ePims

Il existe plusieurs types et plusieurs niveaux de configurations. En effet, certaines sont spécifiques à l'implémentation d'eP-Back et sont donc uniquement accessible depuis les sources du projets (ou dans le jar de distribution), d'autres sont fixes par plateforme et ne nécessitent donc qu'un seule configuration lors de l'installation, par conséquent elles sont accessibles dans des fichiers de la distribution. Enfin, d'autres sont modifiables à volonté et sont donc accessible via l'IHM.

Le fichier dataformats.xml permet de spécifier le nom des formats de données supportés et leur classe d’implémentation (de l’interface DataFormat).

 <backpims>
   <dataformats>
      <dataformat>
        <name>QTOF Waters</name>
        <class>pims.backup.dataformat.waters.MLFormat</class>
      </dataformat>
        ...
   </dataformats>
 </backpims>

Le fichier instruments.xml contient la configuration des instruments du parc. Ce fichier doit être placé dans le répertoire /conf de la distribution de l’application et est de la forme :

 <instruments>
   <instrument>
     <label>[instrument_1 Label]</label> <!--A partir de la version 1.10 -->
     <name>[instrument_1]</name>
     <src>/path/to/instrument/source/data</src>
     <format>[instrument format]</format>
     <removeFiles>false</removeFiles>
     <transfer_mode>0</transfer_mode>
   </instrument>
 </instruments>

Le nom de l’instrument ainsi qu'un label est spécifié. Ceci permet de distinguer l'instrument et la configuration et donc de crééer plusieurs configuration pour un même instrument. Le tag src contient le chemin vers le répertoire source, contenant les analyses à copier. Le tag format identifie le DataFormat auquel appartiennent les analyses. Cet identifiant doit être identique à un des noms utilisés dans la description des formats (fichier dataformats.xml). Enfin removeFiles et transfer_mode sont les valeurs par défaut de deux paramètres qui sont également configurables depuis l’interface utilisateur.

Le premier permet de spécifier si les données doivent être supprimées après copie . Le second défini le mode de transfert par défaut. Les modes de transfert possibles sont ‘0’ pour la copie depuis les instruments vers le SAN et ‘1’ pour la suppression sur les instruments des analyses déjà sauvegardées.

Le terme configuration représente souvent (dans la doc) une configuration donnée pour un instrument donné. C'est donc un ensemble : {Label, DataFormat, Instrument, Src Path}

Lors du lancement de l’application, l’utilisateur doit avant tout choisir l’instrument ou plus exactement la configuration avec lequel il souhaite travailler. Ce choix déterminera l'espace source (PC distant le plus souvent) à partir duquel les transferts seront effectués ou sur lequel le nettoyage sera fait.

Plusieurs types de paramètres spécifique au DataFormat associé à la configuration sélectionnée sont accessibles via l’IHM.

Ce panneau permet d’agir sur les données d'analyses via leur format. Dans le cas des ‘QTOF Waters’, par exemple, il est possible d’associer des spectres aux analyses. (L'accès à ces données est spécifié dans le chapitre format de donnés)

Dans le panneau de configuration globale, les chemins des répertoires source (spécifié via le fichier) et destination (déterminé en fonction des paramètres de ePIMS) sont indiqués sans que l’utilisateur ne puisse les modifier. Le paramètre transfer_mode (initialisé dans le fichier instruments.xml) quand à lui peut être modifié via l'IHM :

(Continuez vers la suite de la documentation ⇒ epBackAnalysis)