A ce stade, vous avez créé la base de données ePims et un utilisateur pour se connecter à cette base. Cette base est également accessible en TCP/IP depuis la machine qui sera le serveur d'application Geronimo qui est lui même opérationnel. Enfin, vous disposez d'un serveur FTP configuré pour rendre visible en lecture seule le repository ePims. Il reste maintenant à configurer les différents modules d'ePims avant de les déployer sur le serveur d'application et à configurer eP-Back pour les transferts des données de spectrométrie de masse.

L'infrastucture ePims s'appuis sur un espace disque où les différentes données (autres que celles enregistrées dans la base de données) sont stockées. L'organisation de cet espace est la suivante :

• <PIMS_ROOT>: racine de l'espace réservé au systeme ePims
  • <PIMS_REPOSITORY_x> : un des répertoires (sous pims_root) contenant les données relatives à l'activité.
    • <PRG_NOMENCLATURE> : répertoire spécifique au programme de recherche PRG_NOMENCLATURE
      • data : répertoire contenant toutes les données relatives au programme PRG_NOMENCLATURE
      • <PROJ1_NOMENCLATURE> : répertoire spécifique au projet scientifique PROJ1_NOMENCLATURE appartenant au programme PRG_NOMENCLATURE
        • data : répertoire contenant toutes les données relatives au projet PROJ1_NOMENCLATURE
        • <STD_NOMENCLATURE> : répertoire spécifique à l'étude STD_NOMENCLATUREdu projet PROJ1_NOMENCLATURE
          • data : répertoire contenant toutes les données relatives à l'étude STD_NOMENCLATURE
            • <tag> : différents sous répertoires pour chaque type de documents. Les répertoires ne sont créés que si nécessaire
          • samples : répertoire spécifique aux échantillons associés à l'étude
            • data : répertoire contenant toutes les données relatives à l'étude STD_NOMENCLATURE
              • <tag> : différents sous répertoires pour chaque type de documents. Les répertoires ne sont créés que si nécessaire. Les plus courants :
              • RAW : contient les données brutes générées par les instruments (.raw pour les QTOF par exemple).
              • SPECTRA : contient les spectres processés issus des données brutes (.pkl ou prp par exemple)
  • <PIMS_SYSTEM> : répertoire systeme de ePims dans lequel des fichiers de logs (par exemple) sont enregsitrés.
  • <PIMS_DROP_ZONE> : répertoire utilisé pour transférer des documents dans ePims.
  • <PIMS_ARCHIVE> : répertoire utilisé pour l'archivage des données

La distribution des binaires d'ePims contient l'arborescence suivante :

• ePims_4.1M1
  • database/
    • ePimsModel.sql
    • Data_migration-1.sql
    • Data_migration-2.sql
    • Data_migration-3.sql
    • Data_migration-4.sql
    • Data_migration-5.sql
    • Data_migration-6.sql
    • Data_migration-6final.sql
    • Data_migration-7.sql
  • eP-Core/
    • eP-Core-3.7.0.jar
    • eP-Core.properties
    • updateJar-Core.bat
    • updateJar-Core.sh
  • eP-EAR/
    • eP-Web/
      • jnlp/
        • epplate.jnlp
      • WEB-INF/
        • classes/
          • eP-Web.properties
      • eP-Web.war
    • resources_deployment_plans/
      • deploy_ds.xml
      • deploy_jms.xml
    • eP-EAR.ear
    • install_ePims.bat
    • install_ePims.sh
    • redeploy_ePims.bat
    • redeploy_ePims.sh
  • eP-Back-1.14.0.zip
  • eP-TAF-0.4.0.zip

Cette arborescence doit être copiée dans un répertoire temporaire d'installation afin de pouvoir modifier certains fichiers de configuration. Tous les chemins et fichiers donnés dans cette page sont relatifs à ce répertoire temporaire d'installation.