http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/ 2026-04-17T12:36:22+0200 http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/ http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/lib/tpl/dokuwiki/images/favicon.ico text/html 2009-06-22T11:57:44+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epadmin&rev=1245664664&do=diff Guide d'utilisation d'eP-Admin Introduction eP-Admin est un module Web dédié à l'administration sysème de ePIMS. L'accès à ce module se fait depuis tout navigateur web (testé sous IE et Firefox) avec l'adresse suivante : http://[pims-serv]:[port]/eP-Admin text/html 2009-06-22T13:26:12+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epadminarchive&rev=1245669972&do=diff Archivage La page de gestion de l'archivage est organisée en deux onglets : un premier onglet permettant de lancer une opération d'archivage et un secind permettant de connaître l'état des opérations en cours ou terminées. onglet Archivage Le premier onglet présente deux tableaux : text/html 2009-06-22T13:55:30+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epadmindatamgmt&rev=1245671730&do=diff Gestion des données eP-Admin permet la gestion (modification / création / suppression) des données sauvegardées dans ePIMS. Actuellement, seule la création est possible et pour les éléments suivants : * les instruments * les utilisateurs text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epback&rev=1222935666&do=diff Introduction FIXME: A reprendre pour nouvelle version (peu de diff...) eP-Back s’inscrit dans le cadre d'ePIMS qui est un système de gestions des données issues de la plateforme protéomique. L’objectif de ce système est de conserver une trace des données produites et de faire de ce système un outil de travail quotidien. text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epbackconfiguration&rev=1222935666&do=diff Configuration 1. Choix de la configuration (instrument) Pour choisir la configuration (et donc l'instrument) sur laquelle récupérer ou supprimer les données il suffit de la choisir dans la liste proposé (voir partie1 sur la figure 1). Si la configuration n'apparait pas dans la liste, c'est que celle-ci n'est pas définie dans le fichier de configuration des instruments. Voir la partie text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epbackrun&rev=1222935666&do=diff Sélection et démarrage 1. Sélection des analyses La sélection des analyses à copier se fait soit globalement en utilisant les icônes soit analyse par analyse en sélectionnant celles désirées en début de ligne. Le nombre d’analyses sélectionnées ainsi que la taille globale estimée sont affichés en bas à droite du tableau. text/html 2008-10-23T09:59:00+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epbackvisualisation&rev=1224748740&do=diff Visualisation des analyses figure 2 : Les analyses 1. Les icônes * : Visualisation ou non des analyses non sauvegardées. L'icône affichée correspond à l'état actuel. * : Visualisation ou non des analyses déjà sauvegardées. L'icône affichée correspond à l'état actuel. text/html 2009-01-16T16:00:52+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epimsintro&rev=1232118052&do=diff Introduction Qu'est-ce que ePims ePims (pour experiment Proteomic Information Management System) est une infrastructure permettant de gérer de manière structurée les données de spectrométrie de masse issues d'une plate-forme de protéomique. Le terme text/html 2010-04-02T15:56:03+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:eppole&rev=1270216563&do=diff Guide d'utilisation d'eP-POLE Introduction eP-POLE (Préparation, Organisation, Lignée des Echantillons) est un module permettant la gestion des échantillons d'une étude. Il permet de lancer des demandes d'acquisition, de passage au robot de préparation, d'annuler des demandes en cours, de faire des aliquotages text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:eptaf&rev=1222935666&do=diff Introduction Problème Après l'acquisition sur les instruments, l'étape qui suit généralement est le process des données brutes, par exemple pour extraire les spectres MSMS (peaklist). Dans certains cas (Sur les instruments de type QToF de chez Waters par exemple), ce process est réalisé automatiquement après l'acquisition. Les données processées sont alors transférées avec les raw sur le SAN. text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epwebarchive&rev=1222935666&do=diff 6. Archivage 1. Accès L'accès à la page d'archivage se fait depuis le menu princpal. Cette page n'est accessible qu'aux administrateurs du site. 2. Description onglet archivage Le premier onglet présente deux tableaux : * La liste des études archivables, avec la taille estimée des données associées et d'autres informations (date de cloture et de création, nom du responsable). text/html 2009-01-20T11:24:32+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epwebcreation&rev=1232447072&do=diff Création dans ePims Création d'un projet : La création d'un nouveau projet concerne la création des deux types de projets : projets rattachés à un programme et les projets orphelins: * Création d'un projet rattaché à un programme : accessible, depuis la page de description du programme, au responsable scientifique du programme en question en cliquant sur l'icône text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epwebentitystatus&rev=1222935666&do=diff Status des entités Sous ePims, les programmes / projets ou études peuvent avoir plusieurs états (indiqués par une icône). Le responsable d'une entité peut demander à changer l'état de son entité, en fonction du type de celle-ci et du son status actuel. Dans tous les cas, cette action est réalisée en cliquant sur l'icône appropriée (cf ci-dessous) dans la page de description de l'entité. Les icônes dites d'actions sont toujours représentées dans une toolbox. text/html 2009-06-22T10:49:25+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epwebftp&rev=1245660565&do=diff Récupération de données 1. Accès: (Actuellement) Seules les études ont des données accessibles. L'organisation des données relatives à une étude est données dans la page Repository ePims. Pour récupérer les données: * Accédez à la page de l'étude (voir text/html 2009-01-16T16:43:33+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epwebihm&rev=1232120613&do=diff Guide d'utilisation d'eP-Web Accès et organisation * Accés à ePims : http://[pims-serv]:[port]/ePims (Nota : la partie entre crochet dépend de votre installation, c'est l'adresse de la machine où a été installé le serveur Web Geronimo et le port utilisé pour les connexions http. Pour plus d'informations demandez à votre administrateur réseaux). text/html 2009-06-22T10:48:03+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epwebplanning&rev=1245660483&do=diff Plannification Planification pour la masse a. Accès Accessible depuis le menu “Planifications > Spectromètre”. Cette page est accessible à tous mais interesse plus particulièrement les responsables instruments. b. Description Cette page permet de visualiser la liste complète de tous les échantillons en attente de passage en masse. Cette liste se décline en plusieurs tableaux représentant chacun un type d'instrument. Il est possible de sélectionner un type d'instrument pour ne visualiser… text/html 2009-06-22T10:47:11+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epwebprocess&rev=1245660431&do=diff Process (et Protocoles) Introduction Mise en place de la gestion et de l'organisation du système autour des process subis par le échantillons et les protocoles utilisés pour ces process. L'objectif est de connaitre, pour un échantillon donné, l'ensemble des process qu'il a subi et plus particulièrement la dernière étape atteinte. text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epwebreports&rev=1222935666&do=diff 5. Etats de sortie 1. Accès: En cliquant sur le lien “Etats de sortie” dans le menu “Activité”, une page donnant accès aux différentes volumétries s'affiche. 2. Description: Les états de sortie offrent une vue synthétique sur l'état du système à un instant donné ou une période donnée. Ces états de sortie peuvent être, entre autres, la volumétrie des différentes entités qui reflètent l'activité du laboratoire : text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epwebsearch&rev=1222935666&do=diff Recherche 1. Activité a. Accès: Cette fonction est accessible depuis le menu “Rechercher > Activité”. b. Description : Recherche de tous les programmes et/ou projets et/ou études en saisissant un ou plusieurs des critères suivants : * text/html 2009-06-22T10:50:30+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:epwebtransfert&rev=1245660630&do=diff Transfert des données Spectres Pour toute étude dont on est le responsable, ou dont on est membre, il possible de transférer les spectres processés pour des acquisitions existantes. Pour cela, dans la page Etude, onglet détail, cliquer sur l'icone text/html 2011-07-25T11:19:27+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims4_1:user:start&rev=1311585567&do=diff Guide d'utilisation d'ePims 4.1 * ePimsIntro * Fonctionnalités * ePWebIHM * Accès et organisation * Fonctionnalités * Visualisation * Activité Générale * D'un Programme/Projet * D'une Etude * Mon Activité * Mes Echantillons * ePWebEntityStatus * ePWebSearch * ePWebProcess * ePWebPlanning * pour la masse * pour le robot * eP-Plate * ePWebFTP * ePWebTransfert * ePWebCreation * Guide d'ut…