De manière générale, si vous utilisiez déjà Pims dans une version précédente, il est souvent nécessaire de migrer les données. Pour cela

1. Connectez-vous à la BD PimsDB, avec PgAdmin par exemple, en utilisant le user pims_db_user
2. Exécuter un ou plusieurs fichiers de migration (voir ci-dessous) de la même façon que l'on exécute ePimsModel.sql (cf le chapitre postgresql ).

La base de données ePims est versionnée depuis ePims 4.0M2. Pour connaitre la version de votre BD, exécuter la requête SQL suivante:

select max(model_version) from admin_infos 

Selon la version affichée, vous devez exécuter tous les scripts Data_Migration ayant un suffixe supérieur. Par exemple, si vous avez la version 4, vous devez exécuter les scripts:

• Data_migration-5.sql
• Data_migration-6.sql (cf chapitre suivant pour les spécificités de la version 6)

Pour les versions précédentes de la BD dans lesquelles il n'y avait pas de numéro de version enregistré, la correspondance entre les versions ePims et les scripts sont

• ePims version 2.x =⇒ BD version 0, vous devez exécuter les scripts à partir de Data_migration-1.sql
• ePims version 3.3 =⇒ BD version 1, vous devez exécuter les scripts à partir de Data_migration-2.sql

Attention, le passage en version 6 de la BD, certaines étapes spécifiques doivent être suivies suite à une modification importante autour de la gestion des fichiers attachés aux données.

1. Incohérence attached_file.path:

Exécuter la commande suivante afin de vérifier si il y a des incohérences entre le path et le type des fichiers enregistrés dans la base

      select * from attached_file
      where attached_file.path not like ('%/' || attached_file.file_type || '/')

Si c'est le cas, faire les modifications manuellement afin

• de lever cette incohérence dans la base
• de modifier le PIMS_ROOT pour qu'il soit correcte si les données n'ont pas été archivées.

Une incohérence est possible pour les installations d'ePims qui ont été réalisé avec des versions antérieures à la version 3.0 d'ePims !! Par exemple, dans le cas où le path fini par 'demande_analyse' au lieu de 'analyse_request', exécuter :

      update attached_file
      set path = regexp_replace(path, '/demande_analyse/', '/'||file_type || '/')
      where id in (
              select attached_file.id from attached_file, study_attached_file
              where attached_file.path not like ('%/' || attached_file.file_type || '/')
              and study_attached_file.file= attached_file.id
      )

2. Ajouter le langage procédural

Pour certaines modifications, il est nécessaire d'ajouter le support du langage plpgsql à la BD pims. Normalement toute installation postgresql supporte ce langage procédural. Cette commande doit être exécuter en tant que superuser

      CREATE LANGUAGE plpgsql;

3. Exécuter le script de migration : Exécuter le script Data_migration-6.sql qui :

• crée les tables file_tags, tag, file_link
• ajoute archived et size_mo dans la table attached_file
• renseigne la table file_link avec les anciennes valeurs de study_attached_file et sample_attached_file
• positionne attached_file.archived à vrai pour les entités archivées
• associe les fichiers non associés à un échantillon ou à une étude (seuls deux cas possibles) à l'étude référencé dans le path du fichier. Ce path DOIT alors être de la forme (sinon c'est un problème dans la BD …) …/<std_nomenclature>/file_type.
• pour les fichiers associés aux échantillons modifies le path (de /samples/… à samples/data/…)
• pour les fichiers associés aux études modifies le path (de /<std_nomenclature>/… à /<std_nomenclature>/data/…)
• supprime les tables study_attached_file et sample_attached_file

et qui migre acquisition_result dans attached file :

• renseigne les tables file_link et attached_file à partir des tables acquisition_result - acquisition - protocol_application

4. Vérifier les orphelins de la table attached_file

Afin de s'assurer qu'il n'y a pas d'enregistrement d'attached_file associé à aucune entité, exécuter :

      select * from attached_file where attached_file.id NOT IN (
              select distinct fl.attached_file from file_link as fl
      )

Si il existe de tels fichiers, il est alors nécessaire de corriger manuellement les erreurs…. et au final

• de créer le file_link adéquat
• de copier les fichiers dans le nouvel emplacement
• de modifier le path d'attached_file

5. Suppression des dernières tables - colonnes après les ultimes vérifications

Exécuter le script Data_migration-6final.sql qui :

• supprime la colonne ayant permit de faire le lien entre attached_file (issue de acquisition_result) et acquisition référencé dans file_link
• supprime les tables migrées (study_attached_file, sample_attached_file et acquisition_result)
• supprime la colonne result d'acquisition ( remplacé par FileLink …)
• supprime la colonne file_type d'attached_fie (remplacé par le lien avec Tag)