ePims

La configuration de la copie est réalisée à plusieurs endroits. D’une part des fichiers de configuration permettent de spécifier certains paramètres. Ceci permet de ne pas avoir à recompiler l’application sans pour autant permettre à l’utilisateur de les modifier trop facilement. D’autres paramètres sont accessibles par l’interface graphique de l’application et donc aux utilisateurs.

• Le fichier dataformats.xml permet de spécifier le nom des formats de données supportés et leur classe d’implémentation (de l’interface DataFormat).

 <backpims>
   <dataformats>
      <dataformat>
        <name>QTOF Waters</name>
        <class>pims.backup.dataformat.waters.MLFormat</class>
      </dataformat>
        ...
   </dataformats>
 </backpims>

• Le fichier instruments.xml contient la configuration des instruments du parc. Ce fichier doit être placé dans le répertoire /conf de l’application et est de la forme :

 <instruments>
   <instrument>
     <label>[instrument_1 Label]</label> <!--A partir de la version 1.10 -->
     <name>[instrument_1]</name>
     <src>/path/to/instrument/source/data</src>
     <format>[instrument format]</format>
     <removeFiles>false</removeFiles>
     <transfer_mode>0</transfer_mode>
   </instrument>
 </instruments>

Le nom de l’instrument ainsi qu'un label est spécifié. Ceci permet de distinguer l'instrument et la configuration et donc de crééer plusieurs configuration pour un même instrument. Le tag src contient le chemin vers le répertoire source, contenant les analyses à copier. Le tag format identifie le DataFormat auquel appartiennent les analyses. Cet identifiant doit être identique à un des noms utilisés dans la description des formats (fichier dataformats.xml). Enfin removeFiles et transfer_mode sont les valeurs par défaut de deux paramètres qui sont également configurables depuis l’interface utilisateur.

Le premier permet de spécifier si les données doivent être supprimées après copie . Le second défini le mode de transfert par défaut. Les modes de transfert possibles sont ‘0’ pour la copie depuis les instruments vers le SAN et ‘1’ pour la suppression sur les instruments des analyses déjà sauvegardées.

Lors du lancement de l’application, l’utilisateur doit avant tout choisir l’instrument avec lequel il souhaite travailler. Ce choix déterminera le PC à partir duquel les transferts seront effectués ou sur lequel le nettoyage sera fait. De plus, ce choix permettra à l’application de charger le fichier de configuration spécifique à l’instrument.

Plusieurs types de paramètres sont configurables via l’IHM.

Dans le ‘panneau de configuration globale’, les chemins des répertoires source (spécifié via le fichier) et destination (déterminé en fonction des paramètres de PIMS) sont indiqués sans que l’utilisateur ne puisse les modifier. Le paramètre transfer_mode quand à lui peut être modifié et, en fonction du mode choisi, il est possible de supprimer les analyses sauvegardées.

En fonction du format de données associé à l'instrument choisi, un panneau de configuration spécifique est affiché à coté du panneau précédent. Ce panneau permet d’agir sur les données d'analyses via leur format. Dans le cas des ‘QTOF Waters’, il est possible d’associer des spectres aux analyses. Les fichiers prp sont recherchés dans le même répertoire Ce panneau de configuration devra également prendre en compte le mode de transfert et tout changement sur le choix de ce mode de transfert.. Dans le cas des ‘QTOF Waters’, l’association des spectres aux analyses sera valide quelque soit le mode de transfert choisi. En effet, il est possible de copier les spectres en même temps que les analyses sur le SAN tout comme il est possible de supprimer les analyses ET les spectres sur les instruments.que les analyses. Par contre, le répertoire contenant les fichiers pkl doit être spécifié.

(Continuez vers la suite de la documentation ⇒ epBackAnalysis)