Actuellement, les formats de données reconnus par eP-Back sont les suivants :

• Waters
  • QTOF [Ultima] (Dans intruments.xml d'eP-Back, spécifier 'QTOF Waters')

• Thermo (Dans intruments.xml d'eP-Back, spécifier 'LTQ Thermo')
  • LTQ
  • LTQ-FT
  • LTQ OrbiTrap

• Thermo 2.1 ⇒ spectro utilisant XCalibur 2.1 (Dans intruments.xml d'eP-Back, spécifier 'LTQ Thermo 2.1'). A partir d'eP-Back 1.16.0
  • LTQ Orbitrap VELOS

• Applied
  • QTrap 4000 (Dans intruments.xml d'eP-Back, spécifier 'QTrap Applied')
  • Maldi ToF-ToF 4800(Dans intruments.xml d'eP-Back, spécifier 'Maldi 4800 Applied')