wiki:epims4_1m1:admin:updatedbepims
Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
| Both sides previous revision Previous revision Next revision | Previous revision | ||
|
wiki:epims4_1m1:admin:updatedbepims [2009/10/29 07:44] 132.168.75.88 |
wiki:epims4_1m1:admin:updatedbepims [2011/03/23 09:46] (current) 132.168.72.130 |
||
|---|---|---|---|
| Line 4: | Line 4: | ||
| De manière générale, si vous utilisiez déjà Pims dans une version précédente, il est souvent nécessaire de migrer les données. Pour cela | De manière générale, si vous utilisiez déjà Pims dans une version précédente, il est souvent nécessaire de migrer les données. Pour cela | ||
| - | - Connectez-vous à la BD PimsDB, avec PgAdmin par exemple, en utilisant le user pims_db_user (cf. chapitre [[configuration#creation_de_l_utilisateur_epims|Config postgresql]]) | + | - Connectez-vous à la BD PimsDB, avec PgAdmin par exemple, en utilisant le **user pims_db_user** (cf. chapitre [[configuration#creation_de_l_utilisateur_epims|Config postgresql]]) |
| - | - Exécuter un ou plusieurs fichiers de migration (voir ci-dessous) de la même façon que l'on exécute ePimsModel.sql (cf chapitre [[.:configuration#postgresql]] ). | + | - Exécuter un ou plusieurs fichiers de migration (voir ci-dessous) de la même façon que l'on exécute ePimsModel.sql (cf chapitre [[.:configuration#postgresql]] ). |
| Line 12: | Line 12: | ||
| \\ | \\ | ||
| - | Selon la version affichée, vous devez exécuter tous les scripts Data_Migration ayant un suffixe supérieur. Par exemple, si vous avez la version 4, vous devez exécuter les scripts: | + | Selon la version affichée, vous devez exécuter **tous les scripts Data_Migration ayant un suffixe supérieur**. Par exemple, si vous avez la version 4, vous devez exécuter les scripts: |
| * Data_migration-5.sql | * Data_migration-5.sql | ||
| * Data_migration-6.sql (cf chapitre suivant pour les spécificités de la version 6) | * Data_migration-6.sql (cf chapitre suivant pour les spécificités de la version 6) | ||
| + | * Data_migration-7.sql (cf chapitre suivant pour les spécificités de la version 7) | ||
| \\ | \\ | ||
| Line 93: | Line 94: | ||
| * supprime la colonne file_type d'attached_fie (remplacé par le lien avec Tag) | * supprime la colonne file_type d'attached_fie (remplacé par le lien avec Tag) | ||
| + | ==== Pour le passage en version 7 de la BD ==== | ||
| + | **Avant** l'exécution du script Data_migration-7.sql : | ||
| + | * Executer la commande "CREATE LANGUAGE plpgsql;" (en tant que superUser). | ||
| + | * Penser à repasser en **user pims_db_user** (cf. chapitre [[configuration#creation_de_l_utilisateur_epims|Config postgresql]]). | ||
| - | ===== Migration d'un répertoire racine d'ePims (uniquement pour une version précédente à 4.0RC1!)===== | + | ===== Migration du PIMS_ROOT (uniquement pour une migration d'une version précédente à 4.0RC1!) ===== |
| Pour la version 4.0 (à partir de la 4.0RC1) le répertoire de données d'ePims à subit une modification dans sa structure (par exemple les fichiers de données de spectroscopie ne sont plus contenu dans les dossier //[étude]/raw// mais dans //[étude]/samples/data/RAW//). | Pour la version 4.0 (à partir de la 4.0RC1) le répertoire de données d'ePims à subit une modification dans sa structure (par exemple les fichiers de données de spectroscopie ne sont plus contenu dans les dossier //[étude]/raw// mais dans //[étude]/samples/data/RAW//). | ||
| Afin de faire migrer le répertoire dans la bonne structure un programme a été créé : ePimsRoot-pre4.0-migration.jar . | Afin de faire migrer le répertoire dans la bonne structure un programme a été créé : ePimsRoot-pre4.0-migration.jar . | ||
| Line 168: | Line 173: | ||
| PROPERTY2=VALUE2 | PROPERTY2=VALUE2 | ||
| etc...</code> | etc...</code> | ||
| + | |||
| + | |||
| + | ===== Changement de localisation du PIMS_ROOT ===== | ||
| + | |||
| + | - Arrêter eP-Back et l'application web d'ePims (Console d'Apache Geronimo => Application EARs => ePims => Stop) | ||
| + | - Pour eP-Back | ||
| + | - Aller dans le dossier /conf dans le dossier où est installé eP-Back | ||
| + | - Editer le fichier eP-Back.properties | ||
| + | - Modifier la valeur attribuée à "epims.root" pour mettre le chemin vers le nouvel emplacement | ||
| + | - Pour eP-Core | ||
| + | - Récupérer les fichiers d'install d'ePims (ceux déjà utilisés ou une installation nouvellement téléchargée correspondant à votre version d'ePims). Aller dans le répertoire /eP-Core et localiser les fichiers ePCore.properties et updateJar-Core.bat (si vous êtes sous windows) ou updateJar-Core.sh (si vous êtes sous Linux) | ||
| + | - Copier ces 2 fichiers dans le répertoire /<install d'Apache Geronimo>/repository/lib/eP-Core/<version>/ (<version> est de la forme 3.7.1, prendre la version utilisée par votre version d'ePims, généralement la version la plus haute présente). | ||
| + | - Dans le répertoire cité ci-dessus (3/II/), éditer le fichier ePCore.properties | ||
| + | - Modifier la valeur attribuée à "PIMS_ROOT" pour mettre le chemin vers le nouvel emplacement | ||
| + | - :!: Prendre soin de vérifier les valeurs des autres variables pour voir si elles correspondent à votre système. **Si le fichier ePCore.properties provient d'une installation que vous venez de télécharger (cf 3/I/) ce n'est probablement pas le cas.** | ||
| + | - Dans le même répertoire (3/II/), éditer le fichier updateJar.bat | ||
| + | - Modifier la version de eP-Core-x.x.x.jar | ||
| + | - Toujours dans le répertoire cité ci-dessus (3/II/), lancer updateJar (.bat ou .sh suivant le système d'exploitation). Cela va mettre à jour le fichier eP-Core-<version>.jar avec le fichier de properties modifié | ||
| + | - Redémarrer ePims et eP-Back | ||
wiki/epims4_1m1/admin/updatedbepims.1256798685.txt.gz · Last modified: 2009/10/29 07:44 by 132.168.75.88
Page Tools
Except where otherwise noted, content on this wiki is licensed under the following license: CC Attribution-Share Alike 4.0 International
