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| * <PROJ1_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative au projet scientifique ''PROJ1_NOMENCLATURE'' | * <PROJ1_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative au projet scientifique ''PROJ1_NOMENCLATURE'' | ||
| * <STD_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative à l'étude ''STD_NOMENCLATURE'' | * <STD_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative à l'étude ''STD_NOMENCLATURE'' | ||
| - | * **raw** : contient les données brutes générées par les instruments (.raw pour les QTOF par exemple). | + | * **raw** : contient les données brutes générées par les instruments (.raw pour les QTOF par exemple). |
| * **spectra** : contient les spectres processés issus des données brutes (.pkl ou prp par exemple) | * **spectra** : contient les spectres processés issus des données brutes (.pkl ou prp par exemple) | ||
| * **results** : contient les résultats d'analyses expertisés, dans un format libre | * **results** : contient les résultats d'analyses expertisés, dans un format libre | ||
| Line 23: | Line 23: | ||
| * **other** : ... | * **other** : ... | ||
| * <PIMS_SYSTEM> : répertoire systeme de ePims dans lequel des fichiers de logs (par exemple) sont enregsitrés. | * <PIMS_SYSTEM> : répertoire systeme de ePims dans lequel des fichiers de logs (par exemple) sont enregsitrés. | ||
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| Line 85: | Line 70: | ||
| Cette arborescence doit être copiée dans un répertoire temporaire d'installation afin de pouvoir modifier certains fichiers de configuration. Tous les chemins et fichiers donnés dans cette page sont relatifs à ce répertoire temporaire d'installation. | Cette arborescence doit être copiée dans un répertoire temporaire d'installation afin de pouvoir modifier certains fichiers de configuration. Tous les chemins et fichiers donnés dans cette page sont relatifs à ce répertoire temporaire d'installation. | ||
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| Line 91: | Line 77: | ||
| Avant de déployer eP-Core, il est nécessaire de le configurer. Modifiez le fichier **eP-Core/**epCore.properties comme indiqué ci-dessous puis exécutez updateJar-Core.bat (ou updateJar-Core.sh sous Linux) qui va mettre à jour le fichier epCore.properties qui se trouve dans la librairie eP-Core-<version>.jar | Avant de déployer eP-Core, il est nécessaire de le configurer. Modifiez le fichier **eP-Core/**epCore.properties comme indiqué ci-dessous puis exécutez updateJar-Core.bat (ou updateJar-Core.sh sous Linux) qui va mettre à jour le fichier epCore.properties qui se trouve dans la librairie eP-Core-<version>.jar | ||
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| ==== Configuration ==== | ==== Configuration ==== | ||
| Line 110: | Line 93: | ||
| == UNDEF_DIR_NAME == | == UNDEF_DIR_NAME == | ||
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| Nom des répertoires, sur l'espace disque de stockage dédié à ePims, qui contient les projets/études n’appartenant pas à un programme/projet. | Nom des répertoires, sur l'espace disque de stockage dédié à ePims, qui contient les projets/études n’appartenant pas à un programme/projet. | ||
| Line 120: | Line 102: | ||
| == PIMS_SHARE == | == PIMS_SHARE == | ||
| - | Répertoire contenant les données dites partagées, n’appartenant pas spécifiquement à une étude. On retrouve ici, par exemple, les acquisitions de contrôles réalisées sur les instruments. | + | Répertoire, relatifs à PIMS_ROOT, contenant les données dites partagées, n’appartenant pas spécifiquement à une étude. On retrouve ici, par exemple, les acquisitions de contrôles réalisées sur les instruments. |
| == PIMS_ARCHIVE == | == PIMS_ARCHIVE == | ||
| Line 139: | Line 121: | ||
| PIMS_ROOT=\\\\serveur\\path\\to\\pims\\root | PIMS_ROOT=\\\\serveur\\path\\to\\pims\\root | ||
| </code> | </code> | ||
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| Line 157: | Line 137: | ||
| La nouvelle configuration devrait être pris en compte. | La nouvelle configuration devrait être pris en compte. | ||
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| Line 165: | Line 144: | ||
| les modules eP-Web et eP-WebServices sont déployés à partir de de l'application d'entreprise ([[http://java.sun.com/j2ee/1.4/docs/tutorial-update6/doc/Overview5.html|EAR]]) eP-EAR.ear. | les modules eP-Web et eP-WebServices sont déployés à partir de de l'application d'entreprise ([[http://java.sun.com/j2ee/1.4/docs/tutorial-update6/doc/Overview5.html|EAR]]) eP-EAR.ear. | ||
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| ==== Configuration ==== | ==== Configuration ==== | ||
| Line 252: | Line 208: | ||
| * Cliquer sur "Add Destination" | * Cliquer sur "Add Destination" | ||
| * JMS Destination Type : ''javax.jms.Topic'' | * JMS Destination Type : ''javax.jms.Topic'' | ||
| - | * Message Destination Name = PhysicalName : ''AcquisitionTopic'' . Faire "next" | + | * //Message Destination Name// ET //PhysicalName// : ''AcquisitionTopic'' . Faire "next" |
| * Cliquer sur "Add Destination" | * Cliquer sur "Add Destination" | ||
| * JMS Destination Type : ''javax.jms.Queue'' | * JMS Destination Type : ''javax.jms.Queue'' | ||
| - | * Message Destination Name = PhysicalName : ''ePimsQueue''. Faire "next" | + | * //Message Destination Name// ET //PhysicalName// : ''ePimsQueue''. Faire "next" |
| * Cliquer sur "deploy now" | * Cliquer sur "deploy now" | ||
| Line 408: | Line 364: | ||
| - | ===== eP-Back ===== | ||
| + | ===== eP-Back ===== | ||
| ==== Installation ==== | ==== Installation ==== | ||
| Line 424: | Line 380: | ||
| VERSION: fichier d'informations | VERSION: fichier d'informations | ||
| </code> | </code> | ||
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| Line 480: | Line 427: | ||
| * LTQ / LTQ-FT / OrbiTrap Thermo | * LTQ / LTQ-FT / OrbiTrap Thermo | ||
| * QTrap 4000 Applied | * QTrap 4000 Applied | ||
| + | |||
| + | |||
| Line 521: | Line 470: | ||
| Pour supprimer le service, exécuter le script ''UninstallApp-NT.bat'' après avoir arrété le service | Pour supprimer le service, exécuter le script ''UninstallApp-NT.bat'' après avoir arrété le service | ||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
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| Line 542: | Line 485: | ||
| ''ftp.host'': host du serveur FTP. Celui-ci peut être le même que celui configuré pour eP-Web. | ''ftp.host'': host du serveur FTP. Celui-ci peut être le même que celui configuré pour eP-Web. | ||
| - | ''ftp.login/ftp.password'' : authentification pour la connexion au serveur FTP. Cet utilisateur peut être un utilisateur spécifique ou un utilisateur enregistré dans la BD de ePims si le serveur FTP est configuré pour utiliser la BD pour l'authentification[[BR]] | + | ''ftp.login/ftp.password'' : authentification pour la connexion au serveur FTP. Cet utilisateur peut être un utilisateur spécifique ou un utilisateur enregistré dans la BD de ePims si le serveur FTP est configuré pour utiliser la BD pour l'authentification |
| + | \\ | ||
| * Fichier ''configuration.xml'' : Gestion des acquisitions | * Fichier ''configuration.xml'' : Gestion des acquisitions | ||
| Line 552: | Line 496: | ||
| </code> | </code> | ||
| - | 2. Le ''MessageFilter'' permet de ne considérer que les acquisitions qui nous intéressent. Un ensemble de clé/valeur peut être utilisé pour filtrer les acquisitions. Dans l'exemple si dessous, seuls les acquisitions ayant été réalisées sur un instrument dont le nom commence par //ORBI// seront traitées. L'ensemble des propriétés pouvant être testées est donné en fin de document FIXME a faire ! | + | 2. Le ''MessageFilter'' permet de ne considérer que les acquisitions qui nous intéressent. Un ensemble de clé/valeur peut être utilisé pour filtrer les acquisitions. Dans l'exemple si dessous, seuls les acquisitions ayant été réalisées sur un instrument dont le nom commence par //ORBI// seront traitées. L'ensemble des propriétés pouvant être testées est donné en fin de document |
| <code> | <code> | ||
| <bean id="messageFilter" class="cea.edyp.eptaf.MessageFilter"> | <bean id="messageFilter" class="cea.edyp.eptaf.MessageFilter"> | ||
| Line 572: | Line 516: | ||
| <map> | <map> | ||
| <entry> | <entry> | ||
| - | <key><value>studyDescriptor.program</value></key> | + | <key><value>sampleDescriptor.studyDescriptor.program</value></key> |
| <value>AMT</value> | <value>AMT</value> | ||
| </entry> | </entry> | ||
| Line 589: | Line 533: | ||
| ... | ... | ||
| <property name="destinationPath"><value>d:/VDTEST/AMT</value></property> | <property name="destinationPath"><value>d:/VDTEST/AMT</value></property> | ||
| - | <property name="folderName"><value>studyDescriptor.nomenclature</value></property> | + | <property name="folderName"><value>sampleDescriptor.studyDescriptor.nomenclature</value></property> |
| </code> | </code> | ||
| Line 596: | Line 540: | ||
| wrapper.java.command=C:\Program Files\Java\jdk1.5.0_11\bin\java | wrapper.java.command=C:\Program Files\Java\jdk1.5.0_11\bin\java | ||
| + | __**Propriétés du message**__ | ||
| + | |||
| + | Un schéma du contenu d'un message est donné ci-dessous. Pour spécifier une propriété il faut donner son chemin depuis l'objet !AcquisitionMessage. Ainsi pour tester le projet de rattachement de l'acquisition il faut spécifier sampleDescriptor.studyDescriptor.project | ||
| + | |||
| + | {{ .:ept-model.png }} | ||
| + | Nota : la nature de l'acquisition (AcquisitionDescriptor => Nature dans le schéma ci-dessus) peut avoir les valeurs suivantes : | ||
| + | * BLANK | ||
| + | * CONTROL_LC | ||
| + | * CONTROL_INSTRUMENT | ||
| + | * RESEARCH | ||
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