Du point de vue de l'utilisateur, le système ePims s'articule en 3 modules principaux et un module optionnel :

1. eP-Back est l'application chargée du transfert des données résultant des acquisitions vers le repository de données d'ePims et de la suppression de ces données sur les disques des machines d'acquisition.
2. eP-Web est l'application web qui permet aux utilisateurs de réaliser l'ensemble des opérations courantes de gestion de leurs échantillons : création des études, des échantillons, archivage, états de sortie, recherche, planification. Depuis ce module, l'utilisateur peut également accéder à l'application eP-Plate qui permet de créer, d'enregistrer et de modifier les plaques 96 puits du robot de préparation des échantillons.
3. Le serveur FTP permet à chaque utilisateur de re-transférer sur son poste les données qui se trouvent sur le repository ePims.
4. eP-TAF est un module qui s'installe comme un service est qui permet le transfert automatique des données d'acquisition : dès qu'un résultat d'acquisition est transféré sur le repository ePims, il devient accessible à eP-TAF qui le transfert alors sur le PC sur lequel il est installé. Le post-traitement de ces données d'acquisition peut alors être réalisé sur cette machine.

Ces modules utilisent principalement deux ressources :

1. Repository ePims (dossier source ePims) : les données d'acquisition sont transférées sur un espace disque dédié, des informations relatives à ces données sont également enregistrées dans la base de données ePims. Toutes les informations recueillies sont présentées aux utilisateurs par l'intermédiaire de l'application eP-Web. De plus, les données électroniques peuvent êtres copiées sur les PCs utilisateurs en FTP, toujours par l'intermédiaire d'eP-Web.
2. La base de données ePims.