Un hit est une identification de proteine proposée par Mascot : Pour chaque spectre sousmis à Mascot, celui-ci propose différents peptides qui matchent plus ou moins bien avec ce spectre. Chaque peptide est naturellement issu d'un ou de plusieurs protéines présentes dans la banque interrogée. Mascot regroupe alors les peptides identifiés par protéines pour formé ce que nous nommerons des hits.

Les queries pour lesquelles il n'a pas été possible d'associer un peptide. Il n'y a donc aucune proposition de séquence pour ces queries.

Les queries pour lesquelles le peptide associé de rang 1 n'apparait dans aucun hit. Par contre, il est possible que des peptides (de rang supérieur à1) associés à cette query soient présentes dans un protéine hit.

Les queries pour lesquelles aucun des peptides associés n'apparait dans un hit. Les peptides ont pu être déterminés par l'identification d'une protéine qui n'a pas été retenue (score trop faible…)

Les queries pour lesquelles les peptides associés sont soit non assignés (présents dans aucun hit) soit dans le groupe des Ambigüs.(Voir le chapitre Concepts/Groupe de petides)

Les queries pour lesquelles au moins un des peptides associés est défini dans un hit, soit dans le groupe des dupliqués soit dans le groupe des significatifs. (Voir le chapitre Concepts/Groupe de peptides)