ePims

A partir d'eP-Back 1.17.0

Cette configuration a été testée pour

• Triple TOF mais doit également fonctionner avec les QTrap 4000-5500-6500 …

Ce format est compatible avec le format 'QTrap Applied' mais permet des configurations supplémentaires :

• Il permet de supporter l'option “Use flat files for scan data” (voir ci-dessous) qui sépare une analyse en 2 fichiers, un .wiff et un .wiff.scan.
• Mais il supporte aussi le cas où seul un .wiff est généré.
• Il permet plus de souplesse dans la définition des propriétés (voir ci-dessous)

ATTENTION : Si on utilise la “simplification” des champs de la Sample List/Batch, il est nécessaire de n'avoir qu'une seule acquisition par fichiers (wiff ou wiff+scan) puisque le nom de l'acquisition est déduit de celui du fichier.

Il est toujours possible d'utiliser la définition des propriétés comme cela a été décrit pour le 'QTrap Applied'. Dans ce cas, on peut définir plusieurs acquisitions.

Si la colonne Sample ID est définie, on utilise

• Sample ID contient le nom ePims de l'échantillon
• Sample Name contient le nom de l'acquisition
• Data File correspond au nom du fichier résultat d'acquisition

Dans le cas contraire les propriétés attendues

• Sample Name contient le nom ePims de l'échantillon
• Data File correspond au nom du fichier résultat d'acquisition et au nom de l'acquisition (sans extension)

Si des colonnes supplémentaires ont été ajoutées, on attend

• la colonne operateur ou operator qui contient le nom de l'opérateur de l'instrument.
• la colonne description qui contient la description de l'acquisition.

Sinon

• Depuis la colonne comment est extraits
  • op=XXX où XXX est le nom de l'opérateur de l'instrument.
  • d=ZZZ où ZZZ est la description de l'acquisition.
• Si op/d ne sont pas saisis
  • la colonne comment contient la description de l'acquisition.

La date et la taille de l'acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'acquisition.
Pour chaque acquisition, il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'acquisition et se trouver dans un sous répertoire MGF par rapport au répertoire contenant les acquisitions.

Note La durée n'est actuellement pas récupérée.

Au niveau d'Analyst (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie. Le répertoire source spécifié à eP-Back peut se situer à deux niveaux:

• Au niveau d'un projet. Par conséquent eP-Back recherche sous ce point d'entré un répertoire Data contenant les acquisitions.
  • <QTrap_Source>
    • Data
      • MGF
• Au niveau des projets d'Analyst. Dans ce cas eP-Back va proposer la liste de toutes les acquisitions présentes dans tous les projets. Le logiciel recherche dans tous les répertoires du point d'entré un sous répertoire Data contenant les acquisitions du projet.
  • <QTrap_Source>
    • <projet_1>
      • Data
        • MGF
    • <projet_2>
      • Data
        • MGF

Cette configuration a été testée pour

• QTrap 4000-5500-6500 …

Dans la sample list de l'instrument l'instrument, ajouter deux colonnes supplémentaires :

1. operateur ou operator
2. description

Dans le batch file de l'instrument les propriétés suivantes doivent être définies :

• Sample ID contient le nom ePims de l'échantillon
• Sample Name contient le nom de l'acquisition
• Data File correspond au nom du fichier résultat d'acquisition
• operateur ou operator contient le nom de l'opérateur de l'instrument.
• description contient la description de l'acquisition.

La date et la taille de l'acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'acquisition.
Pour chaque acquisition, il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'acquisition et se trouver dans un sous répertoire MGF par rapport au répertoire contenant les acquisitions.

Note La durée n'est actuellement pas récupérée.

Au niveau d'Analyst (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie. Le répertoire source spécifié à eP-Back peut se situer à deux niveaux:

• Au niveau d'un projet. Par conséquent eP-Back recherche sous ce point d'entré un répertoire Data contenant les acquisitions.
  • <QTrap_Source>
    • Data
      • MGF
• Au niveau des projets d'Analyst. Dans ce cas eP-Back va proposer la liste de toutes les acquisitions présentes dans tous les projets. Le logiciel recherche dans tous les répertoires du point d'entré un sous répertoire Data contenant les acquisitions du projet.
  • <QTrap_Source>
    • <projet_1>
      • Data
        • MGF
    • <projet_2>
      • Data
        • MGF

De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un Sample Name différents qui ont un même Data File. Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une même étude. Autres cas à tester …

Dans la version 1.5 (et sup.) d'Analyst, une option est incompatible avec ce format et entraine un bug d'eP-Back. Cette option (“Use flat files for scan data”) va obliger Analyst à séparer une analyse en 2 fichiers, un .wiff et un .wiff.scan.

Pour désactiver cette option il faut :

• Sélectionner “Configure” dans le panneau de gauche
• Cliquer sur “Tools” ⇒ “Settings” ⇒ “Queue options”
• Décocher “Use flat files for scan data”

L'utilité de cette option est explicité dans la doc (en résumé elle permet de “faciliter” les lectures réseaux, elle n'a pas d'impact sur les analyses en elles-même) :

Use flat files for scan data: Select this check box if you want to use a flat file format. Whether you acquire data locally or through network acquisition, if you have large data files or if you perform high throughput quantitative analysis, it is recommended that flat files are used. By default, this option is selected.
If the flat file format is selected for a *.wiff file scan, data from the scans will be stored in a separate "flat" file. For example, the scans from the sample Test.wiff will be stored in a file called Test.wiff.scan.
Flat means these files are ordinary files where data is stored byte after byte and not organized in special structures as in compound documents. Flat files are more stable, less likely to become corrupted, and are smaller than compound files. The uncomplicated structure makes reading and writing data more efficient, which simplifies the transfer of large amounts of data over the network. Data in compound documents are more difficult to transmit over the network because of their structural limitations. Both file formats are available for local and network acquisition.

NOTE : Si vous souhaitez utiliser cette option il faut utiliser le format WiffScan !

Cette configuration a été testée pour :
- 4800 Maldi ToF-Tof

• Dans le spotset mettre dans la colonne “name” de chaque spot le nom de l'échantillon ePims auquel correspond celui-ci (pour plus de rapidité le nom peut être rentré une seule fois et étendu à tout les autres spot correspondant au même échantillon).
• Une fois les acquisitions effectuées, extraire :
  1. dans le dossier [source]¹⁾/spotsets/ : le fichier de description du spotset et des méthodes d'analyse. Pour ce faire : File → Export XML from database → ajouter le spotset et les méthodes voulues → Export.
  2. dans le dossier [source]/spotsets/t2d/ : les fichiers de données. Pour ce faire, sélectionnez les spots dans la fenêtre de description du spotset → clique droit → Export data.

- Nota :

• Le nom des analyses est construit tel que suit : [nom du spotset]-[numéro du run]-[nom de l'échantillon spécifié dans 4000SE]. Exemple : Fi_20080506-5-Ech01.
• Les différents fichiers concernant une analyse (description du spotset et fichiers de données t2d) sont rassemblés dans un fichier zip par eP-Back avant d'être transférés. Ce fichier zip aura pour nom celui de l'analyse.
• 4800Applied