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--- wiki:epims4_0m2:admin:4800applied [2008/06/13 10:01]
barthe
+++ wiki:epims4_0m2:admin:4800applied [2008/10/02 10:21] (current)
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-===== Les différents composants et logiciels de l'environnement =====
+===== Les différents composants et logiciels de la problématique =====
 ==== La base de données (Oracle) ====
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 Les bases contenues sur le serveur présent sur la machine de l'applied à la plateforme du CHU de Grenoble sont :
-{{wiki:epims4_0m2:admin:oracle-db.jpg|}}
+{{wiki:epims4_0m2:admin:oracle-db.jpg}}
 A voir si le cas est identique sur les autres installations de l'applied?
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 === Schémas ===
+{{wiki:epims4_0m2:admin:schema_db_tsquared.png?510x485}}
+(cliquer pour voir le schéma dans sa taille originel)
 Liste des tables des bases CIB-MS4800, TSQUARED et probablement WALLACEDB
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-==== Fichiers de spectres (.T2D) ¶ ====
+==== Fichiers de spectres (.T2D) ====
 plusieurs possibilités existent pour les extraire de la base de données.
-  - Utiliser le logiciel T2D Extractor (T2DE) en stand-alone : les utilisateurs extraient "manuellement" l'ensemble des spectres d'un spotset choisi.
+  - Utiliser T2DE en stand-alone : les utilisateurs extraient "manuellement" l'ensemble des spectres d'un spotset choisi.
   - Intégrer la logique de T2DE dans eP-Back : extraction automatique des T2D de la base pour les spotset choisi.
-  - Utiliser le logiciel de pilotage du 4800 (4000SE) : export manuel des T2D associés à chaque acquisition (sélection et export de masse possible)
+  - Utiliser 4000SE : export manuel des T2D associés à chaque acquisition (sélection et export de masse possible)
 Afin de faire le lien avec le reste des données il faudra selon la méthode d'extraction choisi :
   - (T2DE stand-alone) se baser sur le nom du fichier et/ou sur le nom du répertoire de stockage des fichiers. T2DE créé, dans le dossier spécifié //spectra_dest_dir//dans le fichier de configuration t2de.ini, une arborescence commençant par le nom du spotset choisi. Les .T2D se trouvent sous les dossiers :
-    * [spectra_dest_dir]%%/[%%spotset_name]/spectra/MS/T2D
+    * [spectra_dest_dir]/[spotset_name]/spectra/MS/T2D
-    * [spectra_dest_dir]%%/[%%spotset_name]/spectra/MSMS/T2D
+    * [spectra_dest_dir]/[spotset_name]/spectra/MSMS/T2D
   * Les fichiers sont nommé de la façon suivante :
-    * Spectre MS : Fa_20080603-Well_A1_27340_1811305.t2d => [spotset_name]-Well%%_[%%spot_label]%%_[%%job_id]%%_[%%job_item_id].t2d
+    * Spectre MS : Fa_20080603-Well_A1_27340_1811305.t2d => [spotset_name]-Well_[spot_label]_[job_id]_[job_item_id].t2d
-    * Spectre MS/MS : Fa_20080603-Well_A1_524,13_27342_1811316.t2d => [spotset_name]-Well%%_[%%spot_label]%%_[%%precursor_mass]%%_[%%job_id]%%_[%%job_item_id].t2d
+    * Spectre MS/MS : Fa_20080603-Well_A1_524,13_27342_1811316.t2d => [spotset_name]-Well_[spot_label]_[precursor_mass]_[job_id]_[job_item_id].t2d
   - (T2DE intégré a eP-back) se baser sur le choix du spotset de l'utilisateur et aller rechercher dans la base les T2D. **/!\A compléter (schéma de la base etc...)**
-  - (4000SE) Sur le nom du fichier et/ou sur le nom du répertoire de stockage des fichiers. 4000SE extrait les T2D dans un chemin à la racine de l'application. Chemin correspondant au chemin spécifié dans l'application. Exemple : [4000SE_home]/Morgane/test methodes%%/[%%spotset_name]
+  - (4000SE) Sur le nom du fichier et/ou sur le nom du répertoire de stockage des fichiers. 4000SE extrait les T2D dans un chemin à la racine de l'application. Chemin correspondant au chemin spécifié dans l'application. Exemple : [4000SE_home]/Morgane/test methodes/[spotset_name]
   * Les fichiers sont nommé de la façon suivante :
     * Spectre MS : **/!\A Chercher**
-    * Spectre MS/MS :1008_MSMS_1075.5363_6.t2d + un fichier .cal au nom identique (avec rajout de "-1" à la fin) => [spot_label]%%_[%%analysis_type]%%_[%%precursor_mass]%%_[%%un_chiffre].t2d
+    * Spectre MS/MS : 1008_MSMS_1075.5363_6.t2d + un fichier .cal au nom identique (avec rajout de "-1" à la fin) =>  [spot_label]_[analysis_type]_[precursor_mass]_[un_chiffre].t2d
-==== Description des Spotset ¶ ====
-Les spotset contiennent des informations sur l'ensemble des analyses effectuées sur chaque spot. Ces informations peuvent être extraites de 2 façons différentes :
-  - Dans le 4000SE : Exporter un fichier XML contenant la description complète du **SpotSet**. (méthode d'export : File -> Database export -> Add -> Spotset -> Choisir le Spotset voulu). Ce fichier XML contient les informations suivantes (entres beaucoup d'autres) :
-  * Une liste des run effectués sur ce spotset (**JobRun**). Dans chaque run :
+==== Description des Spotset ====
-    * un //id//
-    * le job sur lequel il à été effectué : //jobId//
+Les spotset contiennent des informations sur l'ensemble des analyses effectuées sur chaque spot. Ces informations peuvent être extraites de 2 façons différentes :
-    * numéro du run (1er run du spotset : 1; 2e run : 2; etc...) : //jobRunNumber//
-    * méthode d'interprétation pour les run MS : //jobWideInterpretMethod//
+ **1.** Dans le 4000SE : Exporter un fichier XML contenant la description complète du **SpotSet**. (méthode d'export : File -> Database export -> Add -> Spotset -> Choisir le Spotset voulu). Ce fichier XML contient les informations suivantes (entres beaucoup d'autres) :
-  * Une description de la plaque : **SpottedPlate**. Contenant :
+    * Une liste des run effectués sur ce spotset (**JobRun**). Dans chaque run :
-    * l' //id// de la plaque
-    * le nom de la plaque : //name//
-    * tout les spots : **Spot**. Les 1ers sont dédiés aux spot de calibration. Un spot contient :
       * un //id//
-      * un //label//
+      * le job sur lequel il à été effectué : //jobId//
-      * un nom : //name//
+      * numéro du run (1er run du spotset : 1; 2e run : 2; etc...) : //jobRunNumber//
-      * type du spot : //spotType//. Valeurs : L pour les spots de calibration. U pour tout les autres.
+      * méthode d'interprétation pour les run MS : //jobWideInterpretMethod//
-      * spot d'alignement ou pas? : //isAlignSpot//. Valeur Y pour les spots d'alignement. N pour tout les autres.
+    * Une description de la plaque : **SpottedPlate**. Contenant :
-      * le temps de rétention LC : //retentionTime//
+      * l' //id// de la plaque
-      * le numéro de la fraction LC : //fractionNumber//
+      * le nom de la plaque : //name//
-      * il peut contenir aussi un ou plusieurs **JobRunItem** qui représente les acquisitions faites sur ce spot lors des différents runs. Un JobRunItem contient :
+      * tout les spots : **Spot**. Les 1ers sont dédiés aux spot de calibration. Un spot contient :
         * un //id//
-        * le JobRun auquel il se rapporte (voir plus haut) : //jobRunID//.
+        * un //label//
-        * un //jobItemId// (unique, pas trouvé à quoi il se rapporte)
+        * un nom : //name//
-        * le statut de l'acquisition : //acqStatus// (code) et //acqStatusText//. Valeurs : 10 et OK pour tous.
+        * type du spot : //spotType//. Valeurs : L pour les spots de calibration. U pour tout les autres.
-        * le statut du processing : //procStatus// (code) et //procStatusText//. Valeurs : 10 et OK pour tous.
+        * spot d'alignement ou pas? : //isAlignSpot//. Valeur Y pour les spots d'alignement. N pour tout les autres.
-        * l'état d'une possible interprétation : //interpStatus// (code) et //interpStatusText//. Valeurs : 2 et SKIPPED pour les acquisition MS/MS. 10 et OK ou 14 et OK JW pour les acquisitions MS.
+        * le temps de rétention LC : //retentionTime//
-        * //numSpectrums// : signification? Valeur : 1 pour tout le monde.
+        * le numéro de la fraction LC : //fractionNumber//
-        * une indication sur le fichier de données : //dataFilePath//. Valeur : [chiffre_hexadecimal].T2D, exemple : f67e11.T2D.
+        * il peut contenir aussi un ou plusieurs **JobRunItem** qui représente les acquisitions faites sur ce spot lors des différents runs. Un JobRunItem contient :
-        * Type du spot : //spotType//. Valeurs : L pour les spots de calibration. U pour tout les autres.
+          * un //id//
-        * type de l'acquisition : //acqType//. Valeurs : 2 pour les acquisitions MS. 4 pour les MS/MS.
+          * le JobRun auquel il se rapporte (voir plus haut) : //jobRunID//.
-        * masse du précurseur : //precursorMass//. Valeurs : 0 pour les acquisitions MS. Un flottant avec un nombre variable de chiffres après la virgule pour les MS/MS.
+          * un //jobItemId// (unique, pas trouvé à quoi il se rapporte)
-        * //operatingModeID// : signification? Peut-être à voir avec la méthode d'acquisition, à creuser.
+          * le statut de l'acquisition : //acqStatus// (code) et //acqStatusText//. Valeurs : 10 et OK pour tous.
-        * id du jobRun de l'acquisition parente : //interpParentJobRunID//
+          * le statut du processing : //procStatus// (code) et //procStatusText//. Valeurs : 10 et OK pour tous.
-        * id de l'acquisition parente : //interpParentJobRunItemID//
+          * l'état d'une possible interprétation : //interpStatus// (code) et //interpStatusText//. Valeurs : 2 et SKIPPED pour les acquisition MS/MS. 10 et OK ou 14 et OK JW pour les acquisitions MS.
-        * id de la peak list parente : //interpParentPeakListID//
+          * //numSpectrums// : signification? Valeur : 1 pour tout le monde.
-        * méthode d'acquisition utilisée : //acqMethodId// & //acqMethodName// (A noter : le nom porte toujours un "\" devant)
+          * une indication sur le fichier de données (correspond au champ DATAFILE_PATHNAME de la table JOB_RUN_ITEM) : //dataFilePath//. Valeur : [chiffre_hexadecimal].T2D, exemple : f67e11.T2D.
-        * méthode de processing utilisée : //procMethodId// & //procMethodName// (A noter : le nom porte toujours un "\" devant)
+          * Type du spot : //spotType//. Valeurs : L pour les spots de calibration. U pour tout les autres.
-        * méthode d'interprétation utilisée : //interpMethodId// & //interpMethodName//. Attribut inexistant pour les acquisition MS/MS.
+          * type de l'acquisition : //acqType//. Valeurs : 2 pour les acquisitions MS. 4 pour les MS/MS.
-        * doMethods : signification? Valeur : AP pour tout le monde.
+          * masse du précurseur : //precursorMass//. Valeurs : 0 pour les acquisitions MS. Un flottant avec un nombre variable de chiffres après la virgule pour les MS/MS.
-        * commentaires : //comment//
+          * //operatingModeID// : signification? Peut-être à voir avec la méthode d'acquisition, à creuser.
+          * id du jobRun de l'acquisition parente : //interpParentJobRunID//
+          * id de l'acquisition parente : //interpParentJobRunItemID//
+          * id de la peak list parente : //interpParentPeakListID//
+          * méthode d'acquisition utilisée : //acqMethodId// & //acqMethodName// (A noter : le nom porte toujours un "\" devant)
+          * méthode de processing utilisée : //procMethodId// & //procMethodName// (A noter : le nom porte toujours un "\" devant)
+          * méthode d'interprétation utilisée : //interpMethodId// & //interpMethodName//. Attribut inexistant pour les acquisition MS/MS.
+          * doMethods : signification? Valeur : AP pour tout le monde.
+          * commentaires : //comment//
+\\ **Nota :** 1/ Les balises sont données en **gras**. Les attributs sont donné en //italique//. 2/ Les valeurs donnée en exemple ne représente que celles trouvés dans les données à notre dispositions.
+ **2.** Dans la base de données : à partir de la table XXX (?)
+==== Description des Méthodes ====
-\\ **Nota :**
-  * Les balises sont données en **gras**. Les attributs sont donné en //italique//.
-  * Les valeurs donnée en exemple ne représente que celles trouvés dans les exemples à notre dispositions.
-\\
+===== Installation base oracle test =====
+[[wiki:baseTest |installation]]

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