Format de données des spectrométres

eP-Back se charge de transférer les fichier résultats d'acquisition dans le repository d'ePims et enregistre dans le système les acquisitions. Pour se faire, eP-Back liste les acquisitions qui se trouvent sur les fichiers résultats sur le disque de l'instrument (voir eP-Back) et pour chaque acquisition, tente de déterminer les informations suivantes :

• Le nom de l'acquisition : le résultat de l'analyse sur l'instrument d'un unique échantillon. Ce nom est unique pour chaque instrument. Si on génère un fichier pour chaque acquisition, alors le nom du fichier peut être utilisé comme nom d'acquisition.
• Le nom ePims de l'échantillon qui a été analysé.
• Le nom de l'opérateur qui a réalisé l'analyse sur l'instrument. Ce nom doit correspondre au login utilisé dans ePims.
• La date de l'acquisition
• La durée de l'acquisition
• La description de l'acquisition
• Le type de l'acquisition : Peut être soit un controle (LC ou Instrument) soit un blanc soit une recherche
• Le fichier résultat d'acquisition associé,
• La taille du fichier résultat d'acquisition
• les fichiers associés c'est-à-dire les spectres processés.

Les informations précédée de sont absolument requise pour que eP-Back puisse transférer les données. Si eP-Back ne parvient pas à les retrouver, vous devrez les rentrer manuellement pour chaque analyse dans l'interface utilisateur d'eP-Back (voir ePBack).

Pour qu'eP-Back puisse déterminer automatiquement le type de l'acquisition, le nom de l'échantillon ePims peut contenir des valeurs clés :

1. blanc : acquisition d'un blanc,
2. controleLC : acquisition destinée à contrôler le bon fonctionnement de la chromatographie
3. controleInst : acquisition destinée à contrôler le bon fonctionnement de l'instrument
4. test : acquisition de test, sans intérêt particulier.

Si certaines de ces informations sont retrouvées automatiquement d'autres doivent être saisies par l'opérateur de l'instrument dans certains champs de la sample-liste de sorte qu'elles apparaissent dans le fichier résultat d'acquisition au moment où celui-ci est généré par l'instrument. Les champs utilisés dans la sample-list étant spécifiques à chaque instrument, les paragraphes suivants décrivent ce que doivent contenir les sample-list des instruments supportés par ePims pour qu'eP-Back puisse retrouver automatiquement ces informations.

Ces informations ont un impact sur le status associé aux acquisitions : cf block note eP-Back Refactoring

Cette configuration a été testée pour :

• QToF
• QToF Ultima

Dans la sample-list de l'instrument, utiliser les colonnes suivantes (au besoin faire apparaitre ces colonnes dans l'affichage via le menu Customize Display en cliquant bouton droit dans la sample-list):

• File Name contient Le nom de l'acquisition (ce nom sera également celui du fichier résultat d'acquisition généré par MassLynx),
• Job Code contient Le nom ePims de l'échantillon,
• User contient Le nom de l'opérateur de l'instrument,
• Sample Description contient la description de l'acquisition.

La date, la durée et la taille de l'acquisition sont obtenues automatiquement depuis le raw file. Les seuls fichiers associés possible sont les spectres processés (au format pkl et prp) et doivent avoir le même nom que l'acquisition. La localisation de ces fichiers est configurable lors de l'exécution d'eP-Back.

Cette configuration a été testée pour

• LTQ
• LTQ-FT
• OrbiTrap

Dans la sample-list de l'instrument, utiliser les colonnes suivantes (au besoin faire apparaitre ces colonnes dans l'affichage via le menu Change → Column Arrangement de la page Sequence Setup). Il faut également ajouter des colonnes supplémentaires dans la sample-list d'XCalibur via l'icone User Labels de la page Sequence Setup. Les colonnes à ajouter sont (ATTENTION : bien respecter l'ordre dans lequel ces colonnes sont ajoutées) :

1. dans Heading 1 : Operator

Au final le contenu des colonnes doit être :

• File Name contient le nom de l'acquisition (ce nom sera également celui du fichier résultat d'acquisition généré par XCalibur)
• Sample Name contient le nom ePims de l'échantillon
• Sample Description A vérifier : contient la description de l'acquisition.
• Operator contient le nom de l'opérateur de l'instrument

La date, la durée et la taille de l'acquisition sont obtenues automatiquement depuis le raw file. Les seuls fichiers associés possible sont les spectres processés (au format mgf) et doivent avoir le même nom que l'acquisition. Ces spectres sont localisés dans un sous-répertoire 'dta' à celui contenant les raw files.

Cette configuration a été testée pour

• QTrap 4000

Dans la sample list de l'instrument l'instrument, ajouter deux colonnes supplémentaires :

1. operateur ou operator
2. description

Dans le batch file de l'instrument les propriétés suivantes doivent être définies :

• Sample ID contient le nom ePims de l'échantillon
• Sample Name contient le nom de l'acquisition
• Data File correspond au nom du fichier résultat d'acquisition
• operateur ou operator contient le nom de l'opérateur de l'instrument.
• description contient la description de l'acquisition.

La date et la taille de l'acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'acquisition. La durée n'est actuellement pas récupérée. Pour chaque acquisition, il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'acquisition et se trouver dans un sous répertoire MGF par rapport au répertoire contenant les acquisitions.

De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un Sample Name différents qui ont un même Data File. Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une même étude. Autres cas à tester …

Au niveau d'Analyst (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie. Le répertoire source spécifié à eP-Back peut se situer à deux niveaux:

• Au niveau d'un projet. Par conséquent eP-Back recherche sous ce point d'entré un répertoire Data contenant les acquisitions.
  • <QTrap_Source>
    • Data
      • MGF
• Au niveau des projets d'Analyst. Dans ce cas eP-Back va proposer la liste de toutes les acquisitions présentes dans tous les projets. Le logiciel recherche dans tous les répertoires du point d'entré un sous répertoire Data contenant les acquisitions du projet.
  • <QTrap_Source>
    • <projet_1>
      • Data
        • MGF
    • <projet_2>
      • Data
        • MGF

Cette configuration a été testée pour :
- 4800 Maldi ToF-Tof

• Dans le spotset mettre dans la colonne “name” de chaque spot le nom de l'échantillon ePims auquel correspond celui-ci (pour plus de rapidité le nom peut être rentré une seule fois et étendu à tout les autres spot correspondant au même échantillon).
• Une fois les acquisitions effectuées, extraire :
  1. dans le dossier [source]¹⁾/spotsets/ : le fichier de description du spotset et des méthodes d'analyse. Pour ce faire : File → Export XML from database → ajouter le spotset et les méthodes voulues → Export.
  2. dans le dossier [source]/spotsets/t2d/ : les fichiers de données. Pour ce faire, sélectionnez les spots dans la fenêtre de description du spotset → clique droit → Export data.

- Nota :

• Le nom des analyses est construit tel que suit : [nom du spotset]-[numéro du run]-[nom de l'échantillon spécifié dans 4000SE]. Exemple : Fi_20080506-5-Ech01.
• Les différents fichiers concernant une analyse (description du spotset et fichiers de données t2d) sont rassemblés dans un fichier zip par eP-Back avant d'être transférés. Ce fichier zip aura pour nom celui de l'analyse.
• 4800Applied