http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/ 2026-04-17T16:24:41+0200 http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/ http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/lib/tpl/dokuwiki/images/favicon.ico text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:user:epback&rev=1222935666&do=diff 1. Introduction eP-Back s’inscrit dans le cadre d'ePIMS qui est un système de gestions des données issues de la plateforme protéomique. L’objectif de ce système est de conserver une trace des données produites et de faire de ce système un outil de travail quotidien. text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:user:epbackconfiguration&rev=1222935666&do=diff 3. Configuration 1. Choix de l'instrument Pour choisir l'instrument sur lequel récupérer ou supprimer les données il suffit de le choisir dans la liste proposé (voir partie1 sur la figure 1). Si l'instrument n'apparait pas dans la liste, c'est que celui n'a pas de fichier de configuration associé. Voir la partie text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:user:epbackrun&rev=1222935666&do=diff 5. Sélection et démarrage 1. Sélection des analyses La sélection des analyses à copier se fait soit globalement en utilisant les icônes soit analyse par analyse en sélectionnant celles désirées en début de ligne. Le nombre d’analyses sélectionnées ainsi que la taille globale estimée sont affichés en bas à droite du tableau. text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:user:epbackvisualisation&rev=1222935666&do=diff 4. Visualisation des analyses figure 2 : Les analyses 1. Les icônes * : Visualisation ou non des analyses non sauvegardées. L'icône affichée correspond à l'état actuel. * : Visualisation ou non des analyses déjà sauvegardées. L'icône affichée correspond à l'état actuel. text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:user:epimsarchitecture&rev=1222935666&do=diff Architecture fonctionnelle Le système ePims s'articule en 3 modules : * eP-Back qui est l'application chargée spécifiquement du transfert des données résultant des acquistions et de la suppression de ces données sur les disques des machines d'acquisition. text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:user:epimsintro&rev=1222935666&do=diff Introduction Qu'est-ce que ePims ePims (pour experiment Proteomic Information Management System) est une infrastructure permettant de gérer de manière structurée les données de spectrométrie de masse issues d'une plate-forme de protéomique. Le terme text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:user:epwebarchive&rev=1222935666&do=diff 6. Archivage 1. Accès L'accès à la page d'archivage se fait depuis le menu princpal. Cette page n'est accessible qu'aux administrateurs du site. 2. Description onglet archivage Le premier onglet présente deux tableaux : * La liste des études archivables, avec la taille estimée des données associées et d'autres informations (date de cloture et de création, nom du responsable). text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:user:epwebentityaction&rev=1222935666&do=diff 4. Actions sur les entités 1- Création d'un programme : La création d'un programme est réservée aux administrateurs. Elle est accessible depuis le menu “Administration” . La page de création contient différents champs décrivant le nouveau programme. Certains de ces champs sont obligatoires. Par défaut, la date de création est la date courante. text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:user:epwebftp&rev=1222935666&do=diff 3. Récupération de données 1. Accès: Seules les études ont des données accessibles. Pour chaque étude, les répertoires raw, results, spectra, samples et search sont définis. Pour le moment, seuls des .raw et des .pkl/.prp sont disponibles dans les répertoires raw et spectra respectivement. text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:user:epwebihm&rev=1222935666&do=diff Accès et organisation * Accés à ePims : http://[pims-serv:8000]/ePims (Nota : la partie entre crochet dépend de votre installation, c'est l'adresse de la machine où à été installé le serveur Web géronimo. Pour plus d'information demandez à votre administrateur réseaux). text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:user:epwebreports&rev=1222935666&do=diff 5. Etats de sortie 1. Accès: En cliquant sur le lien “Etats de sortie” dans le menu “Activité”, une page donnant accès aux différentes volumétries s'affiche. 2. Description: Les états de sortie offrent une vue synthétique sur l'état du système à un instant donné ou une période donnée. Ces états de sortie peuvent être, entre autres, la volumétrie des différentes entités qui reflètent l'activité du laboratoire : text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:user:epwebsearch&rev=1222935666&do=diff 2. Recherche 1. Accès: Cette fonction est accessible depuis le menu “Recherche” ainsi que depuis le menu de l'utilisateur : Mes responsabilités, Mon activité, Mes échantillons. 2. Description: Pour un utilisateur, il existe deux façons de chercher les informations: d'une part les informations qui le concernent directement, càd les entités dont il est le responsable scientifique ou qui font partie des projets scientifiques auxquels il participe, d'autre part les informations de la plate forme… text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:user:start&rev=1222935666&do=diff Guide d'utilisation d'ePims 3.3 * ePimsIntro * Fonctionnalités * ePimsArchitecture * Guide d'utilisation d'eP-Web * ePWebIHM * Fonctionnalités * 1. Visualisation * ePWebSearch * ePWebFTP * ePWebEntityAction * ePWebReports * ePWebArchive * Guide d'utilisation d'eP-Back * 1. Introduction * 2. Description général * ePBackConfiguration * ePBackVisualisation * ePBackRun