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dupierris
+++ wiki:epims4_0m2:admin:configurationepims [2011/04/18 15:57] (current)
132.168.72.130
@@ Line 12: / Line 12: @@
         * <PROJ1_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative au projet scientifique ''PROJ1_NOMENCLATURE''
           * <STD_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative à l'étude ''STD_NOMENCLATURE''
-            * **raw** : contient les données brutes générées par les instruments (.raw pour les QTOF par exemple).
+              * **raw** : contient les données brutes générées par les instruments (.raw pour les QTOF par exemple).
               * **spectra** : contient les spectres processés issus des données brutes (.pkl ou prp par exemple)
               * **results** : contient les résultats d'analyses expertisés, dans un format libre
@@ Line 23: / Line 23: @@
               * **other** : ...
     * <PIMS_SYSTEM> : répertoire systeme de ePims dans lequel des fichiers de logs (par exemple) sont enregsitrés.
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 Cette arborescence doit être copiée dans un répertoire temporaire d'installation afin de pouvoir modifier certains fichiers de configuration. Tous les chemins et fichiers donnés dans cette page sont relatifs à ce répertoire temporaire d'installation.
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 Avant de déployer eP-Core, il est nécessaire de le configurer. Modifiez le fichier **eP-Core/**epCore.properties comme indiqué ci-dessous puis exécutez updateJar-Core.bat (ou updateJar-Core.sh sous Linux) qui va mettre à jour le fichier epCore.properties qui se trouve dans la librairie eP-Core-<version>.jar
 ==== Configuration ====
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 == UNDEF_DIR_NAME ==
 Nom des répertoires, sur l'espace disque de stockage dédié à ePims, qui contient les projets/études n’appartenant pas à un programme/projet.
@@ Line 120: / Line 102: @@
 == PIMS_SHARE ==
-Répertoire contenant les données dites partagées, n’appartenant pas spécifiquement à une étude. On retrouve ici, par exemple, les acquisitions de contrôles réalisées sur les instruments.
+Répertoire, relatifs à PIMS_ROOT, contenant les données dites partagées, n’appartenant pas spécifiquement à une étude. On retrouve ici, par exemple, les acquisitions de contrôles réalisées sur les instruments.
 == PIMS_ARCHIVE ==
@@ Line 139: / Line 121: @@
       PIMS_ROOT=\\\\serveur\\path\\to\\pims\\root
 </code>
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 La nouvelle configuration devrait être pris en compte.
@@ Line 165: / Line 144: @@
 les modules eP-Web et eP-WebServices sont déployés à partir de de l'application d'entreprise ([[http://java.sun.com/j2ee/1.4/docs/tutorial-update6/doc/Overview5.html|EAR]]) eP-EAR.ear.
 ==== Configuration ====
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         * Cliquer sur "Add Destination"
         * JMS Destination Type : ''javax.jms.Topic''
-        * Message Destination Name = PhysicalName : ''AcquisitionTopic'' . Faire "next"
+        * //Message Destination Name// ET //PhysicalName// : ''AcquisitionTopic'' . Faire "next"
         * Cliquer sur "Add Destination"
         * JMS Destination Type : ''javax.jms.Queue''
-        * Message Destination Name = PhysicalName : ''ePimsQueue''. Faire "next"
+        * //Message Destination Name// ET //PhysicalName// : ''ePimsQueue''. Faire "next"
      * Cliquer sur "deploy now"
@@ Line 408: / Line 364: @@
-===== eP-Back =====
+===== eP-Back =====
 ==== Installation ====
@@ Line 424: / Line 380: @@
 VERSION: fichier d'informations
 </code>
@@ Line 450: / Line 399: @@
 <instruments>
   <instrument>
+    <label>CB501</label>
     <name>CB501</name>
     <src>d:/temp</src>
@@ Line 463: / Line 413: @@
 Les informations contenues dans ce fichier sont:
+  * **label** : Le nom de la configuration
   * **name** : Le nom de l'instrument(comme indiqué dans la BD de ePims),
   * **src** : le chemin d'accès aux répertoires contenant les analyses issues de cet instrument
@@ Line 468: / Line 419: @@
   * **removeFiles** : spécifie si les analyses doivent être supprimées ou non après copies
   * **transfer_mode**:  spécifie le  mode de transfert souhaité par défaut.  Les modes de transfert possibles sont ‘0’ pour la copie depuis les instruments vers le SAN et ‘1’ pour la suppression sur les instruments des analyses déjà sauvegardées. Ces deux dernières propriétés peuvent être modifiées au niveau de l'interface utilisateur d'eP-Back.
+Il est possible de définir plusieurs configurations pour un même instruments, dans le cas, par exemple, ou les analyses sont générées dans plusieurs répertoires sources ...
 Actuellement, les formats de données reconnus par eP-Back sont :
@@ Line 474: / Line 427: @@
   * LTQ / LTQ-FT / OrbiTrap Thermo
   * QTrap 4000 Applied
@@ Line 515: / Line 470: @@
 Pour supprimer le service, exécuter le script ''UninstallApp-NT.bat'' après avoir arrété le service
@@ Line 536: / Line 485: @@
 ''ftp.host'': host du serveur FTP. Celui-ci peut être le même que celui configuré pour eP-Web.
-''ftp.login/ftp.password'' : authentification pour la connexion au serveur FTP. Cet utilisateur peut être un utilisateur spécifique ou un utilisateur enregistré dans la BD de ePims si le serveur FTP est configuré pour utiliser la BD pour l'authentification[[BR]]
+''ftp.login/ftp.password'' : authentification pour la connexion au serveur FTP. Cet utilisateur peut être un utilisateur spécifique ou un utilisateur enregistré dans la BD de ePims si le serveur FTP est configuré pour utiliser la BD pour l'authentification
+\\
   * Fichier ''configuration.xml'' : Gestion des acquisitions
@@ Line 546: / Line 496: @@
 </code>
-. Le ''MessageFilter'' permet de ne considérer que les acquisitions qui nous intéressent. Un ensemble de clé/valeur peut être utilisé pour filtrer les acquisitions. Dans l'exemple si dessous, seuls les acquisitions ayant été réalisées sur un instrument dont le nom commence par //ORBI// seront traitées. L'ensemble des propriétés pouvant être testées est donné en fin de document FIXME a faire !
+. Le ''MessageFilter'' permet de ne considérer que les acquisitions qui nous intéressent. Un ensemble de clé/valeur peut être utilisé pour filtrer les acquisitions. Dans l'exemple si dessous, seuls les acquisitions ayant été réalisées sur un instrument dont le nom commence par //ORBI// seront traitées. L'ensemble des propriétés pouvant être testées est donné en fin de document
 <code>
    <bean id="messageFilter" class="cea.edyp.eptaf.MessageFilter">
@@ Line 566: / Line 516: @@
       <map>
 	 <entry>
-	   <key><value>studyDescriptor.program</value></key>
+	   <key><value>sampleDescriptor.studyDescriptor.program</value></key>
 	   <value>AMT</value>
 	 </entry>
@@ Line 583: / Line 533: @@
   ...
   <property name="destinationPath"><value>d:/VDTEST/AMT</value></property>
-  <property name="folderName"><value>studyDescriptor.nomenclature</value></property>
+  <property name="folderName"><value>sampleDescriptor.studyDescriptor.nomenclature</value></property>
 </code>
@@ Line 590: / Line 540: @@
   wrapper.java.command=C:\Program Files\Java\jdk1.5.0_11\bin\java
+__**Propriétés du message**__
+Un schéma du contenu d'un message est donné ci-dessous. Pour spécifier une propriété il faut donner son chemin depuis l'objet !AcquisitionMessage. Ainsi pour tester le projet de rattachement de l'acquisition il faut spécifier sampleDescriptor.studyDescriptor.project
+{{  .:ept-model.png }}
+Nota : la nature de l'acquisition (AcquisitionDescriptor => Nature dans le schéma ci-dessus) peut avoir les valeurs suivantes :
+  * BLANK
+  * CONTROL_LC
+  * CONTROL_INSTRUMENT
+  * RESEARCH

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