Mise en place de la gestion et de l'organisation du système autour des process subis par le échantillons et les protocoles utilisés pour ces process. Voir le trac pour les spécifications en cours - Spécifications en cours-
L'objectif est de connaître, pour un échantillon donné, l'ensemble des process qu'il a subi et plus particulèrement la dernière étape atteinte.

Par process, on entend l'ensemble des traitements, ordonnés chronologiquement, subis par l'échantillon. Pour chacunes des étapes, on retrouve au minimum la date de réalisation, la personne qui l'a réalisé et un nom d'identification. Ces traitements comprennent donc

• les acquisitions
• les runs robot

Mais aussi (bientôt ! ):

• Tout type de séparation
• les préparations au sens large mais qui pourra ensuite être précisé. (à faire)
• les mixs

L'utilisateur retrouve également sous cette notion les demandes de passage au robot ou en masse. Même si ces états ne sont pas persistantes, elles représentent une étape dans laquelle peut être un échantillon à un moment donné.

Dans la page spécifique à une étude, il est possible de visualiser les échantillons organisés en fonction du dernier process qu'ils ont subi.

Dans cette vue on a la liste (horizontalement en haut) de toutes les étapes (types de process, demande d'acquisition et demande robot) définies auniveau du système. Actuellement les étapes de mix / séparation et préparation ne sont pas pris en compte. Sous cette liste on a :

• Un tableau de tous les échantillons qui viennent de subir l'étape sélectionnée avec quelques informations sur l'échantillon et la description complète du process/demande. Par exemple:
  • Colonnes communes
    • infos échantillon : nom [nom original]
    • date process.
    • description relative au process
  • Requête Robot
    • volume de trypsine
    • qtt protéine
    • load count
    • type de séparation
    • nom de la plaque à laquelle l'échantillon est assigné
  • Run Robot
    • nom plaque sur laquelle l'échantillon a été préparé. à vérifier !
  • Requête Masse
    • type d'instrument
    • nombre d'injection
  • Acquisition
    • nom du process (donc de l'acquisition)
    • instrupment utilisé
    • durée d'acquisition

La modification de l'étape correspond soit :

1. à l'ajout d'un process ou d'une demande
2. à la suppression d'une demande (reviens à l'état précédent)

Dans tous les cas, pour changer manuellement la dernière étape associée à des échantillons, il faut sélectionner les échantillons concernés dans le tableau et cliquer sur l'icône afin de les ajouter à la sélection finale dans la partie droite de la page (cf illustration ci-dessous).
Il est possible de parcourir plusieurs pages du tableau afin de créer la sélection mais les échantillons ne peuvent pas être issus de différentes étapes. En effet, les changements d'étapes sont soumis à des vérifications qui deviennent complexes si les échantillons ne sont pas dans un même état.

1. Lorsque des échantillons sont en attente de passage en masse (Requête Masse) ou de passage sur le robot de préparation (Requête Robot), la seule action (manuelle) possible est de les supprimer de la demande. Pour cela, sélectionner les échantillons (cf. chapitre prcédent) et cliquer sur Supp. de la demande.
2. Le changement de Requête Masse en Masse se fait automatiquement lors du transfert (ou plus précisément de l'enregistrement) de l'acquisition correspond à l'échantillon.
3. Le changement de Requête Robot en Run Robot se fait automatiquement lors de la validation de la plaque robot contenant l'échantillon concerné.
4. La demande en masse ou en robot est décrite ci-dessous :
   • sélecionner les échantillons concernés (cf. chapitre précédent)
   • cliquer sur Changer étape, une nouvelle fenêtre apparait (voir ci-dessous).
   • dans le menu déroulant en en-tête, sélectionner l'étape à définir. Actuellement seul les Requête Masse et Requête Robot sont fonctionnelles.
   • Il est possible (mais pas obligatoire) d'utiliser le template. Pour cela il faut saisir les paramètres communs dans la partie haute de la fenêtre et cliquer sur Appliquer.
   • Les valeurs pour chaque échantillon sont à saisir (ou peuvent être modifiées dans le cas de l'utilisation du template) dans le tableau du bas. Une fois que les valeurs correctes, valider en cliquant sur Appliquer.
   • La vue Process de l'étude est de nouveau affichée et les échantillons ont été déplacés dans le tableau correspondant au nouveau process.

Un descriptif est donné pour les paramètres, pour le visualiser passer la souris sur l'icône d'aide

Pour la requête masse, les paramètres à saisir sont :

• le type d'instrument sur lequel on souhaite faire passer les échantillons. Ceci permet de choisir non pas l'instrument spécifiquement mais le modèle. Si le laboratoire est équipé de deux QTOF, Q1 et Q2, et d'un LTQ-FT, FT1, le choix se fera entre QTOF et LTQ-FT. Ce sont donc les caractéristiques des instruments qui sont choisies ici.
• le nombre d'injections à réaliser avec l'échantillon (correspond à un nombre d'acquisitions à réaliser)
• Commentaire : toute information pouvant être utile au responsable instrument pour l'acquisition

Pour la requête robot, les paramètres à saisir sont :

• le load count : permet de spécifier le nombre de puits dans lesquels l'échantillon devra être splitté (à ne spécifier qu'en connaissance de cause). ceci n'est pas un aliquotage, l'échantillon sera repoolé à la fin de la préparation.
• Quantité de trypsine / Quantité de protéine : Une seule de ces informations est nécessaire. Elle permet de connaître la complexité de l'échantillon et de déterminer la quantité de trypsine nécessaire à la digestion. Pour les expert, la quantité de trypsine pourra être directement saisie.
• Type de séparation. Specifie le type de séparation dont est issu l'échantillon. De même que pour la quantité de protéine, cette information permet de connaître la complexité de l'échantillon.
• Commentaire : toute information pouvant être utile au responsable robot