ePims

Il existe plusieurs types et plusieurs niveaux de configurations. En effet, certaines sont spécifiques à l'implémentation d'eP-Back et sont donc uniquement accessibles depuis les sources du projets (ou dans le jar de distribution), d'autres sont fixées 1 seule fois, par la plateforme lors de l'installation, au travers des fichiers de configuration contenus dans la distribution. Enfin, d'autres sont modifiables à volonté et sont donc accessible via l'IHM.

Le fichier dataformats.xml permet de spécifier le nom des formats de données supportés et leur classe d’implémentation (de l’interface DataFormat). Ce fichier n'étant modifié que par les développeur lors de l'ajout d'un format, il fait parti du jar.

 <backpims>
   <dataformats>
      <dataformat>
        <name>QTOF Waters</name>
        <class>pims.backup.dataformat.waters.MLFormat</class>
      </dataformat>
        ...
   </dataformats>
 </backpims>

Le fichier instruments.xml contient la configuration des instruments du parc. Ce fichier doit être placé dans le répertoire /conf de la distribution de l’application et est de la forme :

 <instruments>
   <instrument>
     <label>[instrument_1 Label]</label> <!--A partir de la version 1.10 -->
     <name>[instrument_1]</name>
     <src>/path/to/instrument/source/data</src>
     <format>[instrument format]</format>
     <removeFiles>false</removeFiles>
     <transfer_mode>0</transfer_mode>
   </instrument>
 </instruments>

Le nom de l’instrument ainsi qu'un label est spécifié. Ceci permet de distinguer l'instrument et la configuration et donc de crééer plusieurs configuration pour un même instrument. Le tag src contient le chemin vers le répertoire source, contenant les analyses à copier. Le tag format identifie le DataFormat auquel appartiennent les analyses. Cet identifiant doit être identique à un des noms utilisés dans la description des formats (fichier dataformats.xml). Enfin removeFiles et transfer_mode sont les valeurs par défaut de deux paramètres qui sont également configurables depuis l’interface utilisateur.

Le premier permet de spécifier si les données doivent être supprimées après copie . Le second défini le mode de transfert par défaut. Les modes de transfert possibles sont ‘0’ pour la copie depuis les instruments vers le SAN et ‘1’ pour la suppression sur les instruments des analyses déjà sauvegardées.

Le terme configuration représente souvent (dans la doc) une configuration donnée pour un instrument donné. C'est donc un ensemble : {Label, DataFormat, Instrument, Src Path}

Au démarrage de l'application BackPimsApp enregsitre (dans une Map<String config, Map<String param,Object value») toutes les configurations définit dans instruments.xml et initialise ConfigurationPane. Une seule instance de cette classe est défini et est référencé par BackPimsApp. ConfigurationPane référence tous les DataFormat configurés (dans dataformats.xml). Lors de la sélection d'une configuration, la méthode setInstrument(String instrConfigLabel, Map<String param,Object value» values) est appelée et repositionne les attributs hérités de BackupParameter…

Plusieurs types de paramètres spécifique au DataFormat associé à la configuration sélectionnée sont accessibles via l’IHM. Ceci est spécifique à la classe d'implémentation de DataFormat.

Dans le panneau de configuration globale, les chemins des répertoires source (spécifié via le fichier) et destination (déterminé en fonction des paramètres de ePIMS) sont indiqués sans que l’utilisateur ne puisse les modifier. Le paramètre transfer_mode ainsi que la suppression ou non des acquisitions après transfert (initialisés dans le fichier instruments.xml) peuvent être modifiés via l'IHM et modifient les attributs correspondants dans ConfigurationPane

(Continuez vers la suite de la documentation ⇒ epBackCache)