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|---|---|---|---|
| Line 67: | Line 67: | ||
| La date, la durée et la taille de l'acquisition sont obtenues automatiquement depuis le raw file. Les seuls fichiers associés possible sont les spectres processés (au format mgf) et doivent avoir le même nom que l'acquisition. Ces spectres sont localisés dans un sous-répertoire 'dta' à celui contenant les raw files. | La date, la durée et la taille de l'acquisition sont obtenues automatiquement depuis le raw file. Les seuls fichiers associés possible sont les spectres processés (au format mgf) et doivent avoir le même nom que l'acquisition. Ces spectres sont localisés dans un sous-répertoire 'dta' à celui contenant les raw files. | ||
| + | |||
| Line 72: | Line 73: | ||
| ===== Applied Biosystems ===== | ===== Applied Biosystems ===== | ||
| + | ==== Fichiers WIFF ==== | ||
| Cette configuration a été testée pour | Cette configuration a été testée pour | ||
| * QTrap 4000 | * QTrap 4000 | ||
| Dans la sample list de l'instrument l'instrument, ajouter deux colonnes supplémentaires : | Dans la sample list de l'instrument l'instrument, ajouter deux colonnes supplémentaires : | ||
| - | - operateur ou operator | + | - **operateur** ou **operator** |
| - | - description | + | - **description** |
| Dans le batch file de l'instrument les propriétés suivantes doivent être définies : | Dans le batch file de l'instrument les propriétés suivantes doivent être définies : | ||
| Line 83: | Line 85: | ||
| * :!: //**Sample Name**// contient **le nom de l'acquisition** | * :!: //**Sample Name**// contient **le nom de l'acquisition** | ||
| * //**Data File**// correspond au nom du **fichier résultat d'acquisition** | * //**Data File**// correspond au nom du **fichier résultat d'acquisition** | ||
| - | * //**operateur**// ou //**operator**// contient le nom de l'opérateur de l' correspondant au responsable instrument passant les échantillons. | + | * //**operateur**// ou //**operator**// contient le nom de l'opérateur de l'instrument. |
| - | * //**description**// contient **la description** de l'acquisition | + | * //**description**// contient **la description** de l'acquisition. |
| La date et la taille de l'acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'acquisition. La durée n'est actuellement pas récupérée. Pour chaque acquisition, il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'acquisition et se trouver dans un sous répertoire //MGF// par rapport au répertoire contenant les acquisitions. | La date et la taille de l'acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'acquisition. La durée n'est actuellement pas récupérée. Pour chaque acquisition, il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'acquisition et se trouver dans un sous répertoire //MGF// par rapport au répertoire contenant les acquisitions. | ||
| - | De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un **Sample Name** différents qui ont un même **Data File**. Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une même étude. | + | De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un //**Sample Name**// différents qui ont un même //**Data File**//. Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une même étude. FIXME Autres cas à tester ... |
| - | FIXME Autres cas à tester ... | + | Au niveau d'Analyst (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie. |
| - | + | ||
| - | Au niveau d'Analyste (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie. | + | |
| Le répertoire source spécifié à eP-Back peut se situer à deux niveaux: | Le répertoire source spécifié à eP-Back peut se situer à deux niveaux: | ||
| Line 99: | Line 99: | ||
| * Data | * Data | ||
| * MGF | * MGF | ||
| - | * Au niveau des projets d'Analystes. Dans ce cas eP-Back va proposer la liste de toutes les acquisitions présentes dans tous les projets. Le logiciel recherche dans tous les répertoires du point d'entré un sous répertoire //Data// contenant les acquisitions du projet. | + | * Au niveau des projets d'Analyst. Dans ce cas eP-Back va proposer la liste de toutes les acquisitions présentes dans tous les projets. Le logiciel recherche dans tous les répertoires du point d'entré un sous répertoire //Data// contenant les acquisitions du projet. |
| * <QTrap_Source> | * <QTrap_Source> | ||
| * <projet_1> | * <projet_1> | ||
| Line 110: | Line 110: | ||
| + | |||
| + | ==== MALDI ToF-ToF ==== | ||
| + | |||
| + | Cette configuration a été testée pour :\\ | ||
| + | - 4800 Maldi ToF-Tof | ||
| + | |||
| + | * :!: Dans le spotset mettre dans la colonne "name" de chaque spot **le nom de l'échantillon ePims** auquel correspond celui-ci (pour plus de rapidité le nom peut être rentré une seule fois et étendu à tout les autres spot correspondant au même échantillon). | ||
| + | * Une fois les acquisitions effectuées, extraire : | ||
| + | - dans le dossier **[source]**((Le dossier défini dans la balise //<src>// du fichier de configuration //instrument.xml//))**/spotsets/** : le fichier de description du spotset et des méthodes d'analyse. Pour ce faire : File -> Export XML from database -> ajouter le spotset et les méthodes voulues -> Export. | ||
| + | - dans le dossier **[source]/spotsets/t2d/** : les fichiers de données. Pour ce faire, sélectionnez les spots dans la fenêtre de description du spotset -> clique droit -> Export data. | ||
| + | |||
| + | - Nota : | ||
| + | * Le nom des analyses est construit tel que suit : [nom du spotset]-[numéro du run]-[nom de l'échantillon spécifié dans 4000SE]. Exemple : Fi_20080506-5-Ech01. | ||
| + | * Les différents fichiers concernant une analyse (description du spotset et fichiers de données t2d) sont rassemblés dans un fichier zip par eP-Back avant d'être transférés. Ce fichier zip aura pour nom celui de l'analyse. | ||
| + | * [[4800Applied]] | ||
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