wiki:epims4_0m2:admin:4800applied
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wiki:epims4_0m2:admin:4800applied [2008/06/13 10:51] barthe |
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|---|---|---|---|
| Line 11: | Line 11: | ||
| - | ===== Les différents composants et logiciels de l'environnement ===== | + | |
| + | ===== Les différents composants et logiciels de la problématique ===== | ||
| ==== La base de données (Oracle) ==== | ==== La base de données (Oracle) ==== | ||
| Line 20: | Line 22: | ||
| Les bases contenues sur le serveur présent sur la machine de l'applied à la plateforme du CHU de Grenoble sont : | Les bases contenues sur le serveur présent sur la machine de l'applied à la plateforme du CHU de Grenoble sont : | ||
| - | {{wiki:epims4_0m2:admin:oracle-db.jpg|}} | + | {{wiki:epims4_0m2:admin:oracle-db.jpg}} |
| A voir si le cas est identique sur les autres installations de l'applied? | A voir si le cas est identique sur les autres installations de l'applied? | ||
| Line 29: | Line 32: | ||
| === Schémas === | === Schémas === | ||
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| + | {{wiki:epims4_0m2:admin:schema_db_tsquared.png?510x485}} | ||
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| + | (cliquer pour voir le schéma dans sa taille originel) | ||
| + | |||
| Liste des tables des bases CIB-MS4800, TSQUARED et probablement WALLACEDB | Liste des tables des bases CIB-MS4800, TSQUARED et probablement WALLACEDB | ||
| <code> | <code> | ||
| Line 221: | Line 229: | ||
| * Spectre MS : **/!\A Chercher** | * Spectre MS : **/!\A Chercher** | ||
| * Spectre MS/MS : 1008_MSMS_1075.5363_6.t2d + un fichier .cal au nom identique (avec rajout de "-1" à la fin) => [spot_label]_[analysis_type]_[precursor_mass]_[un_chiffre].t2d | * Spectre MS/MS : 1008_MSMS_1075.5363_6.t2d + un fichier .cal au nom identique (avec rajout de "-1" à la fin) => [spot_label]_[analysis_type]_[precursor_mass]_[un_chiffre].t2d | ||
| + | |||
| + | |||
| Line 228: | Line 238: | ||
| Les spotset contiennent des informations sur l'ensemble des analyses effectuées sur chaque spot. Ces informations peuvent être extraites de 2 façons différentes : | Les spotset contiennent des informations sur l'ensemble des analyses effectuées sur chaque spot. Ces informations peuvent être extraites de 2 façons différentes : | ||
| - | - Dans le 4000SE : Exporter un fichier XML contenant la description complète du **SpotSet**. (méthode d'export : File -> Database export -> Add -> Spotset -> Choisir le Spotset voulu). Ce fichier XML contient les informations suivantes (entres beaucoup d'autres) : | + | **1.** Dans le 4000SE : Exporter un fichier XML contenant la description complète du **SpotSet**. (méthode d'export : File -> Database export -> Add -> Spotset -> Choisir le Spotset voulu). Ce fichier XML contient les informations suivantes (entres beaucoup d'autres) : |
| - | + | * Une liste des run effectués sur ce spotset (**JobRun**). Dans chaque run : | |
| - | * Une liste des run effectués sur ce spotset (**JobRun**). Dans chaque run : | + | |
| - | * un //id// | + | |
| - | * le job sur lequel il à été effectué : //jobId// | + | |
| - | * numéro du run (1er run du spotset : 1; 2e run : 2; etc...) : //jobRunNumber// | + | |
| - | * méthode d'interprétation pour les run MS : //jobWideInterpretMethod// | + | |
| - | * Une description de la plaque : **SpottedPlate**. Contenant : | + | |
| - | * l' //id// de la plaque | + | |
| - | * le nom de la plaque : //name// | + | |
| - | * tout les spots : **Spot**. Les 1ers sont dédiés aux spot de calibration. Un spot contient : | + | |
| * un //id// | * un //id// | ||
| - | * un //label// | + | * le job sur lequel il à été effectué : //jobId// |
| - | * un nom : //name// | + | * numéro du run (1er run du spotset : 1; 2e run : 2; etc...) : //jobRunNumber// |
| - | * type du spot : //spotType//. Valeurs : L pour les spots de calibration. U pour tout les autres. | + | * méthode d'interprétation pour les run MS : //jobWideInterpretMethod// |
| - | * spot d'alignement ou pas? : //isAlignSpot//. Valeur Y pour les spots d'alignement. N pour tout les autres. | + | * Une description de la plaque : **SpottedPlate**. Contenant : |
| - | * le temps de rétention LC : //retentionTime// | + | * l' //id// de la plaque |
| - | * le numéro de la fraction LC : //fractionNumber// | + | * le nom de la plaque : //name// |
| - | * il peut contenir aussi un ou plusieurs **JobRunItem** qui représente les acquisitions faites sur ce spot lors des différents runs. Un JobRunItem contient : | + | * tout les spots : **Spot**. Les 1ers sont dédiés aux spot de calibration. Un spot contient : |
| * un //id// | * un //id// | ||
| - | * le JobRun auquel il se rapporte (voir plus haut) : //jobRunID//. | + | * un //label// |
| - | * un //jobItemId// (unique, pas trouvé à quoi il se rapporte) | + | * un nom : //name// |
| - | * le statut de l'acquisition : //acqStatus// (code) et //acqStatusText//. Valeurs : 10 et OK pour tous. | + | * type du spot : //spotType//. Valeurs : L pour les spots de calibration. U pour tout les autres. |
| - | * le statut du processing : //procStatus// (code) et //procStatusText//. Valeurs : 10 et OK pour tous. | + | * spot d'alignement ou pas? : //isAlignSpot//. Valeur Y pour les spots d'alignement. N pour tout les autres. |
| - | * l'état d'une possible interprétation : //interpStatus// (code) et //interpStatusText//. Valeurs : 2 et SKIPPED pour les acquisition MS/MS. 10 et OK ou 14 et OK JW pour les acquisitions MS. | + | * le temps de rétention LC : //retentionTime// |
| - | * //numSpectrums// : signification? Valeur : 1 pour tout le monde. | + | * le numéro de la fraction LC : //fractionNumber// |
| - | * une indication sur le fichier de données : //dataFilePath//. Valeur : [chiffre_hexadecimal].T2D, exemple : f67e11.T2D. | + | * il peut contenir aussi un ou plusieurs **JobRunItem** qui représente les acquisitions faites sur ce spot lors des différents runs. Un JobRunItem contient : |
| - | * Type du spot : //spotType//. Valeurs : L pour les spots de calibration. U pour tout les autres. | + | * un //id// |
| - | * type de l'acquisition : //acqType//. Valeurs : 2 pour les acquisitions MS. 4 pour les MS/MS. | + | * le JobRun auquel il se rapporte (voir plus haut) : //jobRunID//. |
| - | * masse du précurseur : //precursorMass//. Valeurs : 0 pour les acquisitions MS. Un flottant avec un nombre variable de chiffres après la virgule pour les MS/MS. | + | * un //jobItemId// (unique, pas trouvé à quoi il se rapporte) |
| - | * //operatingModeID// : signification? Peut-être à voir avec la méthode d'acquisition, à creuser. | + | * le statut de l'acquisition : //acqStatus// (code) et //acqStatusText//. Valeurs : 10 et OK pour tous. |
| - | * id du jobRun de l'acquisition parente : //interpParentJobRunID// | + | * le statut du processing : //procStatus// (code) et //procStatusText//. Valeurs : 10 et OK pour tous. |
| - | * id de l'acquisition parente : //interpParentJobRunItemID// | + | * l'état d'une possible interprétation : //interpStatus// (code) et //interpStatusText//. Valeurs : 2 et SKIPPED pour les acquisition MS/MS. 10 et OK ou 14 et OK JW pour les acquisitions MS. |
| - | * id de la peak list parente : //interpParentPeakListID// | + | * //numSpectrums// : signification? Valeur : 1 pour tout le monde. |
| - | * méthode d'acquisition utilisée : //acqMethodId// & //acqMethodName// (A noter : le nom porte toujours un "\" devant) | + | * une indication sur le fichier de données (correspond au champ DATAFILE_PATHNAME de la table JOB_RUN_ITEM) : //dataFilePath//. Valeur : [chiffre_hexadecimal].T2D, exemple : f67e11.T2D. |
| - | * méthode de processing utilisée : //procMethodId// & //procMethodName// (A noter : le nom porte toujours un "\" devant) | + | * Type du spot : //spotType//. Valeurs : L pour les spots de calibration. U pour tout les autres. |
| - | * méthode d'interprétation utilisée : //interpMethodId// & //interpMethodName//. Attribut inexistant pour les acquisition MS/MS. | + | * type de l'acquisition : //acqType//. Valeurs : 2 pour les acquisitions MS. 4 pour les MS/MS. |
| - | * doMethods : signification? Valeur : AP pour tout le monde. | + | * masse du précurseur : //precursorMass//. Valeurs : 0 pour les acquisitions MS. Un flottant avec un nombre variable de chiffres après la virgule pour les MS/MS. |
| - | * commentaires : //comment// | + | * //operatingModeID// : signification? Peut-être à voir avec la méthode d'acquisition, à creuser. |
| + | * id du jobRun de l'acquisition parente : //interpParentJobRunID// | ||
| + | * id de l'acquisition parente : //interpParentJobRunItemID// | ||
| + | * id de la peak list parente : //interpParentPeakListID// | ||
| + | * méthode d'acquisition utilisée : //acqMethodId// & //acqMethodName// (A noter : le nom porte toujours un "\" devant) | ||
| + | * méthode de processing utilisée : //procMethodId// & //procMethodName// (A noter : le nom porte toujours un "\" devant) | ||
| + | * méthode d'interprétation utilisée : //interpMethodId// & //interpMethodName//. Attribut inexistant pour les acquisition MS/MS. | ||
| + | * doMethods : signification? Valeur : AP pour tout le monde. | ||
| + | * commentaires : //comment// | ||
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| + | \\ **Nota :** 1/ Les balises sont données en **gras**. Les attributs sont donné en //italique//. 2/ Les valeurs donnée en exemple ne représente que celles trouvés dans les données à notre dispositions. | ||
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| + | **2.** Dans la base de données : à partir de la table XXX (?) | ||
| - | \\ **Nota :** | ||
| - | * Les balises sont données en **gras**. Les attributs sont donné en //italique//. | ||
| - | * Les valeurs donnée en exemple ne représente que celles trouvés dans les exemples à notre dispositions. | ||
| ==== Description des Méthodes ==== | ==== Description des Méthodes ==== | ||
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| + | ===== Installation base oracle test ===== | ||
| + | [[wiki:baseTest |installation]] | ||
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