Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- wiki:epims4_0m1:user:epwebprocess [2008/06/13 09:44]
dupierris created
+++ wiki:epims4_0m1:user:epwebprocess [2008/10/02 10:21] (current)
@@ Line 3: / Line 3: @@
 === Introduction ===
-Dans ce document nous décrivons l'organisation du système et de l'IHM autour des process subis par le  échantillons et les protocoles utilisés pour ces process.
+Mise en place de la gestion et de l'organisation du système autour des process subis par le  échantillons et les protocoles utilisés pour ces process. Voir le trac pour les spécifications en cours - [[https://www.grenoble.prabi.fr/trac/ePims/wiki/BlocNotes|Spécifications en cours]]- \\
-L'objectif est de connaître, pour un échantillon donné, l'ensemble et la chronologie des process qu'il a subi. Dans cette perspective, il semble logique que tout traitement rentre sous cette notion de process.
+L'objectif est de connaître, pour un échantillon donné, l'ensemble des process qu'il a subi et plus particulèrement la dernière étape atteinte.
-__**Remarque**__ : Actuellement, la partie protocole n'est pas fonctionnelle, nous discuterons donc uniquement de process
+Par process, on entend l'ensemble des traitements, ordonnés chronologiquement, subis par l'échantillon. Pour chacunes des étapes, on retrouve au minimum la date de réalisation, la personne qui l'a réalisé et un nom d'identification. Ces traitements comprennent donc
+    * les acquisitions
+    * les runs robot
+Mais aussi (bientôt ! ):
+    * Tout type de séparation
+    * les préparations au sens large mais qui pourra ensuite être précisé. (à faire)
+    * les mixs
-=== Traitements subis par l'échantillon. ===
+L'utilisateur retrouve également sous cette notion les demandes de passage au robot ou en masse. Même si ces états ne sont pas persistantes, elles représentent une étape dans laquelle peut être un échantillon à un moment donné.
-A chaque échantillon est donc associé un ensemble de traitements ordonnés chronologiquement. Pour chacunes des étapes on renseigne les informations générales suivantes :
- La date du traitement, la personne qui l'a réalisé, l'index (le rang) dans l'ensemble des process, [le protocole qui a été suivi ainsi que les éventuelles modifications faites à ce protocole.]
-Afin d'avoir par ce biais, l'ensemble des traitements subis par l'échantillon au cours de sa vie, il faut intégrer sous la notion de process les données suivantes :
+=== Visualisation ===
-    * Tout type de séparation
+Dans la page spécifique à une étude, il est possible de visualiser les échantillons organisés en fonction du dernier process qu'ils ont subi.
-    * Run robot
-    * Préparation au sens large mais qui pourra ensuite être précisé.
+{{.:epw_study_process.png|}}
+Dans cette vue on a la liste (horizontalement en haut) de toutes les étapes (types de process, demande d'acquisition et demande robot) définies auniveau du système. Actuellement les étapes de mix / séparation et préparation ne sont pas pris en compte.
+Sous cette liste on a :
+  * Un tableau de tous les échantillons qui viennent de subir l'étape sélectionnée avec quelques informations sur l'échantillon et la description complète du process/demande. Par exemple:
+    * Colonnes communes
+      * infos échantillon : nom [nom original]
+      * date process.
+      * description relative au process
+    * Requête Robot
+      * volume de trypsine
+      * qtt protéine
+      * load count
+      * type de séparation
+      * nom de la plaque à laquelle l'échantillon est assigné
+    * Run Robot
+      * nom plaque sur laquelle l'échantillon a été préparé. FIXME à vérifier !
+    * Requête Masse
+      * type d'instrument
+      * nombre d'injection
     * Acquisition
-    * Mix
+      * nom du process (donc de l'acquisition)
+      * instrupment utilisé
+      * durée d'acquisition
+=== Modification de l'étape ===
+La modification de l'étape correspond soit :
+  - à l'ajout d'un process ou d'une demande
+  - à la suppression d'une demande (reviens à l'état précédent)
+== Sélection ==
+Dans tous les cas, pour changer manuellement la dernière étape associée à des échantillons, il faut **sélectionner** les échantillons concernés dans le tableau et **cliquer** sur l'icône {{.:epw_select_samples.png}} afin de les ajouter à la sélection finale dans la partie droite de la page (cf illustration ci-dessous).\\
+Il est possible de parcourir plusieurs pages du tableau afin de créer la sélection mais les échantillons ne peuvent pas être issus de différentes étapes. En effet, les changements d'étapes sont soumis à des vérifications qui deviennent complexes si les échantillons ne sont pas dans un même //état.//
+{{.:epw_study_process_selection.png|}}
+== Règles et actions ==
+  - Lorsque des échantillons sont en attente de passage en masse (''Requête Masse'') ou de passage sur le robot de préparation (''Requête Robot''), la seule action (manuelle) possible est de les supprimer de la demande. Pour cela, sélectionner les échantillons (cf. chapitre prcédent) et cliquer sur ''Supp. de la demande''.
+  - Le changement de ''Requête Masse'' en ''Masse'' se fait automatiquement lors du transfert (ou plus précisément de l'enregistrement) de l'acquisition correspond à l'échantillon.
+  - Le changement de ''Requête Robot'' en ''Run Robot'' se fait automatiquement lors de la validation de la plaque robot contenant l'échantillon concerné.
+  - La demande en masse ou en robot est décrite ci-dessous :
+    * sélecionner les échantillons concernés (cf. chapitre précédent)
+    * cliquer sur ''Changer étape'', une nouvelle fenêtre apparait (voir ci-dessous).
+    * dans le menu déroulant en en-tête, sélectionner l'étape à définir. Actuellement seul les ''Requête Masse'' et ''Requête Robot'' sont fonctionnelles.
+    * Il est possible (mais pas obligatoire) d'utiliser le template. Pour cela il faut saisir les paramètres communs dans la partie haute de la fenêtre et cliquer sur ''Appliquer''.
+    * Les valeurs pour chaque échantillon sont à saisir (ou peuvent être modifiées dans le cas de l'utilisation du template) dans le tableau du bas. Une fois que les valeurs correctes, valider en cliquant sur ''Appliquer''.
+    * La vue Process de l'étude est de nouveau affichée et les échantillons ont été déplacés dans le tableau correspondant au nouveau process.
+{{.:epw_new_process.png|}}
+Un descriptif est donné pour les paramètres, pour le visualiser passer la souris sur l'icône d'aide {{.:epw_help.png}}
+\\
+\\
+Pour la **requête masse**, les paramètres à saisir sont :
+  * le type d'instrument sur lequel on souhaite faire passer les échantillons. Ceci permet de choisir non pas l'instrument spécifiquement mais le modèle. Si le laboratoire est équipé de deux QTOF, Q1 et Q2, et d'un LTQ-FT, FT1, le choix se fera entre QTOF et LTQ-FT. Ce sont donc les caractéristiques des instruments qui sont choisies ici.
+  * le nombre d'injections à réaliser avec l'échantillon (correspond à un nombre d'acquisitions à réaliser)
+  * Commentaire : toute information pouvant être utile au responsable instrument pour l'acquisition
+\\
+Pour la **requête robot**, les paramètres à saisir sont :
+  * le load count : permet de spécifier le nombre de puits dans lesquels l'échantillon devra être splitté (à ne spécifier qu'en connaissance de cause). ceci n'est pas un aliquotage, l'échantillon sera repoolé à la fin de la préparation.
+  * Quantité de trypsine / Quantité de protéine : Une seule de ces informations est nécessaire. Elle permet de connaître la complexité de l'échantillon et de déterminer la quantité de trypsine nécessaire à la digestion. Pour les expert, la quantité de trypsine pourra être directement saisie.
+  * Type de séparation. Specifie le type de séparation dont est issu l'échantillon. De même que pour la quantité de protéine, cette information permet de connaître la complexité de l'échantillon.
+  * Commentaire : toute information pouvant être utile au responsable robot
-Néanmoins, les demandes de passage au robot ou en masse ne sont pas considérées comme des protocol_application puisque ce sont des données non persistantes.
-Enfin, certains protocol_application, tel que le mix ou le run robot, ont en entré plusieurs échantillons. Par conséquent ils doivent pouvoir être associés à plusieurs treatments. L'ajout d'une table d'indirection est donc nécessaire :

ePims

User Tools

Site Tools

Differences

Page Tools