wiki:epims4_0m2:admin:4800applied
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wiki:epims4_0m2:admin:4800applied [2008/06/13 11:10] barthe |
wiki:epims4_0m2:admin:4800applied [2008/10/02 10:21] (current) |
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|---|---|---|---|
| Line 13: | Line 13: | ||
| ===== Les différents composants et logiciels de la problématique ===== | ===== Les différents composants et logiciels de la problématique ===== | ||
| + | |||
| ==== La base de données (Oracle) ==== | ==== La base de données (Oracle) ==== | ||
| Line 21: | Line 22: | ||
| Les bases contenues sur le serveur présent sur la machine de l'applied à la plateforme du CHU de Grenoble sont : | Les bases contenues sur le serveur présent sur la machine de l'applied à la plateforme du CHU de Grenoble sont : | ||
| - | {{wiki:epims4_0m2:admin:oracle-db.jpg|}} | + | {{wiki:epims4_0m2:admin:oracle-db.jpg}} |
| A voir si le cas est identique sur les autres installations de l'applied? | A voir si le cas est identique sur les autres installations de l'applied? | ||
| Line 30: | Line 32: | ||
| === Schémas === | === Schémas === | ||
| + | |||
| + | {{wiki:epims4_0m2:admin:schema_db_tsquared.png?510x485}} | ||
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| + | (cliquer pour voir le schéma dans sa taille originel) | ||
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| Liste des tables des bases CIB-MS4800, TSQUARED et probablement WALLACEDB | Liste des tables des bases CIB-MS4800, TSQUARED et probablement WALLACEDB | ||
| <code> | <code> | ||
| Line 222: | Line 229: | ||
| * Spectre MS : **/!\A Chercher** | * Spectre MS : **/!\A Chercher** | ||
| * Spectre MS/MS : 1008_MSMS_1075.5363_6.t2d + un fichier .cal au nom identique (avec rajout de "-1" à la fin) => [spot_label]_[analysis_type]_[precursor_mass]_[un_chiffre].t2d | * Spectre MS/MS : 1008_MSMS_1075.5363_6.t2d + un fichier .cal au nom identique (avec rajout de "-1" à la fin) => [spot_label]_[analysis_type]_[precursor_mass]_[un_chiffre].t2d | ||
| + | |||
| Line 230: | Line 238: | ||
| Les spotset contiennent des informations sur l'ensemble des analyses effectuées sur chaque spot. Ces informations peuvent être extraites de 2 façons différentes : | Les spotset contiennent des informations sur l'ensemble des analyses effectuées sur chaque spot. Ces informations peuvent être extraites de 2 façons différentes : | ||
| - | **1.** Dans le 4000SE : Exporter un fichier XML contenant la description complète du **SpotSet**. (méthode d'export : File -> Database export -> Add -> Spotset -> Choisir le Spotset voulu). Ce fichier XML contient les informations suivantes (entres beaucoup d'autres) : | + | **1.** Dans le 4000SE : Exporter un fichier XML contenant la description complète du **SpotSet**. (méthode d'export : File -> Database export -> Add -> Spotset -> Choisir le Spotset voulu). Ce fichier XML contient les informations suivantes (entres beaucoup d'autres) : |
| * Une liste des run effectués sur ce spotset (**JobRun**). Dans chaque run : | * Une liste des run effectués sur ce spotset (**JobRun**). Dans chaque run : | ||
| * un //id// | * un //id// | ||
| Line 255: | Line 263: | ||
| * l'état d'une possible interprétation : //interpStatus// (code) et //interpStatusText//. Valeurs : 2 et SKIPPED pour les acquisition MS/MS. 10 et OK ou 14 et OK JW pour les acquisitions MS. | * l'état d'une possible interprétation : //interpStatus// (code) et //interpStatusText//. Valeurs : 2 et SKIPPED pour les acquisition MS/MS. 10 et OK ou 14 et OK JW pour les acquisitions MS. | ||
| * //numSpectrums// : signification? Valeur : 1 pour tout le monde. | * //numSpectrums// : signification? Valeur : 1 pour tout le monde. | ||
| - | * une indication sur le fichier de données : //dataFilePath//. Valeur : [chiffre_hexadecimal].T2D, exemple : f67e11.T2D. | + | * une indication sur le fichier de données (correspond au champ DATAFILE_PATHNAME de la table JOB_RUN_ITEM) : //dataFilePath//. Valeur : [chiffre_hexadecimal].T2D, exemple : f67e11.T2D. |
| * Type du spot : //spotType//. Valeurs : L pour les spots de calibration. U pour tout les autres. | * Type du spot : //spotType//. Valeurs : L pour les spots de calibration. U pour tout les autres. | ||
| * type de l'acquisition : //acqType//. Valeurs : 2 pour les acquisitions MS. 4 pour les MS/MS. | * type de l'acquisition : //acqType//. Valeurs : 2 pour les acquisitions MS. 4 pour les MS/MS. | ||
| Line 269: | Line 277: | ||
| * commentaires : //comment// | * commentaires : //comment// | ||
| - | **2.** Dans la base de données : à partir de la table XXX (?) | + | \\ **Nota :** 1/ Les balises sont données en **gras**. Les attributs sont donné en //italique//. 2/ Les valeurs donnée en exemple ne représente que celles trouvés dans les données à notre dispositions. |
| - | \\ **Nota :** | + | |
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| + | **2.** Dans la base de données : à partir de la table XXX (?) | ||
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| - | * Les balises sont données en **gras**. Les attributs sont donné en //italique//. | ||
| - | * Les valeurs donnée en exemple ne représente que celles trouvés dans les exemples à notre dispositions. | ||
| ==== Description des Méthodes ==== | ==== Description des Méthodes ==== | ||
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| + | ===== Installation base oracle test ===== | ||
| + | [[wiki:baseTest |installation]] | ||
wiki/epims4_0m2/admin/4800applied.1213348241.txt.gz · Last modified: 2008/09/24 15:35 (external edit)
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