ePims

Cette configuration a été testée pour

• QTrap 4000

Dans la sample list de l'instrument l'instrument, ajouter deux colonnes supplémentaires :

1. operateur ou operator
2. description

Dans le batch file de l'instrument les propriétés suivantes doivent être définies :

• Sample ID contient le nom ePims de l'échantillon
• Sample Name contient le nom de l'acquisition
• Data File correspond au nom du fichier résultat d'acquisition
• operateur ou operator contient le nom de l'opérateur de l'instrument.
• description contient la description de l'acquisition.

La date et la taille de l'acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'acquisition. La durée n'est actuellement pas récupérée. Pour chaque acquisition, il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'acquisition et se trouver dans un sous répertoire MGF par rapport au répertoire contenant les acquisitions.

De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un Sample Name différents qui ont un même Data File. Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une même étude. Autres cas à tester …

Au niveau d'Analyst (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie. Le répertoire source spécifié à eP-Back peut se situer à deux niveaux:

• Au niveau d'un projet. Par conséquent eP-Back recherche sous ce point d'entré un répertoire Data contenant les acquisitions.
  • <QTrap_Source>
    • Data
      • MGF
• Au niveau des projets d'Analyst. Dans ce cas eP-Back va proposer la liste de toutes les acquisitions présentes dans tous les projets. Le logiciel recherche dans tous les répertoires du point d'entré un sous répertoire Data contenant les acquisitions du projet.
  • <QTrap_Source>
    • <projet_1>
      • Data
        • MGF
    • <projet_2>
      • Data
        • MGF

Dans la version 1.5 (et sup.) d'Analyst, une option entrainant un bug d'eP-Back est coché par défaut. Cette option (“Use flat files for scan data”) va obliger Analyst à séparer une analyse en 2 fichiers, un .wiff et un .wiff.scan. Pour désactiver cette option il faut :

• Sélectionner “Configure” dans le panneau de gauche
• Cliquer sur “Tools” ⇒ “Settings” ⇒ “Queue options”
• Décocher “Use flat files for scan data”

L'utilité de cette option est explicité dans la doc (en résumé elle permet de “faciliter” les lectures réseaux, elle n'a pas d'impact sur les analyses en elles-même) :

Use flat files for scan data: Select this check box if you want to use a flat file format. Whether you acquire data locally or through network acquisition, if you have large data files or if you perform high throughput quantitative analysis, it is recommended that flat files are used. By default, this option is selected.
If the flat file format is selected for a *.wiff file scan, data from the scans will be stored in a separate "flat" file. For example, the scans from the sample Test.wiff will be stored in a file called Test.wiff.scan.
Flat means these files are ordinary files where data is stored byte after byte and not organized in special structures as in compound documents. Flat files are more stable, less likely to become corrupted, and are smaller than compound files. The uncomplicated structure makes reading and writing data more efficient, which simplifies the transfer of large amounts of data over the network. Data in compound documents are more difficult to transmit over the network because of their structural limitations. Both file formats are available for local and network acquisition.

Cette configuration a été testée pour :
- 4800 Maldi ToF-Tof

• Dans le spotset mettre dans la colonne “name” de chaque spot le nom de l'échantillon ePims auquel correspond celui-ci (pour plus de rapidité le nom peut être rentré une seule fois et étendu à tout les autres spot correspondant au même échantillon).
• Une fois les acquisitions effectuées, extraire :
  1. dans le dossier [source]¹⁾/spotsets/ : le fichier de description du spotset et des méthodes d'analyse. Pour ce faire : File → Export XML from database → ajouter le spotset et les méthodes voulues → Export.
  2. dans le dossier [source]/spotsets/t2d/ : les fichiers de données. Pour ce faire, sélectionnez les spots dans la fenêtre de description du spotset → clique droit → Export data.

- Nota :

• Le nom des analyses est construit tel que suit : [nom du spotset]-[numéro du run]-[nom de l'échantillon spécifié dans 4000SE]. Exemple : Fi_20080506-5-Ech01.
• Les différents fichiers concernant une analyse (description du spotset et fichiers de données t2d) sont rassemblés dans un fichier zip par eP-Back avant d'être transférés. Ce fichier zip aura pour nom celui de l'analyse.
• 4800Applied