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 ===== Applied Biosystems =====
-==== Fichiers WIFF : 'QTrap Applied' ====
+==== Fichiers WIFF + SCAN : 'Wiff Scan Applied' ====
+A partir d'eP-Back 1.17.0
 Cette configuration a été testée pour
-  * QTrap 4000-5500-6500 ...
+  * Triple TOF mais doit également fonctionner avec les QTrap 4000-5500-6500 ...
-=== Propriétés ===
+Ce format est compatible avec le format 'QTrap Applied' mais permet des configurations supplémentaires :
+  * Il permet de supporter l'option "Use flat files for scan data" (voir ci-dessous) qui sépare une analyse en 2 fichiers, un .wiff et un .wiff.scan.
+  * Mais il supporte aussi le cas où seul un .wiff est généré.
+  * Il permet plus de souplesse dans la définition des propriétés (voir ci-dessous)
-Dans la sample list de l'instrument l'instrument, ajouter deux colonnes supplémentaires :
+**ATTENTION** : Si on utilise la "simplification" des champs de la Sample List/Batch, il est nécessaire de n'avoir qu'une seule acquisition par fichiers (wiff ou wiff+scan) puisque le nom de l'acquisition est déduit de celui du fichier.
-  - **operateur** ou **operator**
-  - **description**
-Dans le batch file de l'instrument les propriétés suivantes doivent être définies :
+Il est toujours possible d'utiliser la définition des propriétés comme cela a été décrit pour le 'QTrap Applied'. Dans ce cas, on peut définir plusieurs acquisitions.
+=== Propriétés ===
+Si la colonne Sample ID est définie, on utilise
   * :!: //**Sample ID**//  contient **le nom ePims de l'échantillon**
   * :!: //**Sample Name**// contient **le nom de l'acquisition**
   * //**Data File**// correspond au nom du **fichier résultat d'acquisition**
-  * //**operateur**// ou //**operator**// contient le nom de l'opérateur de l'instrument.
-  * //**description**// contient **la description** de l'acquisition.
+Dans le cas contraire les propriétés attendues
+  * :!: //**Sample Name**//  contient **le nom ePims de l'échantillon**
+  * :!:  //**Data File**// correspond au nom du **fichier résultat d'acquisition** et **au nom de l'acquisition** (sans extension)
+Si des colonnes supplémentaires ont été ajoutées, on attend
+  * la colonne //**operateur**// ou //**operator**// qui contient le nom de l'opérateur de l'instrument.
+  * la colonne //**description**// qui contient **la description** de l'acquisition.
+Sinon
+  * Depuis la colonne //**comment**// est extraits
+    * //**op=XXX**// où XXX est le nom de l'opérateur de l'instrument.
+    * //**d=ZZZ**// où ZZZ est **la description** de l'acquisition.
+  * Si op/d ne sont pas saisis
+    * la colonne //**comment**// contient **la description** de l'acquisition.
 La date et la taille de l'acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'acquisition. \\
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-De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un //**Sample Name**// différents qui ont un même //**Data File**//. Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une  même étude. FIXME Autres cas à tester ...
+==== Fichiers WIFF : 'QTrap Applied' ====
-== Incompatibilité connue d'Analyst 1.5 (et sup.) ==
-Dans la version 1.5 (et sup.) d'Analyst, une option est incompatible avec ce format et entraine un bug d'eP-Back. Cette option ("Use flat files for scan data") va obliger Analyst à séparer une analyse en 2 fichiers, un .wiff et un .wiff.scan.
-Pour désactiver cette option il faut :
-  * Sélectionner "Configure" dans le panneau de gauche
-  * Cliquer sur "Tools" => "Settings" => "Queue options"
-  * Décocher "Use flat files for scan data"
-L'utilité de cette option est explicité dans la doc (en résumé elle permet de "faciliter" les lectures réseaux, elle n'a pas d'impact sur les analyses en elles-même) :
-<code>
-Use flat files for scan data: Select this check box if you want to use a flat file format. Whether you acquire data locally or through network acquisition, if you have large data files or if you perform high throughput quantitative analysis, it is recommended that flat files are used. By default, this option is selected.
-If the flat file format is selected for a *.wiff file scan, data from the scans will be stored in a separate "flat" file. For example, the scans from the sample Test.wiff will be stored in a file called Test.wiff.scan.
-Flat means these files are ordinary files where data is stored byte after byte and not organized in special structures as in compound documents. Flat files are more stable, less likely to become corrupted, and are smaller than compound files. The uncomplicated structure makes reading and writing data more efficient, which simplifies the transfer of large amounts of data over the network. Data in compound documents are more difficult to transmit over the network because of their structural limitations. Both file formats are available for local and network acquisition.
-</code>
-**NOTE** : Si vous souhaitez utiliser cette option il faut utiliser le format WiffScan !
-==== Fichiers WIFF + SCAN : 'Wiff Scan Applied' ====
-A partir d'eP-Back 1.17.0
 Cette configuration a été testée pour
-  * Triple TOF mais doit également fonctionner avec les QTrap 4000-5500-6500 ... si on suit la configuration décrite
+  * QTrap 4000-5500-6500 ...
-Ce format permet de supporter l'option "Use flat files for scan data" (voir ci-dessus) qui sépare une analyse en 2 fichiers, un .wiff et un .wiff.scan.
-Ce format supporte aussi le cas où seul un .wiff est généré.
-**ATTENTION** : Il a été choisi de simplifier les champs utile de la Sample List, ce qui implique qu'il est nécessaire de n'avoir qu'une seule acquisition par fichiers (wiff ou wiff+scan) puisque le nom de l'acquisition est déduit de celui du fichier.
 === Propriétés ===
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 Dans le batch file de l'instrument les propriétés suivantes doivent être définies :
-  * :!: //**Sample Name**//  contient **le nom ePims de l'échantillon**
+  * :!: //**Sample ID**//  contient **le nom ePims de l'échantillon**
-  * :!:  //**Data File**// correspond au nom du **fichier résultat d'acquisition** et **au nom de l'acquisition** (sans extension)
+  * :!: //**Sample Name**// contient **le nom de l'acquisition**
+  * //**Data File**// correspond au nom du **fichier résultat d'acquisition**
   * //**operateur**// ou //**operator**// contient le nom de l'opérateur de l'instrument.
   * //**description**// contient **la description** de l'acquisition.
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         * Data
            * MGF
+De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un //**Sample Name**// différents qui ont un même //**Data File**//. Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une  même étude. FIXME Autres cas à tester ...
+== Incompatibilité connue d'Analyst 1.5 (et sup.) ==
+Dans la version 1.5 (et sup.) d'Analyst, une option est incompatible avec ce format et entraine un bug d'eP-Back. Cette option ("Use flat files for scan data") va obliger Analyst à séparer une analyse en 2 fichiers, un .wiff et un .wiff.scan.
+Pour désactiver cette option il faut :
+  * Sélectionner "Configure" dans le panneau de gauche
+  * Cliquer sur "Tools" => "Settings" => "Queue options"
+  * Décocher "Use flat files for scan data"
+L'utilité de cette option est explicité dans la doc (en résumé elle permet de "faciliter" les lectures réseaux, elle n'a pas d'impact sur les analyses en elles-même) :
+<code>
+Use flat files for scan data: Select this check box if you want to use a flat file format. Whether you acquire data locally or through network acquisition, if you have large data files or if you perform high throughput quantitative analysis, it is recommended that flat files are used. By default, this option is selected.
+If the flat file format is selected for a *.wiff file scan, data from the scans will be stored in a separate "flat" file. For example, the scans from the sample Test.wiff will be stored in a file called Test.wiff.scan.
+Flat means these files are ordinary files where data is stored byte after byte and not organized in special structures as in compound documents. Flat files are more stable, less likely to become corrupted, and are smaller than compound files. The uncomplicated structure makes reading and writing data more efficient, which simplifies the transfer of large amounts of data over the network. Data in compound documents are more difficult to transmit over the network because of their structural limitations. Both file formats are available for local and network acquisition.
+</code>
+**NOTE** : Si vous souhaitez utiliser cette option il faut utiliser le format WiffScan !

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