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-====== Guide d'utilisation ======
+====== User Guide ======
-===== Principales fonctionnalités =====
+[[:|Back Home]]
-==== Filtrage automatique ====
-Les résultats d'identification sont relus par IRMa qui propose dès l'ouverture d'une identification d'appliquer ou non des règles de validation automatique. Ces règles conduisent à accepter ou à rejeter l'identification de certains peptides.
-Néanmoins, il est possible à tout moment d'applique un nouveau filtre sur l'identification en cours de validation.
-==== Validation manuelle ====
+This guide will describe on one hand, the IRMa principles and, one the other hand, how to use the user interface when running the application in standard mode
-A tout moment, l'utilisateur a la possibilité de valider ou d'invalider lui-même un peptide identifié en se basant sur le spectre de fragmentation associé au peptide.
+  - [[.:userguide:feature]]
-==== Visualisation ====
+  - [[.:userguide:definitions]]
-IRMa donne accès au spectre de fragmentation qui a conduit à l'identification du peptide, au tableau d'ions identifiés par Mascot, et à la position du peptide sur la séquence de la protéine. Ces informations sont parfois nécessaires pour juger de l'adéquation entre le spectre soumis au moteur d'identification et le peptide proposé pour ce spectre par le moteur.
+  - [[.:userguide:ihm]]
+  - [[.:userguide:filtres]]
-==== Accès aux données en ligne ====
+  - [[.:userguide:quantification]]
-Pour les banques de données de protéines les plus courantes, IRMa permet d'accéder en ligne à la description et aux caractéristiques détaillées des protéines identifiées en se connectant aux sites web des banques concernées..
+  - [[.:userguide:export_db]]
-==== Statistique ====
-Les informations suivantes sont accessible :
-  * Si la recherche est effectuée dans une base de données "decoy", le taux de faux positifs est donné.
-  * Le nombre de spectres assignés ou non
-==== Maintien de la cohérence ====
- Lorsque les peptides sont validés ou invalidés dans IRMa, l'outil maintient la cohérence de l'identification de la protéine proposée : le score d'identification de cette protéine et sa couverture en séquence sont réactualisés. Ce faisant, l'ordre dans lequel les protéines sont identifiées est remis à jour, de même que la préséance des peptides matchant plusieurs protéines.
-Enfin, si l'invalidation d'un peptide conduit à ne plus avoir de peptide spécifique de la protéine identifiée, IRMa propose de regrouper la protéine en question avec celles pour lesquelles l'ensemble des peptides conduisant à leur identification est identique.
-Les valeurs de statistique sont également remis à jour
-==== Export ====
-IRMa permet à n'importe quel stade de la validation d'exporter une partie des informations contenues dans l'identification.
-    * Export sous format « fasta » des séquences des protéines identifiées pour une utilisation ultérieure dans d'autres outils (blast par exemple)
-    * Export du résultat d'identification complet sous format Excel pour rendu de résultat
-    * Export dans des bases de données relationnelles pour permettre la construction de bases thématiques contenant des résultats de multiples identifications de protéines par spectrométrie de masse.

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