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bruley
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 La date, la durée et la taille de l'acquisition sont obtenues automatiquement depuis le raw file. Les seuls fichiers associés possible sont les spectres processés (au format pkl et prp) et doivent avoir le même nom que l'acquisition. La localisation de ces fichiers est configurable lors de l'exécution d'eP-Back.
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 Au final le contenu des colonnes doit être :
-  * :!: **File Name**  contient le nom de l'analyse (ce nom sera également celui du fichier généré par XCalibur)
+  * :!: //**File Name**//  contient **le nom de l'acquisition** (ce nom sera également celui du **fichier résultat d'acquisition** généré par XCalibur)
-  * :!: **Sample Name**  contient le nom de l'échantillon ePims
+  * :!: //**Sample Name**//  contient **le nom ePims de l'échantillon**
-  * **Sample Description** FIXME A vérifier : contient la description de l'acquisition.
+  * //**Sample Description**// FIXME A vérifier : contient la description de l'acquisition.
-  * **Operator** contient le nom de l'opérateur de l'instrument
+  * //**Operator**// contient **le nom de l'opérateur** de l'instrument
 La date, la durée et la taille de l'acquisition sont obtenues automatiquement depuis le raw file. Les seuls fichiers associés possible sont les spectres processés (au format mgf) et doivent avoir le même nom que l'acquisition. Ces spectres sont localisés dans un sous-répertoire 'dta' à celui contenant les raw files.
-Le type de l'acquisition dépend de la valeur spécifiée pour la nomenclature de l'échantillon :
-FIXME: A Compléter ... Générale ou par instrument ?!
-   - blanc / controleLC / controleInst / <nomenclature_study> / test ?
 ===== Applied Biosystems =====
+==== Fichiers WIFF ====
 Cette configuration a été testée pour
   * QTrap 4000
+Dans la sample list de l'instrument l'instrument, ajouter deux colonnes supplémentaires :
+  - **operateur** ou **operator**
+  - **description**
 Dans le batch file de l'instrument les propriétés suivantes doivent être définies :
-  * :!: **Sample ID**  contient le nom de l'échantillon ePims
+  * :!: //**Sample ID**//  contient **le nom ePims de l'échantillon**
-  * :!: **Sample Name** contient le nom de l'acquisition
+  * :!: //**Sample Name**// contient **le nom de l'acquisition**
-  * **Data File** correspond au nom du fichier wiff contenant l'acquisition
+  * //**Data File**// correspond au nom du **fichier résultat d'acquisition**
-  * **operateur** ou **operator**(custom column) corresondant au responsable instrument passant les échantillons.
+  * //**operateur**// ou //**operator**// contient le nom de l'opérateur de l'instrument.
-  * **description** (custom column) contient la description de l'acquisition de l'échantillon
+  * //**description**// contient **la description** de l'acquisition.
 La date et la taille de l'acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'acquisition. La durée n'est actuellement pas récupérée. Pour chaque acquisition, il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'acquisition et se trouver dans un sous répertoire //MGF// par rapport au répertoire contenant les acquisitions.
-Le type de l'acquisition dépend de la valeur spécifiée pour la nomenclature de l'échantillon :
+De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un //**Sample Name**// différents qui ont un même //**Data File**//. Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une  même étude. FIXME Autres cas à tester ...
-FIXME: A Compléter ... Générale ou par instrument ?!
-   - blanc / controleLC / controleInst / <nomenclature_study> / test ?
-De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un **Sample Name** différents qui ont un même **Data File**. Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une  même étude.
+Au niveau d'Analyst (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie.
-FIXME Autres cas à tester ...
-Au niveau d'Analyste (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie.
 Le répertoire source spécifié à eP-Back peut se situer à deux niveaux:
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       * Data
          * MGF
-  * Au niveau des projets d'Analystes. Dans ce cas eP-Back va proposer la liste de toutes les acquisitions présentes dans tous les projets. Le logiciel recherche dans tous les répertoires du point d'entré un sous répertoire //Data// contenant les acquisitions du projet.
+  * Au niveau des projets d'Analyst. Dans ce cas eP-Back va proposer la liste de toutes les acquisitions présentes dans tous les projets. Le logiciel recherche dans tous les répertoires du point d'entré un sous répertoire //Data// contenant les acquisitions du projet.
     * <QTrap_Source>
       * <projet_1>
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+==== MALDI ToF-ToF ====
+Cette configuration a été testée pour :\\
+- 4800 Maldi ToF-Tof
+  * :!: Dans le spotset mettre dans la colonne "name" de chaque spot **le nom de l'échantillon ePims** auquel correspond celui-ci (pour plus de rapidité le nom peut être rentré une seule fois et étendu à tout les autres spot correspondant au même échantillon).
+  * Une fois les acquisitions effectuées, extraire :
+    - dans le dossier **[source]**((Le dossier défini dans la balise //<src>// du fichier de configuration //instrument.xml//))**/spotsets/** : le fichier de description du spotset et des méthodes d'analyse. Pour ce faire : File -> Export XML from database -> ajouter le spotset et les méthodes voulues -> Export.
+    - dans le dossier **[source]/spotsets/t2d/** : les fichiers de données. Pour ce faire, sélectionnez les spots dans la fenêtre de description du spotset -> clique droit -> Export data.
+- Nota :
+  * Le nom des analyses est construit tel que suit : [nom du spotset]-[numéro du run]-[nom de l'échantillon spécifié dans 4000SE]. Exemple : Fi_20080506-5-Ech01.
+  * Les différents fichiers concernant une analyse (description du spotset et fichiers de données t2d) sont rassemblés dans un fichier zip par eP-Back avant d'être transférés. Ce fichier zip aura pour nom celui de l'analyse.
+  * [[4800Applied]]

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