matching any peptide sequence. |
| - | Les queries pour lesquelles le peptide associé de rang 1 n'apparait dans aucun hit. Par contre, il est possible que des peptides (de rang supérieur à1) associés à cette query soient présentes dans un protéine hit. | + | |
| ==== Unassigned Peptides Queries ==== | ==== Unassigned Peptides Queries ==== | ||
| - | Les queries pour lesquelles aucun des peptides associés n'apparait dans un hit. Les peptides ont pu être déterminés par l'identification d'une protéine qui n'a pas été retenue (score trop faible...) | + | |
| + | Queries matching one or more peptide sequences, but whose peptides are not collapsed into hit. | ||
| ==== Ambiguous Peptides Queries ==== | ==== Ambiguous Peptides Queries ==== | ||
| - | Les queries pour lesquelles les peptides associés sont soit non assignés (présents dans aucun hit) soit dans le groupe des Ambigüs.(Voir le chapitre Concepts/Groupe de petides) | + | |
| + | Queries matching one or more peptides that are not collapsed into hits (unassigned peptides queries) or that are classified as ambiguous. | ||
| ==== Assigned Peptides Queries ==== | ==== Assigned Peptides Queries ==== | ||
| - | Les queries pour lesquelles au moins un des peptides associés est défini dans un hit, soit dans le groupe des dupliqués soit dans le groupe des significatifs. (Voir le chapitre Concepts/Groupe de peptides) | + | |
| + | Queries matching at least one peptide sequence classified as significant or duplicated into one or more hits. | ||
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