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 ===== Applied Biosystems =====
-==== Fichiers WIFF ====
+==== Fichiers WIFF + SCAN : 'Wiff Scan Applied' ====
+A partir d'eP-Back 1.17.0
 Cette configuration a été testée pour
-  * QTrap 4000
+  * Triple TOF mais doit également fonctionner avec les QTrap 4000-5500-6500 ...
+Ce format est compatible avec le format 'QTrap Applied' mais permet des configurations supplémentaires :
+  * Il permet de supporter l'option "Use flat files for scan data" (voir ci-dessous) qui sépare une analyse en 2 fichiers, un .wiff et un .wiff.scan.
+  * Mais il supporte aussi le cas où seul un .wiff est généré.
+  * Il permet plus de souplesse dans la définition des propriétés (voir ci-dessous)
+**ATTENTION** : Si on utilise la "simplification" des champs de la Sample List/Batch, il est nécessaire de n'avoir qu'une seule acquisition par fichiers (wiff ou wiff+scan) puisque le nom de l'acquisition est déduit de celui du fichier.
+Il est toujours possible d'utiliser la définition des propriétés comme cela a été décrit pour le 'QTrap Applied'. Dans ce cas, on peut définir plusieurs acquisitions.
+=== Propriétés ===
+Si la colonne Sample ID est définie, on utilise
+  * :!: //**Sample ID**//  contient **le nom ePims de l'échantillon**
+  * :!: //**Sample Name**// contient **le nom de l'acquisition**
+  * //**Data File**// correspond au nom du **fichier résultat d'acquisition**
+Dans le cas contraire les propriétés attendues
+  * :!: //**Sample Name**//  contient **le nom ePims de l'échantillon**
+  * :!:  //**Data File**// correspond au nom du **fichier résultat d'acquisition** et **au nom de l'acquisition** (sans extension)
+Si des colonnes supplémentaires ont été ajoutées, on attend
+  * la colonne //**operateur**// ou //**operator**// qui contient le nom de l'opérateur de l'instrument.
+  * la colonne //**description**// qui contient **la description** de l'acquisition.
+Sinon
+  * Depuis la colonne //**comment**// est extraits
+    * //**op=XXX**// où XXX est le nom de l'opérateur de l'instrument.
+    * //**d=ZZZ**// où ZZZ est **la description** de l'acquisition.
+  * Si op/d ne sont pas saisis
+    * la colonne //**comment**// contient **la description** de l'acquisition.
+La date et la taille de l'acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'acquisition. \\
+Pour chaque acquisition, il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'acquisition et se trouver dans un sous répertoire //MGF// par rapport au répertoire contenant les acquisitions.
+**Note** La durée n'est actuellement pas récupérée.
+=== Organisation des données ===
+Au niveau d'Analyst (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie.
+Le répertoire source spécifié à eP-Back peut se situer à deux niveaux:
+  * Au niveau d'un projet. Par conséquent eP-Back recherche sous ce point d'entré un répertoire //Data// contenant les acquisitions.
+    * <QTrap_Source>
+      * Data
+         * MGF
+  * Au niveau des projets d'Analyst. Dans ce cas eP-Back va proposer la liste de toutes les acquisitions présentes dans tous les projets. Le logiciel recherche dans tous les répertoires du point d'entré un sous répertoire //Data// contenant les acquisitions du projet.
+    * <QTrap_Source>
+      * <projet_1>
+        * Data
+           * MGF
+      * <projet_2>
+        * Data
+           * MGF
+==== Fichiers WIFF : 'QTrap Applied' ====
+Cette configuration a été testée pour
+  * QTrap 4000-5500-6500 ...
+=== Propriétés ===
 Dans la sample list de l'instrument l'instrument, ajouter deux colonnes supplémentaires :
   - **operateur** ou **operator**
   - **description**
@@ Line 16: / Line 82: @@
   * //**description**// contient **la description** de l'acquisition.
-La date et la taille de l'acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'acquisition. La durée n'est actuellement pas récupérée. Pour chaque acquisition, il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'acquisition et se trouver dans un sous répertoire //MGF// par rapport au répertoire contenant les acquisitions.
+La date et la taille de l'acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'acquisition. \\
+Pour chaque acquisition, il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'acquisition et se trouver dans un sous répertoire //MGF// par rapport au répertoire contenant les acquisitions.
-De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un //**Sample Name**// différents qui ont un même //**Data File**//. Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une  même étude. FIXME Autres cas à tester ...
+**Note** La durée n'est actuellement pas récupérée.
+=== Organisation des données ===
 Au niveau d'Analyst (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie.
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-== Incompatibilité connue d'Analyst 1.5 ==
+De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un //**Sample Name**// différents qui ont un même //**Data File**//. Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une  même étude. FIXME Autres cas à tester ...
-Dans la version 1.5 (et sup.) d'Analyst, une option entrainant un bug d'eP-Back est coché par défaut. Cette option ("Use flat files for scan data") va obliger Analyst à séparer une analyse en 2 fichiers, un .wiff et un .wiff.scan.
+== Incompatibilité connue d'Analyst 1.5 (et sup.) ==
+Dans la version 1.5 (et sup.) d'Analyst, une option est incompatible avec ce format et entraine un bug d'eP-Back. Cette option ("Use flat files for scan data") va obliger Analyst à séparer une analyse en 2 fichiers, un .wiff et un .wiff.scan.
 Pour désactiver cette option il faut :
   * Sélectionner "Configure" dans le panneau de gauche
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 Flat means these files are ordinary files where data is stored byte after byte and not organized in special structures as in compound documents. Flat files are more stable, less likely to become corrupted, and are smaller than compound files. The uncomplicated structure makes reading and writing data more efficient, which simplifies the transfer of large amounts of data over the network. Data in compound documents are more difficult to transmit over the network because of their structural limitations. Both file formats are available for local and network acquisition.
 </code>
+**NOTE** : Si vous souhaitez utiliser cette option il faut utiliser le format WiffScan !

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