http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/ 2026-04-17T12:37:26+0200 http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/ http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/lib/tpl/dokuwiki/images/favicon.ico text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:developer:configdev&rev=1222935666&do=diff Configuration ePims pour le développement Introduction Ce chapitre décrit les configurations nécessaire au développement des modules d'ePims. Par configuration on entends la mise en place de l'environnement d'exécution (FTP / BD etc) et celui de développement (Eclipse text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:developer:configtest&rev=1222935666&do=diff Environnement de test Pour que l’exécution soit correcte il faut vérifier certains points : * La base de données de test soit bien créée. Cette base, au format sql, est fournie avec eP-Core. Elle ne doit être modifiée que pour permettre l’ajout de test et en connaissance de cause. En effet, les différents tests vérifient la composition de cette base. (vérifient qu’il y a bien x samples, qu’il existe un actor ayant yyy comme login etc text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:developer:ep-back&rev=1222935666&do=diff Guide d'implémentation de BackPims * ePBackIntro * ePBackConfig * ePBackAnalysis * ePBackDB * ePBackNote * ePBackViewAnalysis text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:developer:ep-core&rev=1222935666&do=diff Guide d'implémentation d'eP-Core Introduction eP-Core est le module d'accès à la BD. Ce module permet d'obtenir les objets Java représentant les données de la BD ePims ainsi que les services permettant d'agir sur ces objets. Ce module est déployé de façon indépendante sur le serveur d'application Java Geronimo afin d'être utilisé et partagé par les autres modules de présentations et de service du système. text/html 2008-10-06T09:49:45+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:developer:ep-web&rev=1223279385&do=diff Guide d'implémentation de eP-Web Introduction Ce guide d’implémentation décrit l’implémentation choisie pour la partie présentation de l’application web du système ePims. Technologies Figure 1 Architecture globale de l’application text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:developer:epbackanalysis&rev=1222935666&do=diff 3. Les analyses Les différentes propriétés des analyses sont lues directement au niveau des données issues des instruments. On doit pouvoir retrouver les informations suivantes : * Le nom, une description et la date où l'analyse a été réalisée : ces informations sont lues dans les fichiers d'analyses générés par les instruments. text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:developer:epbackconfig&rev=1222935666&do=diff 2. Configuration La configuration de la copie est réalisée à plusieurs endroits. D’une part des fichiers de configuration permettent de spécifier certains paramètres. Ceci permet de ne pas avoir à recompiler l’application sans pour autant permettre à l’utilisateur de les modifier trop facilement. D’autres paramètres sont accessibles par l’interface graphique de l’application et donc aux utilisateurs. text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:developer:epbackdb&rev=1222935666&do=diff 4. Renseignement de la BD Le rôle de BackPIMS est donc, d’une part, de renseigner les différents champs de PIMS lors de la copie des analyses et, d’autre part, de relire ces informations pour permettre à l’utilisateur de nettoyer les PC des instruments des analyses déjà sauvegardées. text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:developer:epbackintro&rev=1222935666&do=diff 1. Introduction BackPims est l'application standalone qui permet : * Le transfert des nouvelles données d'acquisitions sur le SAN et les référencer dans PIMS. * La suppression sécurisée des instruments des données d'acquisitions qui ont été transférées text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:developer:epbacknote&rev=1222935666&do=diff 5. Remarques * Lors de l'opération de transfert et dans le cas où une erreur survient, il est nécessaire de défaire toutes les étapes précédentes. L’ordre des opérations doit donc dépendre de cette contrainte. Le plus simple étant de vérifier dans un premier temps que toutes les informations nécessaires sont correctement renseignées, copier les données sur le SAN et créer les différents objets dans PIMS. text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:developer:epbackviewanalysis&rev=1222935666&do=diff 6. Visualisation des analyses Le tableau contenant toutes les analyses identifiées pour un instrument donné est créé en fonction d'une part des propriétés communes à toutes les analyses, quelque soit leur format, et d'autre part, des propriétés spéciques aux formats des données : DataFormat.getPropertyCount(), DataFormat.getPropertyCount() text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:developer:start&rev=1222935666&do=diff Manuel développeur * * Architecture du système * ConfigDev * ConfigTest * Implémentation * eP-Core * eP-Web * eP-Back * techno * DataModel Introduction Cette partie donne des clés pour permettre à un développeur de prendre en main, de comprendre la structure du code source d'ePims, d'installer et de configurer un l'environnement de développement Eclipse. Enfin il contient des pages qui décrivent certains choix d'implémentation d'ePims. text/html 2008-10-02T10:21:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://biodev.extra.cea.fr/docs/epims/doku.php?id=wiki:epims3_3:developer:techno&rev=1222935666&do=diff Technologies utilisées Ant Description ANT permet de gérer la construction d’une application, c’est un système de gestion de build, comparable à Make, qui utilise Java et le format XML pour la description des tâches à effectuer. On utilise ANT dans l’environnement d’Eclipse. Il est toutefois possible d’utiliser ANT en dehors d’Eclipse. Il n’y a pas eu de tests faits avec différentes versions mais aucune ‘tâche’ spéciale n’est utilisée sauf ivy (il faut pointer ivy.jar dans le classpath de ANT…