Introduction

ePims (pour experiment Proteomic Information Management System) est une infrastructure permettant de gérer de manière structurée les données de spectrométrie de masse issues d'une plate-forme de protéomique. Le terme “infrastructure” réfère au fait que ePims n'est pas un simple outil mais plutôt un environnement informatique composé d'une suite d'outils qui, conjointement utilisés, permettent de gérer les données de la plate-forme. Le chapitre 2 décrit plus en détail l'architecture de cette infrastructure.

Les principales fonctionnalités de la version 2.0 d'ePims sont les suivantes :

• Organisation de l'activité de la plate-forme
  • Organisation hiérarchique en programmes de recherche, projet scientifiques et études
  • Possibilité pour chaque utilisateur de créer de nouvelles études pour les projets dont il à la charge
• Recherche multi-critère
  • Recherche des programmes, projets ou études
  • Recherche des acquisitions
• Données électroniques résultant des acquisitions (raw data)
  • Transfert des données des instruments vers une zone de dépot
  • Suppression sécurisée des acquisitions après leur transfert
  • Organisation des données en fonction de l'étude auxquelles elles appartiennent
  • Accessible aux utilisateurs du système pour un transfert vers leur poste de travail
• Gestion des échantillons
  • Enregistrement et identification des échantillons biologiques avant leur analyse en spectrométrie de masse
  • Possibilité pour un utilisateur de demander l'analyse de ses échantillons
  • Maintien du lien entre échantillon et acquisition
• Planification
  • Possibilité de planifier les acquisitions qui doivent être réalisées sur les différents instruments
• Archivage
  • Gestion de l'archivage des études
• Génération d'états de sortie rendant compte de l'activité de la plate-forme
  • Pilotage de l'activité
  • Volumétrie par instrument, par nature d'échantillon
• Accès sécurisé
  • Par login et mot de passe
  • Gestion des profils utilisateurs