ePims wiki:epims4_1:admin

wiki:epims4_1:admin:4800applied

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2008-10-02T10:21:06+0200

Rassemblement des données et idées sur l'Applied 4800 (pour connaître la syntaxe d'écriture sur dokuwiki voir : ici) Dans ce document seront rassemblées les différentes données et idées susceptibles d'aider à l'intégration de la gestion du spectromètre Applied 4800 MALDI ToF-ToF dans ePims (et à la gestion des données avec cet appareil de manière générale). Plusieurs particularités dans ce type de machine :

wiki:epims4_1:admin:ajout_de_membre_a_un_projet

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2010-10-04T10:50:01+0200

Ajout d'un nouveau membre à un projet * Vérifier que le demandeur n'existe déjà pas en comme “membre” du projet ou du programme: * Dans ePims, menu Activité->Organisation, cliquer sur le programme ou le projet concerné et vérifier que le demandeur n'existe pas en tant que membre.

wiki:epims4_1:admin:config_epcore

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-08T11:56:12+0200

eP-Core Avant de déployer eP-Core, il est nécessaire de le configurer. Modifiez le fichier eP-Core/epCore.properties comme indiqué ci-dessous puis exécutez updateJar-Core.bat (ou updateJar-Core.sh sous Linux) qui va mettre à jour le fichier epCore.properties qui se trouve dans la librairie eP-Core-.jar

wiki:epims4_1:admin:configuration

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-08T17:31:21+0200

Configuration Serveurs pour ePims PostgreSQL Accès TCP/IP au serveur PostgreSQL La configuration de l'accès TCP/IP n'est en réalité pas spécifique d'ePims, et si votre serveur PostgreSQL est déjà configuré pour accepter les connections TCP/IP, ce paragraphe n'est pas utile.

wiki:epims4_1:admin:configurationepims

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2011-06-06T17:03:28+0200

Configuration Modules ePims eP-Core Avant de déployer eP-Core, il est nécessaire de le configurer. Modifiez le fichier eP-Core/epCore.properties comme indiqué ci-dessous puis exécutez updateJar-Core.bat (ou updateJar-Core.sh sous Linux) qui va mettre à jour le fichier epCore.properties qui se trouve dans la librairie eP-Core-.jar

wiki:epims4_1:admin:configurationupdateepims

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-08T11:58:27+0200

Configuration Modules ePims Ce chapitre décrit la configuration des modules ePims dans le cadre d'une mise à jour du système. config_ePCore

wiki:epims4_1:admin:epimsstructure

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-11-02T08:47:33+0200

Description de la structure d'installation d'ePims A ce stade, vous avez créé la base de données ePims et un utilisateur pour se connecter à cette base. Cette base est également accessible en TCP/IP depuis la machine qui sera le serveur d'application Geronimo qui est lui même opérationnel. Enfin, vous disposez d'un serveur

wiki:epims4_1:admin:install

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2011-03-23T11:24:20+0200

Requis Java ePims nécessite que la version 5.0 de Java (Atention il faut avoir le jdk, le jre ne suffit pas) soit installée sur le serveur ePims. Java 5.0 est également requis pour faire fonctionner eP-Back. Après avoir installé Java à partir d'un package (rpm ou autre) sous Linux ou à partir de l'installer Windows en respectant les instructions d'installation fournies par SUN, vérifiez que votre installation en correcte en tapant :

wiki:epims4_1:admin:memoryproblem

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-11-16T09:35:31+0200

Modification allocation mémoire :!: IMPORTANT De base Geronimo ne s'alloue que très peu de mémoire, avec pour conséquence de fréquents problèmes (PermgenSpace, OutOfMemory Error, ...). Afin de remédier à cela il est possible de modifier la mémoire que le programme s'alloue.

wiki:epims4_1:admin:rawdata

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-14T15:57:41+0200

Formatage de données des spectrométres eP-Back se charge de transférer les fichier résultats d'acquisition dans le repository d'ePims et enregistre dans le système les acquisitions. Pour se faire, eP-Back liste les acquisitions qui se trouvent sur les fichiers résultats sur le disque de l'instrument (voir

wiki:epims4_1:admin:rawdata_applied

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2014-02-18T09:05:59+0200

Applied Biosystems Fichiers WIFF + SCAN : 'Wiff Scan Applied' A partir d'eP-Back 1.17.0 Cette configuration a été testée pour * Triple TOF mais doit également fonctionner avec les QTrap 4000-5500-6500 ... Ce format est compatible avec le format 'QTrap Applied' mais permet des configurations supplémentaires :

wiki:epims4_1:admin:rawdata_thermo

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-14T15:57:08+0200

Thermo Cette configuration a été testée pour * LTQ * LTQ-FT * OrbiTrap Dans la sample-list de l'instrument, utiliser les colonnes suivantes (au besoin faire apparaitre ces colonnes dans l'affichage via le menu Change -> Column Arrangement

wiki:epims4_1:admin:rawdata_waters

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2009-01-14T15:56:34+0200

Waters Cette configuration a été testée pour : * QToF * QToF Ultima Dans la sample-list de l'instrument, utiliser les colonnes suivantes (au besoin faire apparaitre ces colonnes dans l'affichage via le menu Customize Display en cliquant bouton droit dans la sample-list):

wiki:epims4_1:admin:start

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2011-03-23T09:47:54+0200

Manuel d'administration ---------- * Première installation d'ePims * Requis * Java * PostgreSQL * Apache Geronimo 2.0 * Serveur FTP * Configuration * PostgreSQL * Apache Geronimo 2.0 * Serveur FTP * Module ePims * ePimsStructure * ConfigurationePims * Mise à jour d'ePims * ePimsStructure * UpdateDBePims * Migration d'une base existante * Migration du PIMS_ROOT * Changement de localisation du PIMS_ROOT * ConfigurationePi…

wiki:epims4_1:admin:supportedformats

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2014-02-11T15:11:24+0200

Formats supportés par le système Actuellement, les formats de données reconnus par eP-Back sont les suivants : * Waters * QTOF [Ultima] (Dans intruments.xml d'eP-Back, spécifier 'QTOF Waters') * Thermo (Dans intruments.xml d'eP-Back, spécifier 'LTQ Thermo

wiki:epims4_1:admin:updatedbepims

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2011-03-23T09:46:51+0200

Migration périphérique Migration d'une base existante De manière générale, si vous utilisiez déjà Pims dans une version précédente, il est souvent nécessaire de migrer les données. Pour cela * Connectez-vous à la BD PimsDB, avec PgAdmin par exemple, en utilisant le