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wiki:epims4_0:admin:rawdata

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Format de données des spectrométres

eP-Back se charge de transférer les résultats d'acquisition dans le repository d'ePims. Pour se faire, eP-Back liste les fichiers d'acquisition qui se trouvent sur le disque de l'instrument (voir eP-Back) et pour chaque fichier, tente de déterminer les informations suivantes :

  • Nom de l'acquisition
  • Le nom de l'étude ePims à laquelle cette analyse se rattache
  • Le nom ePims de l'échantillon qui a été analysé
  • Le nom du responsable de l'échantillon (celui auquel l'échantillon appartient)
  • Le nom de l'opérateur qui a réalisé l'analyse sur l'instrument
  • La date de l'acquisition
  • La durée de l'acquisition
  • La taille du fichier d'acquisition

Si certaines de ces informations sont enregistrée par défaut, d'autres doivent être saisies par l'opérateur de l'instrument dans certains champs de la sample-liste de sorte qu'elles apparaissent dans le fichier d'acquisition au moment où celui-ci est généré par l'instrument. Les champs utilisés étant spécifiques du type d'instrument, les paragraphes suivants décrivent les informations saisies et l'endroit où elles doivent être saisies et ce pour chaque type d'instrument supporté par ePims.

Waters

Cette configuration a été testée pour :

  • QToF
  • QToF Ultima

Dans la sample-list de l'instrument, utiliser les colonnes suivantes (au besoin faire apparaitre ces colonnes dans l'affichage via le menu Customize Display en cliquant bouton droit dans la sample-list):

  • File Name doit contenir le nom de l'analyse (ce nom sera également celui du fichier généré par MassLynx)
  • Task Code doit contenir le nom de l'étude ePims
  • Job Code doit contenir le nom de l'échantillon ePims
  • User contient le nom de l'opérateur de l'instrument
  • Submitter contient le nom de la personne responsable de l'échantillon ePims
  • Sample Description contient la description de l'échantillon (cette information est uniquement affichée par eP-Back)

Thermo

Cette configuration a été testée pour

  • LTQ
  • LTQ-FT
  • OrbiTrap

Applied Biosystems

Cette configuration a été testée pour

  • QTrap 4000
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