userguide
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| - | ====== Guide d'utilisation ====== | + | ====== User Guide ====== |
| + | [[:|Back Home]] | ||
| + | |||
| + | This guide will describe on one hand, the IRMa principles and, one the other hand, how to use the user interface when running the application in standard mode | ||
| - [[.:userguide:feature]] | - [[.:userguide:feature]] | ||
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| - [[.:userguide:ihm]] | - [[.:userguide:ihm]] | ||
| - [[.:userguide:filtres]] | - [[.:userguide:filtres]] | ||
| - | - [[.:userguide:export_queries]] | + | - [[.:userguide:quantification]] |
| - [[.:userguide:export_db]] | - [[.:userguide:export_db]] | ||
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| - | ====== Documentation IRMa ====== | ||
| - | :!: Documentation en cours d'écriture \\ | ||
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| - | Dernière mise à jour : 09/10/2008 \\ | ||
| - | Version IRMa 1.20.1 \\ | ||
| - | [[ReleaseNote|Quoi d'neuf]] | ||
| - | \\ | ||
| - | ---- | ||
| - | \\ | ||
| - | IRMa est une application qui permet de filtrer et de valider des résultats de recherche Mascot®. Basé sur le « parseur » distribué gratuitement par Matrix Science, IRMa permet de relire les résultats d'une recherche d'identification en MS/MS à partir du fichier .dat généré par Mascot. | ||
| - | |||
| - | La documentation actuellement disponible est | ||
| - | - L'[[#Installation]] | ||
| - | - Le [[userGuide|guide d'utilisation]] général | ||
| - | - La description des [[#differents_modes|différents modes]] | ||
| - | |||
| - | ===== Installation ===== | ||
| - | |||
| - | L'installation d'IRMa consiste uniquement à décompresser le fichier IRMa-<version>.zip sur votre disque local. L'arborescence obtenue est la suivante : | ||
| - | <code> | ||
| - | > auto : contient des exemples de scripts pour le mode batch ou auto. Voir les chapitres suivants. | ||
| - | > db : scripts de création d'une base de données afin que le schéma soit celui attendu par IRMa ainsi que | ||
| - | des scripts de migration des bases pour faire évoluer leur modèle avec celui attendu par IRMa | ||
| - | > lib : librairies et dll utilisées par IRMa | ||
| - | > VBscripts: scripts Visual Basic utilisés pour intégrer IRMa en mode automatique dans Mascot Daemon. Voir chapitres suivants. | ||
| - | > IRMa-<version>.jar : librairie contenant le code d'IRMa | ||
| - | > *.bat : script permettant d'executer IRMa dans un mode donné. Voir les chapitres suivants. | ||
| - | </code> | ||
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| - | ===== Différents Modes ===== | ||
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| - | ==== Mode standard ==== | ||
| - | Pour cela exécuter le fichier //run.bat//. \\ | ||
| - | Une interface permet ensuite de valider un résultat Mascot. Tous les détails sont donnés dans la partie [[userGuide|guide d'utilisation]] | ||
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| - | __Note__ \\ | ||
| - | Il est possible de modifier la mémoire occupée par IRMa. Pour cela il faut éditer le fichier run.bat et modifier le paramètre -Xmx<valeur>m. La valeur correspondant à la taille mémoire maximale allouée à IRMa. Attention cette valeur ne doit pas être équivalente (ou supérieur) à la taille disponible sur l'ordinateur. | ||
| - | |||
| - | ==== Mode batch ==== | ||
| - | Pour cela exécuter le fichier //runBatch.bat//. \\ | ||
| - | Le mode batch permet d'enchainer un ensemble d'opérations de façon automatique, et cela sur un ensemble d'identification Mascot ou de projets IRMa préalablement sauvegardés. | ||
| - | |||
| - | La description complète de la configuration d'[[batchUserGuide|IRMa Batch]] | ||
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| - | ==== Mode auto ==== | ||
| - | **Attention** le fichier //runBatch.bat// est un exemple d'utilisation. | ||
| - | |||
| - | Le mode auto permet d'enchainer un ensemble d'opérations, décrit dans un fichier de script équivalent à celui utilisé pour le mode [[batchUserGuide|batch]], sur une identification donnée. | ||
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