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dupierris
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 ====== Format de données des spectrométres ======
-eP-Back se charge de transférer les résultats d'acquisition dans le repository d'ePims. Pour se faire, eP-Back liste les fichiers d'acquisition qui se trouvent sur le disque de l'instrument (voir [[configurationePims#eP-Back]]) et pour chaque fichier, tente de déterminer les informations suivantes :
+eP-Back se charge de transférer les fichier résultats d'acquisition dans le repository d'ePims et enregistre dans le système les acquisitions. Pour se faire, eP-Back liste les acquisitions qui se trouvent sur les fichiers résultats sur le disque de l'instrument (voir [[configurationePims#eP-Back]]) et pour chaque acquisition, tente de déterminer les informations suivantes :
+  * :!: **Le nom de l'acquisition** : le résultat de l'analyse sur l'instrument d'un unique échantillon. Ce nom est unique pour chaque instrument. Si on génère un fichier pour chaque acquisition, alors le nom du fichier peut être utilisé comme nom d'acquisition.
-  * :!: **Nom de l'acquisition**
+  * :!: **Le nom ePims de l'échantillon** qui a été analysé.
-  * :!: **Le nom ePims de l'échantillon** qui a été analysé
   * **Le nom de l'opérateur** qui a réalisé l'analyse sur l'instrument. Ce nom doit correspondre au login utilisé dans ePims.
   * **La date** de l'acquisition
   * **La durée** de l'acquisition
-  * **La taille** du fichier d'acquisition
   * **La description** de l'acquisition
   * **Le type** de l'acquisition : Peut être soit un controle (LC ou Instrument) soit un blanc soit une recherche
+  * :!: **Le fichier résultat d'acquisition** associé,
+  * **La taille** du fichier résultat d'acquisition
   * **les fichiers associés** c'est-à-dire les spectres processés.
 Les informations précédée de :!: sont absolument requise pour que eP-Back puisse transférer les données. Si eP-Back ne parvient pas à les retrouver, vous devrez les rentrer manuellement pour chaque analyse dans l'interface utilisateur d'eP-Back (voir [[..:user:ePBack]]).
-Si certaines de ces informations sont retrouvées automatiquement d'autres doivent être saisies par l'opérateur de l'instrument dans certains champs de la //sample-liste// de sorte qu'elles apparaissent dans le fichier d'acquisition au moment où celui-ci est généré par l'instrument. Les champs utilisés étant spécifiques au type d'instrument, les paragraphes suivants décrivent les informations saisies et l'endroit où elles doivent être saisies et ce pour chaque type d'instrument supporté par ePims.
+=== Type de l'acquisition ===
+Pour qu'eP-Back puisse déterminer automatiquement le type de l'acquisition, le nom de l'échantillon ePims peut contenir des valeurs clés :
+  - blanc : acquisition d'un blanc,
+  - controleLC : acquisition destinée à contrôler le bon fonctionnement de la chromatographie
+  - controleInst : acquisition destinée à contrôler le bon fonctionnement de l'instrument
+  - test : acquisition de test, sans intérêt particulier.
+=== Sample list ===
+Si certaines de ces informations sont retrouvées automatiquement d'autres doivent être saisies par l'opérateur de l'instrument dans certains champs de la //sample-liste// de sorte qu'elles apparaissent dans le fichier résultat d'acquisition au moment où celui-ci est généré par l'instrument. Les champs utilisés dans la //sample-list// étant spécifiques à chaque instrument, les paragraphes suivants décrivent ce que doivent contenir les sample-list des instruments supportés par ePims pour qu'eP-Back puisse retrouver automatiquement ces informations.
+Ces informations ont un impact sur le status associé aux acquisitions : cf block note [[https://www.grenoble.prabi.fr/trac/ePims/wiki/BlocNote_eP-Back_refactoring | eP-Back Refactoring]]
-Ces informations ont un impacte sur le status associé aux acquisitions : cf block note [[https://www.grenoble.prabi.fr/trac/ePims/wiki/BlocNote_eP-Back_refactoring | eP-Back Refactoring]]
 ===== Waters =====
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 Dans la //sample-list// de l'instrument, utiliser les colonnes suivantes (au besoin faire apparaitre ces colonnes dans l'affichage via le menu ''Customize Display'' en cliquant bouton droit dans la sample-list):
-  * :!: **File Name** contient le nom de l'analyse (ce nom sera également celui du fichier généré par MassLynx)
+  * :!: //**File Name**// contient **Le nom de l'acquisition** (ce nom sera également celui du **fichier résultat d'acquisition** généré par MassLynx),
-  * :!: **Job Code**  contient le nom de l'échantillon ePims
+  * :!: //**Job Code**//  contient **Le nom ePims de l'échantillon**,
-  * **User** contient le nom de l'opérateur de l'instrument
+  * //**User**// contient **Le nom de l'opérateur** de l'instrument,
-  * **Sample Description** contient la description de l'acquisition (cette information est uniquement affichée par eP-Back)
+  * //**Sample Description**// contient **la description** de l'acquisition.
 La date, la durée et la taille de l'acquisition sont obtenues automatiquement depuis le raw file. Les seuls fichiers associés possible sont les spectres processés (au format pkl et prp) et doivent avoir le même nom que l'acquisition. La localisation de ces fichiers est configurable lors de l'exécution d'eP-Back.
-Le type de l'acquisition dépend de la valeur spécifiée pour la nomenclature de l'échantillon :
-FIXME: A Compléter ... Générale ou par instrument ?!
-   - blanc / controleLC / controleInst / <nomenclature_study> / test ?
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 Au final le contenu des colonnes doit être :
-  * :!: **File Name**  contient le nom de l'analyse (ce nom sera également celui du fichier généré par XCalibur)
+  * :!: //**File Name**//  contient **le nom de l'acquisition** (ce nom sera également celui du **fichier résultat d'acquisition** généré par XCalibur)
-  * :!: **Sample Name**  contient le nom de l'échantillon ePims
+  * :!: //**Sample Name**//  contient **le nom ePims de l'échantillon**
-  * **Sample Description** FIXME A vérifier : contient la description de l'acquisition.
+  * //**Sample Description**// FIXME A vérifier : contient la description de l'acquisition.
-  * **Operator** contient le nom de l'opérateur de l'instrument
+  * //**Operator**// contient **le nom de l'opérateur** de l'instrument
 La date, la durée et la taille de l'acquisition sont obtenues automatiquement depuis le raw file. Les seuls fichiers associés possible sont les spectres processés (au format mgf) et doivent avoir le même nom que l'acquisition. Ces spectres sont localisés dans un sous-répertoire 'dta' à celui contenant les raw files.
-Le type de l'acquisition dépend de la valeur spécifiée pour la nomenclature de l'échantillon :
-FIXME: A Compléter ... Générale ou par instrument ?!
-   - blanc / controleLC / controleInst / <nomenclature_study> / test ?
 ===== Applied Biosystems =====
+==== Fichiers WIFF ====
 Cette configuration a été testée pour
   * QTrap 4000
+Dans la sample list de l'instrument l'instrument, ajouter deux colonnes supplémentaires :
+  - **operateur** ou **operator**
+  - **description**
 Dans le batch file de l'instrument les propriétés suivantes doivent être définies :
-  * :!: **Sample ID**  contient le nom de l'échantillon ePims
+  * :!: //**Sample ID**//  contient **le nom ePims de l'échantillon**
-  * :!: **Sample Name** contient le nom de l'acquisition
+  * :!: //**Sample Name**// contient **le nom de l'acquisition**
-  * **Data File** correspond au nom du fichier wiff contenant l'acquisition
+  * //**Data File**// correspond au nom du **fichier résultat d'acquisition**
-  * **operateur** ou **operator**(custom column) corresondant au responsable instrument passant les échantillons.
+  * //**operateur**// ou //**operator**// contient le nom de l'opérateur de l'instrument.
-  * **description** (custom column) contient la description de l'acquisition de l'échantillon
+  * //**description**// contient **la description** de l'acquisition.
 La date et la taille de l'acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'acquisition. La durée n'est actuellement pas récupérée. Pour chaque acquisition, il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'acquisition et se trouver dans un sous répertoire //MGF// par rapport au répertoire contenant les acquisitions.
-Le type de l'acquisition dépend de la valeur spécifiée pour la nomenclature de l'échantillon :
+De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un //**Sample Name**// différents qui ont un même //**Data File**//. Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une  même étude. FIXME Autres cas à tester ...
-FIXME: A Compléter ... Générale ou par instrument ?!
-   - blanc / controleLC / controleInst / <nomenclature_study> / test ?
-De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un **Sample Name** différents qui ont un même **Data File**. Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une  même étude.
+Au niveau d'Analyst (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie.
-FIXME Autres cas à tester ...
-Au niveau d'Analyste (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie.
 Le répertoire source spécifié à eP-Back peut se situer à deux niveaux:
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       * Data
          * MGF
-  * Au niveau des projets d'Analystes. Dans ce cas eP-Back va proposer la liste de toutes les acquisitions présentes dans tous les projets. Le logiciel recherche dans tous les répertoires du point d'entré un sous répertoire //Data// contenant les acquisitions du projet.
+  * Au niveau des projets d'Analyst. Dans ce cas eP-Back va proposer la liste de toutes les acquisitions présentes dans tous les projets. Le logiciel recherche dans tous les répertoires du point d'entré un sous répertoire //Data// contenant les acquisitions du projet.
     * <QTrap_Source>
       * <projet_1>
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+==== MALDI ToF-ToF ====
+Cette configuration a été testée pour :\\
+- 4800 Maldi ToF-Tof
+  * :!: Dans le spotset mettre dans la colonne "name" de chaque spot **le nom de l'échantillon ePims** auquel correspond celui-ci (pour plus de rapidité le nom peut être rentré une seule fois et étendu à tout les autres spot correspondant au même échantillon).
+  * Une fois les acquisitions effectuées, extraire :
+    - dans le dossier **[source]**((Le dossier défini dans la balise //<src>// du fichier de configuration //instrument.xml//))**/spotsets/** : le fichier de description du spotset et des méthodes d'analyse. Pour ce faire : File -> Export XML from database -> ajouter le spotset et les méthodes voulues -> Export.
+    - dans le dossier **[source]/spotsets/t2d/** : les fichiers de données. Pour ce faire, sélectionnez les spots dans la fenêtre de description du spotset -> clique droit -> Export data.
+- Nota :
+  * Le nom des analyses est construit tel que suit : [nom du spotset]-[numéro du run]-[nom de l'échantillon spécifié dans 4000SE]. Exemple : Fi_20080506-5-Ech01.
+  * Les différents fichiers concernant une analyse (description du spotset et fichiers de données t2d) sont rassemblés dans un fichier zip par eP-Back avant d'être transférés. Ce fichier zip aura pour nom celui de l'analyse.
+  * [[4800Applied]]

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