A ce stade, vous avez créé la base de données ePims et un utilisateur pour se connecter à cette base. Cette base est également accessible en TCP/IP depuis la machine qui sera le serveur d'application Geronimo qui est lui même opérationnel. Enfin, vous disposez d'un serveur FTP configuré pour rendre visible en lecture seule le repository ePims. Il reste maintenant à configurer les différents modules d'ePims avant de les déployer sur le serveur d'application et à configurer eP-Back pour les transferts des données de spectrométrie de masse.

La distribution des binaires d'ePims contient l'arborescence suivante :

Avant de déployer eP-Core, il est nécessaire de le configurer. Modifiez le fichier ./epCore.properties comme indiqué ci-dessous puis exécutez updateJar.bat (ou updateJar.sh sous Linux) qui va mettre à jour le fichier epCore.properties qui se trouve dans la librairie eP-Core-<version>.jar

Cette configuration sera commune à tous les modules utilisant eP-Core installé sur le serveur Geronimo. Les propriétés à redéfinir sont:

UNDEF_DIR_NAME    =  _UNCLASS_ 
PIMS_ROOT         =  /local/path/to/pims_root/ 
PIMS_REPOSITORY_1 =  a   
PIMS_REPOSITORY_2 =  b   
PIMS_REPOSITORY_3 =  c   
PIMS_SHARE        =  b/share   
PIMS_ARCHIVE      =  transfert/archive   
PIMS_SYSTEM       = adm
PIMS_ARCHIVE_FILE =  path/relative/to/pims_system/studyArchived.txt   9.

Nom des répertoires, sur l'espace disque de stockage dédié à ePims, qui contient les projets/études n’appartenant pas à un programme/projet.

Le repository d'ePims, autrement dit le répertoire racine de l'espace de stockage où toutes les données de ePims sont stockées.

Répertoires, relatifs à PIMS_ROOT, dans lesquels les données relatives aux études sont stockées.

Répertoire contenant les données dites partagées, n’appartenant pas spécifiquement à une étude. On retrouve ici, par exemple, les acquisitions de contrôles réalisées sur les instruments.

Répertoire, relatif à PIMS_ROOT, dans lequel sont transférés les données qui sont à archiver (à copier sur bandes)

Répertoire, relatif à PIMS_ROOT, dans lequel les données “administratives” et systèmes sont sauvegardées (logs files…)

Fichiers copiés dans les répertoires des études lorsque celles-ci sont archivées afin d’en avertir l’utilisateur. Ce fichier est donné avec le projet. Il doit contenir un tag « #DATE#. » qui sera remplacé par la date effective à laquelle l’étude à été archivée. Le chemin spécifié est relatif au répertoire PIMS_SYSTEM.

1. Dans le cas où geronimo est exécuté comme un service, les chemins absolus spécifiés dans ePCore.properties ne doivent pas référencer une disque logique réseau ! Soit ils référencent un disque local c:\path\to… soit ils référencent une connexion réseau sous la frme d'une UNC \\serveur\path\to….
2. Les chemins absolus doivent être écrits soit avec des “/” soit les “\” doivent être doublés ! Exemple :

      PIMS_ROOT=C:/temp/root
      PIMS_ROOT=\\\\serveur\\path\\to\\pims\\root

Remarque : Actuellement eP-Back n'utilise pas le eP-Core de Geronimo, par conséquent il devra redéfinir ces propriétés dans un fichier spécifique.

La librairie eP-Core doit être ajoutée au serveur Géronimo afin d'être partagée par les autres modules. Pour cela, depuis la console d'administration de Geronimo, sélectionner la rubrique “Services/Common Libs”, dans File télécharger le fichier eP-Core-<version>.jar puis spécifier les caractéristiques suivantes : group = lib, Artifact = eP-Core, version =<version> et type=jar.

<version> est de la forme “3.3.0”

Remarque : Si eP-Core.jar doit être redéployé (si erreur lors de la configuration ou autres) il ne sert à rien de repasser par la console Geronimo. Car celui-ci ne remplacera pas le fichier si la version est la même. Il faut donc :

1. arrêter le serveur
2. se rendre dans dossier de la librairie : [GERONIMO_HOME]/repository/lib/eP-Core/[N°_VERSION]/
3. remplacer l'ancien fichier eP-Core.jar par le nouveau
4. redémarrer le serveur

La nouvelle configuration devrait être pris en compte.

En réalité, le module eP-Web est déployé à partir de de l'application d'entreprise (EAR) ePims. Ce niveau supplémentaire prépare les futures versions d'ePims dans lesquelles d'autres modules basés sur la même base de données et sur la même librairie eP-Core seront déployés dans l'application J2EE ePims.

Avant de déployer l'application ePims, il est nécessaire de modifier certains fichiers de configuration et de créer une connexion à la base de données depuis le serveur Geronimo.

Depuis la console d'administration de Geronimo :

• Aller dans “services/Database Pools” et accéder au lien “using ths Geronimo database pool wizard”
  • Saisir :
    • Nom de la dataSource: [ds_name]
    • Type de la dataSource : Postgresql
  • Renseigner les paramètres concernant la datasource :
    • Nom du Drive : org.postgresql.Driver
    • Driver JAR : sélectionner lib/postgresql/8.1.407.jdbc3/jar : valeurs qui doivent correspondre à celles saisies lors de la configuration de Apache Geronimo … Sinon vous pouvez toujours rechercher le .jar en cliquant sur “Download a Driver”.
    • DB User Name: [pims_db_user]
    • DB Password : [pims_user_password]
    • Host : nom du serveur où se trouve la BD
    • Database : [PimsDB]
• L'étape suivante permet de saisir les renseignements concernant les options associées à la connexion, ils peuvent ou pas être renseignés, et de tester la datasource avant sa création, cela permet de tester que les paramètres saisis sont corrects.
• Dernière étape : déployer la datasource. Remarque: à cette étape, il est possible d'éditer le fichier de configuration correspondant au déploiement de la datasource, ce qui pourrait servir plus tard. Cela dit, Geronimo permet l'édition du fichier de configuration d'une datasource si jamais il n'a pas été récupéré au moment de la création de la dataSource.

Le Realm est la connexion gérant la sécurité des accès à l'interface web d'ePims. Depuis la console administration de Geronimo :

• Aller dans “Security/security Realm” et accéder au lien “add new security realm”
• Saisir :
  • Nom du Realm: [realm_name]
  • Type du Realm : DataBase (SQL) Realm
• Configure Login Module:
  • saisir les 2 requêtes qui permettent d'authentifier l'utilisateur selon son login et son password

# User SELECT SQL :   select login, passwd from actor where login=?
# Group SELECT SQL :  select login, role from actor_role where login=?

• Database Pool : sélectionner la DataSource créée précédemment
• Advanced Configuration : dans cette étape il est possible de :
• Garder une trace de toutes les tentatives de connexion effectuées par les utilisateurs en spécifiant le nom du fichier de log
• De bloquer l'authentification si l'utilisateur effectue un certain nombre de tentatives, en spécifiant ce nombre et la durée pendant laquelle la connexion sera bloquée
• Tester une authentification en utilisant le realm en cours de configuration avant que celui ne soit effectivement créé
• Créer le Realm en cliquant sur Skip Test and Deploy. Remarque: de même que pour la dataSource, il est possible d'éditer le fichier de configuration avant la création, ou plus tard en utilisant depuis la console administrateur Security/Security Realms

Il existe un certain nombre de fichiers de configuration à modifier en fonction de son environnement et des identifiants utilisés lors de la configuration de Geronimo. Pour cela, copier le répertoire ePims de l'installation sur votre disque. La configuration se fait en plusieurs étapes

1. Modifier les fichiers sous ePims/eP-Web comme expliqué ci-dessous.
2. Exécuter ePims/eP-Web/updateJar.bat sous Windows ou ePims/eP-Web/updateJar.sh sous Linux. Le fichier ePims/eP-Web/ePims.war sera remplacé par une version contenant les fichiers de configuration modifiés. Il est nécessaire que la variable d'environnement JAVA_HOME soit positionnée.
3. Copier le fichier ePims/eP-Web/ePims.war sous ePims
4. Exécuter ePims/updateEar.bat sous Windows ou ePims/updateEar.sh sous Linux. Le fichier ePims/ePims.ear sera remplacé par la nouvelle version de eP-Web et par les nouveaux fichiers de configuration

Les modifications à réaliser sont :

• Fichier ./META-INF/geronimo-application.xml : insérer la référence à la datasource.

      <application...>
        <sys:environment>
          ...
          <sys:dependencies>
            ...  
            <sys:dependency>
              <sys:groupId>console.dbpool</sys:groupId>
              <sys:artifactId>[ds_name]</sys:artifactId>
            </sys:dependency>
          </sys:dependencies>
           ...
        </sys:environment>
      </application>

• Fichier ./eP-Web/WEB-INF/geronimo-web.xml : insérer la référence à la datasource et au realm :

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>  
<web-app
        xmlns="http://geronimo.apache.org/xml/ns/j2ee/web-1.1"
        xmlns:sys="http://geronimo.apache.org/xml/ns/deployment-1.1"
        xmlns:naming="http://geronimo.apache.org/xml/ns/naming-1.1"
        xmlns:sec="http://geronimo.apache.org/xml/ns/security-1.1"
                   >
    <environment>
        <moduleId>
            <artifactId>ePims</artifactId>
        </moduleId>                 
    </environment>

    <context-root>/ePims</context-root>

    <resource-ref>
        <ref-name>jdbc/epims</ref-name>
        <resource-link>[ds_name]</resource-link>
    </resource-ref>

    <!--  SECURITY -->
    <security-realm-name>"[realm_name]"</security-realm-name>
    <sec:security>
        <sec:default-principal realm-name="[realm_name]">
            <sec:principal name="anonymous"
                   class="org.apache.geronimo.security.realm.providers.GeronimoUserPrincipal" />
        </sec:default-principal>
        <sec:role-mappings>           
            <sec:role role-name="admin">
                <sec:realm realm-name="[realm_name]">
                       <sec:principal class="org.apache.geronimo.security.realm.providers.GeronimoGroupPrincipal" name="admin"/>
                </sec:realm>
            </sec:role>
            <sec:role role-name="user">
                <sec:realm realm-name="[realm_name]">
                    <sec:principal class="org.apache.geronimo.security.realm.providers.GeronimoGroupPrincipal" name="user"/>
                </sec:realm>                               
            </sec:role>
        </sec:role-mappings>
    </sec:security>
</web-app>

• Fichier ./eP-Web/WEB-INF/classes/eP-Web.properties : Configuration du serveur FTP. Si le serveur FTP choisi permet l'authentification via la BD de ePims, seules les propriétés 1 et 2 sont nécessaires, FTP_AUTH_DB devant être mis à true. Dans le cas contraire, il faut mettre FTP_AUTH_DB à false et spécifier un login / password valide pour l'utilisateur servant à la connection FTP (propriété 3 et 4)

      FTP_HOST= ftpServ      1.
      FTP_AUTH_DB= true      2.
      FTP_USER= username     3.
      FTP_PASSWD= password   4.

    1. le host du serveur FTP
    2. spécifie si le serveur FTP utilise une authentification classique (false) ou via la BD (true)
    3. le mot de passe pour l’authentification auprès du serveur FTP, si FTP_AUTH_DB = false 
    4. le login utilisé pour l’authentification auprès du serveur FTP, si FTP_AUTH_DB = false 

• Fichier ./eP-Web/WEB-INF/classes/log-config.xml : Configuration du chemin vers le fichier de log utilisé par ePims.

Depuis la console administration de Geronimo, aller dans Applications / Deploy New et sélectionner Pims.ear

Dans “Applications/Applications EARs” vérifier que l'application default/ePims/1.0/car soit listée et en statut “running”. Saisir l'adresse http://localhost:8080/ePims. En cas de problème lors du login, vérifier qu'il existe au moins un actor/actor_role dans la BD Pims. Normalement, deux utilisateurs sont créés par défaut: admin/admin et guest/guest

Dézipper la distribution de eP-Back. Un répertoire eP-Back-<version> est créé et contient l'arborescence suivante :

conf
  | -- instruments.xml : fichier de configurations pour les instruments
  |-- eP-BackCore.properties : fichier de configuration de l'environnement ePims nécessaire à eP-Back
  |-- springDataSource.xml : configuration de l'accès à la BD Pims
  |-- springAppContext.xml : configuration de l'environnement relatif à Spring. Ne nécessite pas de modification
lib
  | -- librairies utilisés par l'application
eP-Back-<version>.jar : executable
eP-Back.bat : script de démarrage de eP-Back
VERSION: fichier d'informations

• Fichier ./conf/eP-BackCore.properties : Configurer les propriétés utiles à eP-Core. Voir le chapitre eP-Core pour plus de détails.
• Fichier ./conf/springDataSource.xml : Configuration de l'accès à la BD, modifier les valeurs entre [crochets] ci-dessous en fonction de votre configuration :

            ...
            <!-- DataSource Definition -->   
               <bean id="ePCoreDS"
                           class="org.apache.commons.dbcp.BasicDataSource" destroy-method="close">
                    <property name="driverClassName">
                        <value>org.postgresql.Driver</value>
                    </property>
                    <property name="url">
                        <value>jdbc:postgresql://[host]/[PimsDB]></value>
                    </property>
                    <property name="username">
                        <value>[pims_db_user]</value>
                    </property>
                    <property name="password">
                        <value>[pims_user_password]</value>
                    </property>
                </bean>

  host : nom de la machine hébergeant la BD
  PimsDB : nom de la BD d'ePims
  pims_db_user et pims_user_password : login et mot de passe pour l'accès à la BD

• Fichier ./conf/instruments.xml : Configuration des instruments. Seuls les instruments connus d'ePims (et donc référencés dans la base de données ePims) pourront être reconnus par eP-Back. De plus le format de données spécifique au modèle de l'instrument doit être supporté par eP-Back. Le fichier de configuration pour les instruments est de la forme :

<instruments>
  <instrument>
    <name>CB501</name>
    <src>d:/temp</src>
    <format>QTOF Waters</format>
    <removeFiles>false</removeFiles>
    <transfer_mode>0</transfer_mode>
  </instrument>
  <instrument>
    ...
  </instrument>
</instruments>

Les informations contenues dans ce fichier sont:

• name : Le nom de l'instrument(comme indiqué dans la BD de ePims),
• src : le chemin d'accès aux répertoires contenant les analyses issues de cet instrument
• format : le nom du format de données (identifiant eP-Back)
• removeFiles : spécifie si les analyses doivent être supprimées ou non après copies
• transfer_mode: spécifie le mode de transfert souhaité par défaut. Les modes de transfert possibles sont ‘0’ pour la copie depuis les instruments vers le SAN et ‘1’ pour la suppression sur les instruments des analyses déjà sauvegardées. Ces deux dernières propriétés peuvent être modifiées au niveau de l'interface utilisateur d'eP-Back.

Actuellement, les formats de données reconnus par eP-Back sont :

• QTOF Waters
• LTQ / LTQ-FT / OrbiTrap Thermo