eP-Back se charge de transférer les résultats d'acquisition dans le repository d'ePims. Pour se faire, eP-Back liste les fichiers d'acquisition qui se trouvent sur le disque de l'instrument (voir eP-Back) et pour chaque fichier, tente de déterminer les informations suivantes :

• Nom de l'acquisition
• ( ) Le nom de l'étude ePims à laquelle cette analyse se rattache
• Le nom ePims de l'échantillon qui a été analysé
• Le nom du responsable de l'échantillon (celui auquel l'échantillon appartient)
• Le nom de l'opérateur qui a réalisé l'analyse sur l'instrument
• La date de l'acquisition
• La durée de l'acquisition
• La taille du fichier d'acquisition

Les informations précédée de sont absolument requise pour que eP-Back puisse trasférer les données. Si eP-Back ne parvient pas à les retrouver, vous devrez les rentrer manuellement pour chaque analyse dans l'interface utilisateur d'eP-Back (voir ePBack).

Pour des raisons historiques, certaines informations sont obligatoires uniquement pour certains types d'instrument

Si certaines de ces informations sont enregistrée par défaut, d'autres doivent être saisies par l'opérateur de l'instrument dans certains champs de la sample-liste de sorte qu'elles apparaissent dans le fichier d'acquisition au moment où celui-ci est généré par l'instrument. Les champs utilisés étant spécifiques du type d'instrument, les paragraphes suivants décrivent les informations saisies et l'endroit où elles doivent être saisies et ce pour chaque type d'instrument supporté par ePims.

Cette configuration a été testée pour :

• QToF
• QToF Ultima

Dans la sample-list de l'instrument, utiliser les colonnes suivantes (au besoin faire apparaitre ces colonnes dans l'affichage via le menu Customize Display en cliquant bouton droit dans la sample-list):

• File Name contient le nom de l'analyse (ce nom sera également celui du fichier généré par MassLynx)
• Task Code contient le nom de l'étude ePims
• Job Code contient le nom de l'échantillon ePims
• User contient le nom de l'opérateur de l'instrument
• Submitter contient le nom de la personne responsable de l'échantillon ePims
• Sample Description contient la description de l'échantillon (cette information est uniquement affichée par eP-Back)

Fichiers spectres

• Nom : Deux fichiers sont considérés lorsqu'on considère les fichiers associés aux analyses. les fichiers correspondant à une analyse doivent avoir le même nom que l'analyse mais avec l'extension .pkl et .prp
• Localisation : tous les pkl doivent être localilsés dans un même répertoire (spécifié par l'utilisateur). Les prp sont recherchés dans le même répertoire que celui où sont les raw files.

Cette configuration a été testée pour

• LTQ
• LTQ-FT
• OrbiTrap

Dans la sample-list de l'instrument, utiliser les colonnes suivantes (au besoin faire apparaitre ces colonnes dans l'affichage via le menu Change → Column Arrangement de la page Sequence Setup)

• File Name contient le nom de l'analyse (ce nom sera également celui du fichier généré par XCalibur)
• Sample Name contient le nom de l'échantillon ePims

Il faut également ajouter des colonnes supplémentaires dans la sample-list d'XCalibur via l'icone User Labels de la page Sequence Setup. Les colonnes à ajouter sont (ATTENTION : bien respecter l'ordre dans lequel ces colonnes sont ajoutées) :

1. dans Heading 1 : Study
2. dans Heading 2 : Operator
3. dans Heading 3 : Submitter

Ces colonnes contriendrons les informations suivantes :

• Study contient le nom de l'étude ePims
• Operator contient le nom de l'opérateur de l'instrument
• Submitter contient le nom de la personne responsable de l'échantillon ePims

Fichiers spectres

• Nom : le nom du fichier de spectre pour une analyse est le même que le nom de l'analyse mais avec l'extention .mgf
• Localisation : les fichiers de spectres sont dans un sous-répertoire dta par rapport au répertoire contenant les raw file.

Cette configuration a été testée pour

• QTrap 4000

Dans le batch file de l'instrument les propriétés suivantes doivent être définies :

• Sample ID contient le nom de l'échantillon ePims
• Sample Name contient la description relative à l'acquisition de l'échantillon
• DataFile le nom de l'acquisition
• operator corresondant au responsable instrument passant les échantillons. Le nom spécifié doit correspondre au login ePims

Fichiers spectres

• Nom : Les spectres processés doivent porter le même nom que le fichier d'acquisition mais avec l'extension .mgf
• Localisation : les fichiers de spectres se trouvent dans un sous répertoire MGF par rapport au répertoire contenant les acquisitions.

Remarque : Il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. Cette configuration est prise en compte par eP-Back. fichier wiff est alors copié une seule fois qu niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une même étude.

Autres cas à tester …

Structure Projet Au niveau d'Analyste (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie. Le répertoire source spécifié à eP-Back peut se situer à deux niveaux:

• Au niveau d'un projet. Par conséquent eP-Back recherche sous ce point d'entré un répertoire Data contenant les acquisitions.
  • <QTrap_Source>
    • Data
      • MGF
• Au niveau des projets d'Analystes. Dans ce cas eP-Back va proposer la liste de toutes les acquisitions présentes dans tous les projets. Le logiciel recherche dans tous les répertoires du point d'entré un sous répertoire Data contenant les acquisitions du projet.
  • <QTrap_Source>
    • <projet_1>
      • Data
        • MGF
    • <projet_2>
      • Data
        • MGF