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--- wiki:epims4_0m2:developer:epbackformatspecificity [2008/08/21 17:06]
barthe
+++ wiki:epims4_0m2:developer:epbackformatspecificity [2008/10/02 10:21] (current)
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   * des fichiers d'acquisition représentant les données de l'analyses (format T2D).
   * un fichier d'analyse regroupant les fichiers précédents et portant le nom de l'analyse (format ZIP).
 ==== Listing des analyses ====
-Fait a partir du fichier XML de description du spotset. La technologie utilisé est SAX (l'implémentation étant [[http://xerces.apache.org/xerces2-j/|Xerces]]).  Ce isting lancé par le CacheManager qui appelle la fabrique spécifique au 4800 : //Maldi4800Factory//. Cette fabrique délègue le listing au //Maldi4800XMLParser// car, la technologie SAX étant utilisé pour parser le fichier XML, la classe qui l'utilise doit étendre //DefaultHandler// pour attraper les évènements SAX. Ce listing suit le workflow suivant :
+- Fait a partir du fichier XML de description du spotset. La technologie utilisé est SAX (l'implémentation étant [[http://xerces.apache.org/xerces2-j/|Xerces]]).  Ce listing est lancé par le CacheManager qui appelle la fabrique spécifique au 4800 : //Maldi4800Factory//. Cette fabrique délègue le listing au //Maldi4800XMLParser// car, la technologie SAX étant utilisé pour parser le fichier XML, la classe qui l'utilise doit étendre //DefaultHandler// pour attraper les évènements SAX. Le parser a la structure suivante :
+  * Une méthode d'initialisation et de démarrage du parsing : //extractAnalysis(File file, Maldi4800Format format)//. Méthode appelé par la fabrique.
+  * Les méthodes de capture des évènements SAX qui ont pour but de compléter la liste d'analyse (=//analysisList//) : //startElement(...)// et //endElement(...)// qui sont appelé respectivement quand le parsing rencontre une balise ouvrante et une balise fermante. Les traitements effectués vont varier suivant le nom de la balise rencontrée (=//qName//) et, pour les balises ouvrantes, vont dépendre/prendre en compte les attributs de cette balise (=//attributes//).
+  * Des méthodes de traitements annexes :
+    * //extract4000SEDataFile// : création de //File// correspondant aux acquisitions d'une analyse.
+    * //getDateFromAttribute// : création d'une //Date// à partir du format utilisé dans les xml créé par le logiciel 4000 Series Explorer.
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+- Le listing des analyses suit le workflow suivant :
   * Récupération du nom du spotset
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         * **si oui** : rien de fait, on garde juste l'analyse en question en mémoire pour l'étape suivante
       * Ajouter à l'analyse (nouvellement créée ou pas) le fichier d'acquisition correspondant (T2D). Pour l'instant le fichier T2D sont trouvé grâce à leur nom dans un dossier spécifique (voir ci-dessous). A terme ils seront extrait automatiquement de la base de données.
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+**Nota** : L'ensemble des noms des balises et attributs nécessaires au parsing du fichier XML sont stockées dans des attributs static finaux sous la forme : nomBalise_[nomAttribut]_typeElementConcerne_[valeur].([] : présent ou pas suivant l'élément concerné) (typeElementConcerne : TAG (balise), LABEL (nom attribut), VAL (valeur spécifique d'un attribut)
+Exemples :
+  * SPOTSET_TAG : nom de la balise représentant un //spotset//
+  * SPOTSET_NAME_LABEL : non de l'attribut //name// de la balise //spotset//
+  * SPOT_ISALIGN_VAL_YES : valeur //YES// pour l'attribut //isAlign// de la balise //spot//
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+\\
+==== Les dossiers  ====
+Contrairement aux autres format le dossier src récupéré par le Maldi4800Format à partir du fichier de configuration instruments.xml ne correspond pas directement aux analyses. C'est la racine où va se trouver les dossier contenant la description des spotset et celui contenant les t2d (cf [[..:..:epims4_0m2:admin:rawdata#maldi_tof-tof|format de données des spectrométres]]). Le nom de ces dossiers sont dans les variables DATA_FILES_DIR et DESC_FILES_DIR.

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