Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- wiki:epims4_0m2:admin:configurationepims [2008/05/29 16:16]
dupierris
+++ wiki:epims4_0m2:admin:configurationepims [2011/04/18 15:57] (current)
132.168.72.130
@@ Line 4: / Line 4: @@
+===== Repository ePims =====
+L'infrastucture ePims s'appuis sur un espace disque où les différentes données (autres que celles enregistrées dans la base de données) sont stockées. L'organisation de cet espace est la suivante :
+  * <PIMS_ROOT>: racine de l'espace réservé au systeme ePims
+    * <PIMS_REPOSITORY_x> : un des répertoires (sous pims_root) contenant les données relatives à l'activité.
+      * <PRG_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative au programme de recherche ''PRG_NOMENCLATURE''
+        * <PROJ1_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative au projet scientifique ''PROJ1_NOMENCLATURE''
+          * <STD_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative à l'étude ''STD_NOMENCLATURE''
+              * **raw** : contient les données brutes générées par les instruments (.raw pour les QTOF par exemple).
+              * **spectra** : contient les spectres processés issus des données brutes (.pkl ou prp par exemple)
+              * **results** : contient les résultats d'analyses expertisés, dans un format libre
+              * **samples** :  contient les informations relatives aux échantillons
+                * **forms**: contient les fiches échantillons fournies pour les échantillons réceptionnés
+                * **scans** : contient des images de gels d'où sont extraits les échantillons.
+                * **annotation** : contient les fichiers permettant d'identifier les différents échantillons extraits d'un gel 2D et de faire correspondre les nomenclatures clients et plate-forme.
+              * **search ** : contient les résultats d'identification bruts tels que produit par le logiciel utilisé.
+              * **analysis_request** : contient les fiches d'analyses reçues dans le cadre de l'étude
+              * **other** : ...
+    * <PIMS_SYSTEM> : répertoire systeme de ePims dans lequel des fichiers de logs (par exemple) sont enregsitrés.
@@ Line 31: / Line 37: @@
       * Data_migration-4.sql
     * **eP-Core/**
-      * eP-Core-3.4.4.jar
+      * eP-Core-3.4.6.jar
       * eP-Core.properties
       * updateJar-Core.bat
@@ Line 60: / Line 66: @@
       * updateEar-ePims.sh
     * eP-Back-1.11.1.zip
-    * eP-TAF-0.1.0.zip
+    * eP-TAF-0.1.1.zip
 Cette arborescence doit être copiée dans un répertoire temporaire d'installation afin de pouvoir modifier certains fichiers de configuration. Tous les chemins et fichiers donnés dans cette page sont relatifs à ce répertoire temporaire d'installation.
@@ Line 70: / Line 77: @@
 Avant de déployer eP-Core, il est nécessaire de le configurer. Modifiez le fichier **eP-Core/**epCore.properties comme indiqué ci-dessous puis exécutez updateJar-Core.bat (ou updateJar-Core.sh sous Linux) qui va mettre à jour le fichier epCore.properties qui se trouve dans la librairie eP-Core-<version>.jar
 ==== Configuration ====
@@ Line 89: / Line 93: @@
 == UNDEF_DIR_NAME ==
 Nom des répertoires, sur l'espace disque de stockage dédié à ePims, qui contient les projets/études n’appartenant pas à un programme/projet.
@@ Line 99: / Line 102: @@
 == PIMS_SHARE ==
-Répertoire contenant les données dites partagées, n’appartenant pas spécifiquement à une étude. On retrouve ici, par exemple, les acquisitions de contrôles réalisées sur les instruments.
+Répertoire, relatifs à PIMS_ROOT, contenant les données dites partagées, n’appartenant pas spécifiquement à une étude. On retrouve ici, par exemple, les acquisitions de contrôles réalisées sur les instruments.
 == PIMS_ARCHIVE ==
@@ Line 118: / Line 121: @@
       PIMS_ROOT=\\\\serveur\\path\\to\\pims\\root
 </code>
@@ Line 136: / Line 137: @@
 La nouvelle configuration devrait être pris en compte.
@@ Line 144: / Line 144: @@
 les modules eP-Web et eP-WebServices sont déployés à partir de de l'application d'entreprise ([[http://java.sun.com/j2ee/1.4/docs/tutorial-update6/doc/Overview5.html|EAR]]) eP-EAR.ear.
 ==== Configuration ====
@@ Line 230: / Line 208: @@
         * Cliquer sur "Add Destination"
         * JMS Destination Type : ''javax.jms.Topic''
-        * Message Destination Name = PhysicalName : ''AcquisitionTopic'' . Faire "next"
+        * //Message Destination Name// ET //PhysicalName// : ''AcquisitionTopic'' . Faire "next"
         * Cliquer sur "Add Destination"
         * JMS Destination Type : ''javax.jms.Queue''
-        * Message Destination Name = PhysicalName : ''ePimsQueue''. Faire "next"
+        * //Message Destination Name// ET //PhysicalName// : ''ePimsQueue''. Faire "next"
      * Cliquer sur "deploy now"
@@ Line 369: / Line 347: @@
  **4** Exécuter ''**eP-EAR/eP-Web/**updateWar-Web.bat'' sous Windows ou ''**eP-EAR/eP-Web/**updateWar-Web.sh'' sous Linux. Le fichier ''**eP-EAR/eP-Web/**eP-Web.war'' sera remplacé par une version contenant les fichiers de configuration modifiés. Il est nécessaire que la variable d'environnement JAVA_HOME soit positionnée.
- **5** Copier le fichier ''**eP-EAR/eP-Web/**eP-Web.war'' sous ePims
+ **5** Copier le fichier ''**eP-EAR/eP-Web/**eP-Web.war'' sous eP-EAR
  **6** Exécuter ''**eP-EAR/eP-WebServices/**updateWar-WS.bat'' sous Windows ou ''**eP-EAR/eP-WebServices/**updateWar-WS.sh'' sous Linux. Le fichier ''**eP-EAR/eP-WebServices/**eP-WebServices.war'' sera remplacé par une version contenant les fichiers de configuration modifiés. Il est nécessaire que la variable d'environnement JAVA_HOME soit positionnée.
- **7** Copier le fichier ''**eP-EAR/eP-WebServices/**eP-WebServices.war'' sous ePims
+ **7** Copier le fichier ''**eP-EAR/eP-WebServices/**eP-WebServices.war'' sous eP-EAR
- **8** Exécuter **eP-EAR/**updateEar-ePims.bat sous Windows ou **eP-EAR/**updateEar-ePims.sh sous Linux. Le fichier ''**eP-EAR/**ePims.ear'' sera remplacé par les nouvelles versions d'eP-Web, eP-WebServices et par les nouveaux fichiers de configuration.
+ **8** Exécuter **eP-EAR/**updateEar-ePims.bat sous Windows ou **eP-EAR/**updateEar-ePims.sh sous Linux. Le fichier ''**eP-EAR/**eP-EAR.ear'' sera remplacé par les nouvelles versions d'eP-Web, eP-WebServices et par les nouveaux fichiers de configuration.
 ==== Déploiement d'ePims ====
@@ Line 386: / Line 364: @@
-===== eP-Back =====
+===== eP-Back =====
 ==== Installation ====
@@ Line 402: / Line 380: @@
 VERSION: fichier d'informations
 </code>
@@ Line 428: / Line 399: @@
 <instruments>
   <instrument>
+    <label>CB501</label>
     <name>CB501</name>
     <src>d:/temp</src>
@@ Line 441: / Line 413: @@
 Les informations contenues dans ce fichier sont:
+  * **label** : Le nom de la configuration
   * **name** : Le nom de l'instrument(comme indiqué dans la BD de ePims),
   * **src** : le chemin d'accès aux répertoires contenant les analyses issues de cet instrument
@@ Line 446: / Line 419: @@
   * **removeFiles** : spécifie si les analyses doivent être supprimées ou non après copies
   * **transfer_mode**:  spécifie le  mode de transfert souhaité par défaut.  Les modes de transfert possibles sont ‘0’ pour la copie depuis les instruments vers le SAN et ‘1’ pour la suppression sur les instruments des analyses déjà sauvegardées. Ces deux dernières propriétés peuvent être modifiées au niveau de l'interface utilisateur d'eP-Back.
+Il est possible de définir plusieurs configurations pour un même instruments, dans le cas, par exemple, ou les analyses sont générées dans plusieurs répertoires sources ...
 Actuellement, les formats de données reconnus par eP-Back sont :
@@ Line 452: / Line 427: @@
   * LTQ / LTQ-FT / OrbiTrap Thermo
   * QTrap 4000 Applied
 ===== eP-TAF =====
 ==== Installation ====
@@ Line 477: / Line 455: @@
-==== Comme application standard ====
+=== Comme application standard ===
 Pour utiliser eP-TAF comme application standard, il suffit d'exécuter le script ''run.bat'', une fois que les configurations nécessaire on été réalisées (cf le chapitre suivant)
-Pour arrêter le service, taper CTRL-C...
+Pour **arrêter** eP-TAF, taper CTRL-C...
-==== Comme Service Windows ====
+=== Comme Service Windows ===
 Une fois que les configurations nécessaire on été réalisées (cf le chapitre suivant), exécuter le script ''InstallApp-NT.bat''. Puis, aller dans le panneau de configuration / Outils Administrateur / Services.
-Démarrer le service ayant le nom //ePims Automatic File Transfer Service// apparait dans la liste.
+Démarrer le service ayant le nom //ePims Automatic File Transfer Service// apparait dans la liste. Vous pouvez arreter et démarrer le service à tout moment par ce biais.
+Pour supprimer le service, exécuter le script ''UninstallApp-NT.bat'' après avoir arrété le service
@@ Line 506: / Line 485: @@
 ''ftp.host'': host du serveur FTP. Celui-ci peut être le même que celui configuré pour eP-Web.
-''ftp.login/ftp.password'' : authentification pour la connexion au serveur FTP. Cet utilisateur peut être un utilisateur spécifique ou un utilisateur enregistré dans la BD de ePims si le serveur FTP est configuré pour utiliser la BD pour l'authentification[[BR]]
+''ftp.login/ftp.password'' : authentification pour la connexion au serveur FTP. Cet utilisateur peut être un utilisateur spécifique ou un utilisateur enregistré dans la BD de ePims si le serveur FTP est configuré pour utiliser la BD pour l'authentification
+\\
   * Fichier ''configuration.xml'' : Gestion des acquisitions
@@ Line 516: / Line 496: @@
 </code>
-. Le ''MessageFilter'' permet de ne considérer que les acquisitions qui nous intéressent. Un ensemble de clé/valeur peut être utilisé pour filtrer les acquisitions. Dans l'exemple si dessous, seuls les acquisitions ayant été réalisées sur un instrument dont le nom commence par //ORBI// seront traitées. L'ensemble des propriétés pouvant être testées est donné en fin de document FIXME a faire !
+. Le ''MessageFilter'' permet de ne considérer que les acquisitions qui nous intéressent. Un ensemble de clé/valeur peut être utilisé pour filtrer les acquisitions. Dans l'exemple si dessous, seuls les acquisitions ayant été réalisées sur un instrument dont le nom commence par //ORBI// seront traitées. L'ensemble des propriétés pouvant être testées est donné en fin de document
 <code>
    <bean id="messageFilter" class="cea.edyp.eptaf.MessageFilter">
@@ Line 522: / Line 502: @@
        <map>
 	  <entry>
-	   <key><value>acquisitionDescriptor.instrument</value></key>
+	   <key><value>acquisitionDescriptor.instrument.name</value></key>
 	   <value>^ORBI</value>
 	  </entry>
@@ Line 530: / Line 510: @@
 </code>
-. Le ''dispatcher'' permet de spécifier où copier les acquisitions qui répondent à certains critères. Las acquisitions considérées ici devront, bien évidement, passer le filter spécifié ci-dessus. Les propriétés spécifiques aux acquisitions sont les même que celles pouvant être utilisées dans le ''MessageFilter''.
+. Le ''dispatcher'' permet de spécifier où copier les acquisitions qui répondent à certains critères. Las acquisitions considérées ici devront, bien évidement, passer le filtre spécifié au niveau du MessageFilter. Les propriétés spécifiques aux acquisitions sont les mêmes que celles pouvant être utilisées dans le ''MessageFilter''.
 <code>
   <bean id="dispatcher" class="cea.edyp.eptaf.FilterDispatcher">
@@ Line 536: / Line 516: @@
       <map>
 	 <entry>
-	   <key><value>studyDescriptor.program</value></key>
+	   <key><value>sampleDescriptor.studyDescriptor.program</value></key>
 	   <value>AMT</value>
 	 </entry>
       </map>
     </property>
     <property name="destinationPath"><value>d:/VDTEST/AMT</value></property>
-    <property name="folderName"><value>studyDescriptor.nomenclature</value></property>
   </bean>
 </code>
-Dans la partie "map", les clés/valeurs spécifiées permettent de sélectionner les acquisitions (en fonction de leur propriété) pour lesquelles le répertoire destination ne sera pas celui par défaut.
+Dans la partie ''map'', les clés/valeurs spécifiées permettent de sélectionner les acquisitions (en fonction de leurs propriétés) pour lesquelles le répertoire destination ne sera pas celui par défaut.
-Le ''destinationPath'' désigne le répertoire où copier les acquisitions. Le ''folderName'' (optionnel) permet de définit un sous répertoire (relatif à destinationPath) qui aura pour valeur (dans l'exemple) le nom de l'étude d'appartenance de l'acquisition. Toute propriété de l'acquisition peut êter utilisée comme nom du sous-répertoire
+Le ''destinationPath'' désigne le répertoire où copier les acquisitions.
+Il est également possible d'ajouter une propriété ''folderName'' permettant de définir un sous répertoire (relatif à destinationPath) qui aura pour valeur (dans l'exemple) le nom de l'étude d'appartenance de l'acquisition. Toute propriété de l'acquisition peut êter utilisée comme nom du sous-répertoire. POur pouvoir utiliser cette fionctionnalité, il faut spécifier "cea.edyp.eptaf.DynamicDispatcher" comme ''class'' du dispatcher (et non pas "cea.edyp.eptaf.FilterDispatcher" référençant les dispatcher //classique//).
+<code>
+  ...
+  <property name="destinationPath"><value>d:/VDTEST/AMT</value></property>
+  <property name="folderName"><value>sampleDescriptor.studyDescriptor.nomenclature</value></property>
+</code>
   * Fichier ''wrapper.conf''. Seul le chemin vers **l'exécutable java** est à configurer :
@@ Line 554: / Line 540: @@
   wrapper.java.command=C:\Program Files\Java\jdk1.5.0_11\bin\java
+__**Propriétés du message**__
+Un schéma du contenu d'un message est donné ci-dessous. Pour spécifier une propriété il faut donner son chemin depuis l'objet !AcquisitionMessage. Ainsi pour tester le projet de rattachement de l'acquisition il faut spécifier sampleDescriptor.studyDescriptor.project
+{{  .:ept-model.png }}
+Nota : la nature de l'acquisition (AcquisitionDescriptor => Nature dans le schéma ci-dessus) peut avoir les valeurs suivantes :
+  * BLANK
+  * CONTROL_LC
+  * CONTROL_INSTRUMENT
+  * RESEARCH

ePims

User Tools

Site Tools

Differences

Page Tools