Dans ce document seront rassemblées les différentes données et idées susceptibles d'aider à l'intégration de la gestion du spectromètre Applied 4800 MALDI ToF-ToFdans ePims (et à la gestion des données avec cet appareil de manière générale)

(pour connaître la syntaxe d'écriture sur dokuwiki voir : ici)

Version : (?)
Login/MdP n°1 : tsquared/ts
Login/MdP n°2 : system/ts

Les bases contenues sur le serveur présent sur la machine de l'applied à la plateforme du CHU de Grenoble sont :

A voir si le cas est identique sur les autres installations de l'applied?

Apparemment CIB-MS4800 et TSQUARED sont 2 copies (ou 2 instances) de la même base. Selon Veronique Hourdel, WALLACEDB serait une autre copie servant d'accès à ProteinPilot (le logiciel d'analyse des résultats) (a modifier si j'ai mal compris ^^).

Liste des tables des bases CIB-MS4800, TSQUARED et probablement WALLACEDB

1	ADMIN_SETTING
2	ADMIN_SETTING_DEF
3	ARCHIVE_HISTORY
4	ARCHIVE_HISTORY_DETAIL
5	ARCHIVE_KEY
6	ARCHIVE_OBJECT
7	BROWSER
8	BROWSER_COLUMN
9	BROWSER_COLUMN_DEF
10	CAL_MATRIX
11	CAL_PARAM_DEF
12	COMPOUND
13	FOLDER_OBJECT
14	JOB
15	JOB_ITEM
16	JOB_RUN
17	JOB_RUN_ITEM
18	LCMALDI_PEAK
19	LCMALDI_PEAK_LIST
20	MALDI_PLATE
21	MALDI_PLATE_INSTANCE
22	MALDI_PLATE_TYPE
23	METHOD
24	METHOD_SET_ITEM
25	OBJECT_TYPE
26	OVERRIDE_PARAM_SET
27	OVERRIDE_PARAM_VALUE
28	PARAMETER
29	PARAM_VALUE
30	PEAK
31	PEAK_COMPOUND_MAP
32	PEAK_LIST
33	QUERY
34	QUERY_ATTR
35	QUERY_ATTR_DEF
36	REF_MASS
37	RESULT
38	RUN_STATUS_DEF
39	SAMPLE_INSTANCE
40	SEARCH_PATTERN
41	SOURCE_CONTAINER
42	SPECTRUM
43	SPOT
44	SPOT_INFO
45	SPOT_SET
46	SPOT_SET_MAP
47	SPOT_SET_TEMPLATE
48	SPOT_TYPE
49	TEMP_DIRECTORY_LIST
50	TEMP_KEY
51	TEMP_METHOD_LIST
52	TEMP_PARM_LIST
53	TEMP_PATH_LIST
54	TEMP_PLATE_LIST
55	TSQUARED_LOG
56	TSQUARED_USER
57	UI_TAG
58	UI_TAG_ENUM

(a compléter)

Fichier de la forme spotset_[spotset_name].dmp accompagné d'un .log.
Tables concernées par le dump :

1	ADMIN_SETTING
2	ADMIN_SETTING_DEF
3	ARCHIVE_HISTORY
4	ARCHIVE_HISTORY_DETAIL
5	CAL_MATRIX
6	CAL_PARAM_DEF
7	FOLDER_OBJECT
8	JOB
9	JOB_ITEM
10	JOB_RUN
11	JOB_RUN_ITEM
12	LCMALDI_PEAK
13	LCMALDI_PEAK_LIST
14	MALDI_PLATE
15	MALDI_PLATE_INSTANCE
16	MALDI_PLATE_TYPE
17	METHOD
18	OBJECT_TYPE
19	PARAMETER
20	PARAM_VALUE
21	PEAK
22	PEAK_LIST
23	REF_MASS
24	RESULT
25	RUN_STATUS_DEF
26	SAMPLE_INSTANCE
27	SOURCE_CONTAINER
28	SPECTRUM
29	SPOT
30	SPOT_INFO
31	SPOT_SET
32	SPOT_SET_MAP
33	SPOT_TYPE
34	TSQUARED_USER

Tables non concernées par le dump (différence par rapport à la liste des tables des bases CIB-MS4800, TSQUARED et probablement WALLACEDB)

1	ARCHIVE_KEY
2	ARCHIVE_OBJECT
3	BROWSER
4	BROWSER_COLUMN
5	BROWSER_COLUMN_DEF
6	COMPOUND
7	METHOD_SET_ITEM
8	OVERRIDE_PARAM_SET
9	OVERRIDE_PARAM_VALUE
10	PEAK_COMPOUND_MAP
11	QUERY
12	QUERY_ATTR
13	QUERY_ATTR_DEF
14	SEARCH_PATTERN
15	SPOT
16	SPOT_SET_TEMPLATE
17	TEMP_DIRECTORY_LIST
18	TEMP_KEY
19	TEMP_METHOD_LIST
20	TEMP_PARM_LIST
21	TEMP_PATH_LIST
22	TEMP_PLATE_LIST
23	TSQUARED_LOG
24	UI_TAG

Le logiciel permettant le pilotage du 4800 permet d'exporter un certains nombres d'informations.

1. Description du spotset (XML)
2. Description des méthodes d'acquisition/processing/interprétation (XML)
3. Spectre de chaque acquisition (T2D)