Format de données des spectrométres

eP-Back se charge de transférer les résultats d'acquisition dans le repository d'ePims. Pour se faire, eP-Back liste les fichiers d'acquisition qui se trouvent sur le disque de l'instrument (voir eP-Back) et pour chaque fichier, tente de déterminer les informations suivantes :

• Nom de l'acquisition
• Le nom de l'étude ePims à laquelle cette analyse se rattache
• Le nom ePims de l'échantillon qui a été analysé
• Le nom du responsable de l'échantillon (celui auquel l'échantillon appartient)
• Le nom de l'opérateur qui a réalisé l'analyse sur l'instrument
• La date de l'acquisition
• La durée de l'acquisition
• La taille du fichier d'acquisition

Les informations précédée de sont absolument requise pour que eP-Back puisse trasférer les données. Si eP-Back ne parvient pas à les retrouver, vous devrez les rentrer manuellement pour chaque analyse dans l'interface utilisateur d'eP-Back (voir ePBack).

Si certaines de ces informations sont enregistrée par défaut, d'autres doivent être saisies par l'opérateur de l'instrument dans certains champs de la sample-liste de sorte qu'elles apparaissent dans le fichier d'acquisition au moment où celui-ci est généré par l'instrument. Les champs utilisés étant spécifiques du type d'instrument, les paragraphes suivants décrivent les informations saisies et l'endroit où elles doivent être saisies et ce pour chaque type d'instrument supporté par ePims.

Cette configuration a été testée pour :

• QToF
• QToF Ultima

Dans la sample-list de l'instrument, utiliser les colonnes suivantes (au besoin faire apparaitre ces colonnes dans l'affichage via le menu Customize Display en cliquant bouton droit dans la sample-list):

• File Name contient le nom de l'analyse (ce nom sera également celui du fichier généré par MassLynx)
• Task Code contient le nom de l'étude ePims
• Job Code contient le nom de l'échantillon ePims
• User contient le nom de l'opérateur de l'instrument
• Submitter contient le nom de la personne responsable de l'échantillon ePims
• Sample Description contient la description de l'échantillon (cette information est uniquement affichée par eP-Back)

Cette configuration a été testée pour

• LTQ
• LTQ-FT
• OrbiTrap

Dans la sample-list de l'instrument, utiliser les colonnes suivantes (au besoin faire apparaitre ces colonnes dans l'affichage via le menu Change → Column Arrangement de la page Sequence Setup)

• File Name contient le nom de l'analyse (ce nom sera également celui du fichier généré par XCalibur)
• Sample Name contient le nom de l'échantillon ePims

Il faut également ajouter des colonnes supplémentaires dans la sample-list d'XCalibur via l'icone User Labels de la page Sequence Setup. Les colonnes à ajouter sont (ATTENTION : bien respecter l'ordre dans lequel ces colonnes sont ajoutées) :

1. dans Heading 1 : Study
2. dans Heading 2 : Operator
3. dans Heading 3 : Submitter

Ces colonnes contriendrons les informations suivantes :

• Study contient le nom de l'étude ePims
• Operator contient le nom de l'opérateur de l'instrument
• Submitter contient le nom de la personne responsable de l'échantillon ePims