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Rassemblement des données et idées sur l'Applied 4800
Dans ce document seront rassemblées les différentes données et idées susceptibles d'aider à l'intégration de la gestion du spectromètre Applied 4800 MALDI ToF-ToFdans ePims (et à la gestion des données avec cet appareil de manière générale)
(pour connaître la syntaxe d'écriture sur dokuwiki voir : ici)
La base de données (Oracle)
Version : (?)
Login/MdP n°1 : tsquared/ts
Login/MdP n°2 : system/ts
Les bases contenues sur le serveur présent sur la machine de l'applied à la plateforme du CHU de Grenoble sont :
A voir si le cas est identique sur les autres installations de l'applied?
Rôle de chaque base
Apparemment CIB-MS4800 et TSQUARED sont 2 copies (ou 2 instances) de la même base. Selon Veronique Hourdel, WALLACEDB serait une autre copie servant d'accès à ProteinPilot (le logiciel d'analyse des résultats) (a modifier si j'ai mal compris ^^).
Schémas
Liste des tables des bases CIB-MS4800, TSQUARED et probablement WALLACEDB
1 ADMIN_SETTING 2 ADMIN_SETTING_DEF 3 ARCHIVE_HISTORY 4 ARCHIVE_HISTORY_DETAIL 5 ARCHIVE_KEY 6 ARCHIVE_OBJECT 7 BROWSER 8 BROWSER_COLUMN 9 BROWSER_COLUMN_DEF 10 CAL_MATRIX 11 CAL_PARAM_DEF 12 COMPOUND 13 FOLDER_OBJECT 14 JOB 15 JOB_ITEM 16 JOB_RUN 17 JOB_RUN_ITEM 18 LCMALDI_PEAK 19 LCMALDI_PEAK_LIST 20 MALDI_PLATE 21 MALDI_PLATE_INSTANCE 22 MALDI_PLATE_TYPE 23 METHOD 24 METHOD_SET_ITEM 25 OBJECT_TYPE 26 OVERRIDE_PARAM_SET 27 OVERRIDE_PARAM_VALUE 28 PARAMETER 29 PARAM_VALUE 30 PEAK 31 PEAK_COMPOUND_MAP 32 PEAK_LIST 33 QUERY 34 QUERY_ATTR 35 QUERY_ATTR_DEF 36 REF_MASS 37 RESULT 38 RUN_STATUS_DEF 39 SAMPLE_INSTANCE 40 SEARCH_PATTERN 41 SOURCE_CONTAINER 42 SPECTRUM 43 SPOT 44 SPOT_INFO 45 SPOT_SET 46 SPOT_SET_MAP 47 SPOT_SET_TEMPLATE 48 SPOT_TYPE 49 TEMP_DIRECTORY_LIST 50 TEMP_KEY 51 TEMP_METHOD_LIST 52 TEMP_PARM_LIST 53 TEMP_PATH_LIST 54 TEMP_PLATE_LIST 55 TSQUARED_LOG 56 TSQUARED_USER 57 UI_TAG 58 UI_TAG_ENUM
Les dumps
Dump complet de la base
(a compléter)
Dump d'un spotset en particulier
Fichier de la forme spotset_[spotset_name].dmp accompagné d'un .log. Tables concernées par le dump :
1 ADMIN_SETTING 2 ADMIN_SETTING_DEF 3 ARCHIVE_HISTORY 4 ARCHIVE_HISTORY_DETAIL 5 CAL_MATRIX 6 CAL_PARAM_DEF 7 FOLDER_OBJECT 8 JOB 9 JOB_ITEM 10 JOB_RUN 11 JOB_RUN_ITEM 12 LCMALDI_PEAK 13 LCMALDI_PEAK 14 LCMALDI_PEAK_LIST 15 MALDI_PLATE 16 MALDI_PLATE_INSTANCE 17 MALDI_PLATE_TYPE 18 METHOD 19 OBJECT_TYPE 20 PARAMETER 21 PARAM_VALUE 22 PEAK 23 PEAK_LIST 24 REF_MASS 25 RESULT 26 RUN_STATUS_DEF 27 SAMPLE_INSTANCE 28 SOURCE_CONTAINER 29 SPECTRUM 30 SPECTRUM 31 SPOT 32 SPOT_INFO 33 SPOT_SET 34 SPOT_SET_MAP 35 SPOT_TYPE 36 TSQUARED_USER
4000 Series Explorer (4000SE)
Le logiciel permettant le pilotage du 4800 permet d'exporter un certains nombres d'informations.
- Description du spotset (XML)
- Description des méthodes d'acquisition/processing/interprétation (XML)
- Spectre de chaque acquisition (T2D)
T2D Extractor
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