ePims wiki:epims4_1:developer

wiki:epims4_1:developer:configdev

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2011-01-12T16:03:48+0200

Configuration ePims pour le développement Remarque FIXME: Attention les targets “SANS IDE” ne sont pas commité sous SVN !!! Introduction Ce chapitre décrit les configurations nécessaire au développement des modules d'ePims. Par configuration on entends la mise en place de l'environnement d'exécution (

wiki:epims4_1:developer:configtest

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2008-12-08T11:35:58+0200

Environnement de test Pour que l’exécution soit correcte il faut vérifier et modifier certains points : * La base de données de test soit bien créée. Cette base, au format sql, est fournie avec eP-Core. Elle ne doit être modifiée que pour permettre l’ajout de test et en connaissance de cause. En effet, les différents tests vérifient la composition de cette base. (vérifient qu’il y a bien x samples, qu’il existe un actor ayant yyy comme login etc

wiki:epims4_1:developer:cxf_web-services

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2008-10-02T10:21:06+0200

CXF Intro Pour implémenter les web-services dans ePims nous utilisons la technologie apache CXF (Celtix-XFire). Cette librairie permet, entre autres, de créer très facilement, en collaboration avec Spring, des web-services à partir d'interface déjà écrite.

wiki:epims4_1:developer:datamodeldiagram

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-30T15:02:44+0200

Modèle de donnée (Version 6) Le modèle de données Hibernate peut se trouver ici. Le diagramme des tables de la base de données est visible ci-dessous : (NN en face d'un attribut d'une tabel signifie qu'il est Not Null)

wiki:epims4_1:developer:ep-admin

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-21T07:49:57+0200

Guide d'implémentation d'eP-Admin Introduction Actuellement, ce module ne fonctionne (pour le mode développement!) que sous eclipse avec plugin Cypal Studio ! FIXME: Il faut mettre en place un “make” ant ou maven pour génération automatique et indépendant de l'IDE

wiki:epims4_1:developer:ep-back

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-21T08:26:11+0200

Guide d'implémentation d'eP-Back * ePBackIntro * ePBackConfig * ePBackCache * ePBackAnalysis * ePBackDB * ePBackNote * ePBackViewAnalysis * ePBackFormatSpecificity

wiki:epims4_1:developer:ep-col

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2010-07-16T13:46:22+0200

eP-CoL : ePims Communication Library Introduction Créer une librairie permettant l'interopérabilité entre les différents composants communicants du système ePims (WS & JMS) : ePims étant, en partie, composé de différents modules communiquants entre eux à l'aide de messages texte/xml (eP-Plate+eP-Back / eP-WebServices & les files JMS) un cadre commun des structures utilisées est nécessaire. Ce cadre peut être une librairie de classes et d'interfaces embarquée dans chaque module permettant à cha…

wiki:epims4_1:developer:ep-core

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-21T16:41:27+0200

Guide d'implémentation d'eP-Core * ePCoreIntro * Structure du projet * ePCoreArchitecture * ePCoreSpring * ePCoreHibernate * ePCoreArchivage * ePCoreRunRobot * ePCoreFilesTransfer * ePCoreProcessProtocol * DataModel (Version 6)

wiki:epims4_1:developer:ep-ear

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-09-18T10:44:33+0200

Guide d'implémentation d'eP-EAR eP-EAR est un Enterprise ARchive. Il empaquète plusieurs modules (eP-Web, eP-WebServices, eP-Admin....) pour les déployer sur le serveur d'application en une seule fois, de façon cohérente. Il leur permet aussi de partager le même classloader et donc la même instance d'ePCore (dont eP-EAR dépend).

wiki:epims4_1:developer:ep-pole

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-10-29T16:23:14+0200

Guide d'implémentation d'eP-POLE Introduction eP-POLE est un module développé avec la technologie GWT (et l'extension graphique GWT-Ext). En ce qui concerne l'architecture générale du projet elle suit la structure habituelle d'un projet GWT. Pour plus de détails voir le chapitre

wiki:epims4_1:developer:ep-web

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2011-06-23T08:42:36+0200

Guide d'implémentation d'eP-Web * ePWebReport * ePWebFilesXFer * ePWebSplPrcs

wiki:epims4_1:developer:ep-webservices

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-06-08T14:08:28+0200

Guide d'implémentation d'eP-WebServices 1. Introduction eP-WebServices est le module permettant l'accès à eP-Core à l'aide de web-services. Cela permet à des application externes (eP-Back par exemple) d'interroger eP-Core en utilisant des requêtes HTTP contenant du XML. De ce fait on peut ouvrir à

wiki:epims4_1:developer:epadminarchi

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-02-19T18:16:47+0200

Architecture eP-Admin Accès au Bloc Note sur la création eP-Admin sur le serveur RedMine Ce Projet est un projet écrit en GWT. On retrouve donc l'architecture classique (je crois ;o)) des projets GWT : (référence : GWT Project) * Sous cea.edyp.epims.admin on trouve AdminManager.gwt.xml

wiki:epims4_1:developer:epadminarchivage

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-21T07:53:28+0200

Archivage des données Spécifications Côté Service Pour la partie archivage, les mêmes specs fonctionnelles que celle définies pour eP-Web 2.x sont utilisées. Elles sont néanmoins réécrites et remises à jour ici. Côté eP-Core, le service d'archivage est déjà en place. Un service IArchiveManager gère la partie archivage et permet notamment de

wiki:epims4_1:developer:epbackanalysis

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-21T08:25:37+0200

Les analyses Quelque soit le format de l'instrument, une même interface Analyse permet de représenter les résultats d'acquisitions. L'accès aux différentes propriétés se fait différemment selon le format de données. Dans tous les cas, on doit pouvoir retrouver ou calculer les informations suivantes (en

wiki:epims4_1:developer:epbackcache

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2008-10-02T10:21:06+0200

Cache pour les objets Analysis Spécifications L'objectif est de maintenir la liste des Analysis non seulement lors de l'exécution d'eP-Back mais également d'une exécution sur l'autre. Ceci permet de faire un refresh light afin de ne lire que les nouvelles acquisitions

wiki:epims4_1:developer:epbackconfig

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2011-07-29T12:02:49+0200

Configuration Il existe plusieurs types et plusieurs niveaux de configurations. En effet, certaines sont spécifiques à l'implémentation d'eP-Back et sont donc uniquement accessibles depuis les sources du projets (ou dans le jar de distribution), d'autres sont fixées 1 seule fois, par la plateforme lors de l'installation, au travers des fichiers de configuration contenus dans la distribution. Enfin, d'autres sont modifiables à volonté et sont donc accessible via l'IHM.

wiki:epims4_1:developer:epbackdb

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-21T08:24:04+0200

Communication avec ePims Introduction Le rôle de eP-Back est donc, d’une part, de renseigner les différents champs de ePIMS lors de la copie des analyses et, d’autre part, de relire ces informations pour permettre à l’utilisateur de nettoyer les PC des instruments des analyses déjà sauvegardées.

wiki:epims4_1:developer:epbackformatspecificity

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2008-10-02T10:21:06+0200

Spécificités de développement des formats de données Pour certain format de données des technologies et des techniques de développement spécifiques ont été utilisées. Leur description est donné ici. Applied QTRAP FIXME Applied Maldi 4800 ToF-ToF

wiki:epims4_1:developer:epbackintro

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2008-11-06T15:31:02+0200

Introduction eP-Back est l'application standalone qui permet : * Le transfert des nouvelles données d'acquisitions sur le SAN et les référencer dans ePIMS. * La suppression sécurisée, sur les instruments, des données d'acquisitions qui ont été transférées

wiki:epims4_1:developer:epbacknote

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2008-10-02T10:21:06+0200

Remarques * Lors de l'opération de transfert et dans le cas où une erreur survient, il est nécessaire de défaire toutes les étapes précédentes. L’ordre des opérations doit donc dépendre de cette contrainte. Le plus simple étant de vérifier dans un premier temps que toutes les informations nécessaires sont correctement renseignées, copier les données sur le SAN et créer les différents objets dans PIMS.

wiki:epims4_1:developer:epbackviewanalysis

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2011-07-29T15:53:42+0200

Visualisation des analyses Le tableau contenant toutes les analyses identifiées pour un instrument donné est créé en fonction d'une part des propriétés communes à toutes les analyses, quelque soit leur format, et d'autre part, des propriétés spécifiques aux formats des données accessibles via : DataFormat.getPropertyCount(), DataFormat.getPropertyLabel(int propertyIdx), DataFormat.getProperty(int propertyIdx, Analysis analysis)

wiki:epims4_1:developer:epcorearchitecture

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2010-07-16T11:42:04+0200

Architecture et génération des DAOs/POJOs Cette section décrit l’organisation des packages ainsi que les points d’interaction entre les objets des différents frameworks. eP-Core ne concernant pas tout ce qui se rapporte à la partie présentation, seuls les objets de persistance de données et ceux propre à la logique applicative sont définis.

wiki:epims4_1:developer:epcorearchivage

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2008-10-02T10:21:06+0200

Archivage Services On fait apparaître au niveau d'eP-Core la notion d’archivage. Il existe un repository, PIMS_ARCHIVE, dédié à l’archivage, un champ archived, est ajouté dans la table acquisitions_result et les études ont un état qui peut être ‘archivable’ ou ‘archived’. Enfin des services permettent d’archiver certaines données.

wiki:epims4_1:developer:epcorefilestransfer

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-21T11:33:10+0200

Transfert de données vers ePims Les specifs complète (lors de l'initialisation de la fonctionnalité !) sont visibles sur le Bloc Note de RedMine Introduction Permettre d'uploader des fichiers (autres que les raws) et de sauvegarder un minimum d'information dans la BD. Les fichiers uploadés devront être attachés à une entité (Etude, Echantillon, Programme,

wiki:epims4_1:developer:epcorehibernate

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2008-10-02T10:21:06+0200

Hibernate Attention : Si dans les fichiers de mapping (.hbm) on utilise un set pour les collections non ordonnées, on ne peut pas utiliser ces collections dans des 'datatable' (JSF) pour la partie view. => Utilisation de 'bag' dont l'implémentation en Java est une ArrayList.

wiki:epims4_1:developer:epcoreintro

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2010-07-16T11:28:25+0200

Introduction eP-Core est le module d'accès à la BD. Ce module permet d'obtenir les objets Java représentant les données de la BD ePims ainsi que les services permettant d'agir sur ces objets. Ce module est déployé de façon indépendante sur le serveur d'application Java Geronimo afin d'être utilisé et partagé par les autres modules de présentations et de service du système.

wiki:epims4_1:developer:epcoreprocessprotocol

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-21T16:40:45+0200

Explications sur le modèle de données autour des process et protocoles Détails Dans ce document nous spécifions l'organisation du modèle autour des process subis par le échantillons et les protocoles utilisés pour ces process. L'objectif est de connaitre, pour un échantillon donné, l'ensemble et la chronologie des process qu'il a subi. Dans cette perspective, il semble logique que tout traitement rentre sous cette notion de process.

wiki:epims4_1:developer:epcorerunrobot

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2008-10-02T10:21:06+0200

Run Robot Lors de la validation d'un run robot, plusieurs opérations sont nécessaire. En effet, tant qu'un run n'est pas effectivement validé, on créé des virtual_plate et virtual_well pour organiser les échantillons dans les plaques. Une fois le run robot réalisé, il faut :

wiki:epims4_1:developer:epcorespring

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2008-10-02T10:21:06+0200

Utilisation de Spring Configuration Les différentes configurations nécessaires à Spring sont faites dans des fichiers XML : springContext.xml, springAppContext.xml et springDataSource.xml. * springContext.xml : C'est le point d'entrée, ce fichier créée un ApplicationContext, ayant epCore.context comme id, dans lequel est chargé tout l'environnement contenu dans les deux autres fichiers.

wiki:epims4_1:developer:epimsdistrib

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2011-06-28T16:57:39+0200

Création d'une distribution d'ePims Les distributions d'ePims sont faites à partir de l'IDE Eclipse. informations importantes avant d'effectuer une distribution * Tout les modules d'ePims doivent être présent dans le workspace. * Vérifier la configuration d'ivy. Notamment que vous avez un fichier ivyconf.properties dans le

wiki:epims4_1:developer:epwebfilesxfer

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-21T10:11:33+0200

Transfert de fichiers VERS ePims Voir la documentation d'eP-Core pour plus de généralité autour de cette fonctionnalité Transfert de spectres Depuis la page d'une étude, une icone permet de lancer la tache de transfert de spectres vers le SAN.

wiki:epims4_1:developer:epwebreport

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-02-02T10:39:01+0200

Implémentation des rapports [A partir de la RC1] Les rapports sont générés à l'aide de la librairie Jasper. Architecture Les rapports sont gérés par des classes dérivés de GenericReportBean (ou dans le cas de rapport “simple”, sans paramètres, directement par une instance de

wiki:epims4_1:developer:epwebsplprcs

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2011-06-23T09:49:33+0200

Sample and Process management Description des Backing Beans Remarque : dans le texte process = protocol_application du modèle... EntityGenericBeanBean (Request): Bean utilisé pour récuperer des infos generic : liste de tous les contacts, tous les acteurs

wiki:epims4_1:developer:graphismelogo

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2008-10-02T10:21:06+0200

Logo ePims e : Brush Script MT en italic Pims : verdana normal

wiki:epims4_1:developer:gwt

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-02-25T17:15:59+0200

GWT Les concepts expliqués et les premiers pas pour configurer un projet GWT sont explicités dans la partie manuel developpeurs d'eP-Admin ici Un article sur l'intégration d'Hibernate et de GWT (pour garder une trace pour utiliser cela plus tard dans eP-Admin)

wiki:epims4_1:developer:jms

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2008-10-02T10:21:06+0200

JMS JMS, (Java Message Service), est la spécification de Sun pour la gestion des messages de la plate-forme Java EE ... et Geronimo Le provider JMS inclus dans Geronimo est ActiveMQ. On définit les ressources JMS dans la console de Geronimo. Ces ressources sont ensuite référencées, notamment via JNDI, dans les applications (J2EE déployées sur Geronimo ou même standalone externe).

wiki:epims4_1:developer:start

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-09-18T10:45:29+0200

Manuel développeur Cette partie donne des clés pour permettre à un développeur de prendre en main et de comprendre la structure du code source d'ePims et d'installer et de configurer un l'environnement de développement eclipse. Enfin il contient pages qui décrivent certains choix d'implémentation d'ePims.

wiki:epims4_1:developer:summary.html

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2008-10-02T10:21:06+0200

”> Hibernate Mappings - Entity Summary

wiki:epims4_1:developer:systemarchi

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2008-10-02T10:21:06+0200

Architecture du systeme ePims D'un point de vue administration l'infrastructure du système ePims est en fait plus complet que celui décrit dans le chapitre d'introduction (l'infrastructure d'ePims). ePims est une application J2EE composée des modules décrits ci-dessous. Cette application définit les ressources nécessaires aux différents modules, c'est à dire :