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| Line 4: | Line 4: | ||
| * :!: **Nom de l'acquisition** | * :!: **Nom de l'acquisition** | ||
| + | * ( :!: ) **Le nom de l'étude ePims** à laquelle cette analyse se rattache | ||
| * :!: **Le nom ePims de l'échantillon** qui a été analysé | * :!: **Le nom ePims de l'échantillon** qui a été analysé | ||
| + | * **Le nom du responsable** de l'échantillon (celui auquel l'échantillon appartient) | ||
| * **Le nom de l'opérateur** qui a réalisé l'analyse sur l'instrument | * **Le nom de l'opérateur** qui a réalisé l'analyse sur l'instrument | ||
| * **La date** de l'acquisition | * **La date** de l'acquisition | ||
| * **La durée** de l'acquisition | * **La durée** de l'acquisition | ||
| * **La taille** du fichier d'acquisition | * **La taille** du fichier d'acquisition | ||
| - | * **La description** de l'acquisition | ||
| - | * **Le type** de l'acquisition : Peut être soit un controle (LC ou Instrument) soit un blanc soit une recherche | ||
| - | * **les fichiers associés** c'est-à-dire les spectres processés. | ||
| - | Les informations précédée de :!: sont absolument requise pour que eP-Back puisse transférer les données. Si eP-Back ne parvient pas à les retrouver, vous devrez les rentrer manuellement pour chaque analyse dans l'interface utilisateur d'eP-Back (voir [[..:user:ePBack]]). | + | Les informations précédée de :!: sont absolument requise pour que eP-Back puisse trasférer les données. Si eP-Back ne parvient pas à les retrouver, vous devrez les rentrer manuellement pour chaque analyse dans l'interface utilisateur d'eP-Back (voir [[..:user:ePBack]]). |
| + | |||
| + | FIXME Pour des raisons historiques, certaines informations sont obligatoires uniquement pour certains types d'instrument | ||
| + | |||
| + | |||
| + | Si certaines de ces informations sont enregistrée par défaut, d'autres doivent être saisies par l'opérateur de l'instrument dans certains champs de la sample-liste de sorte qu'elles apparaissent dans le fichier d'acquisition au moment où celui-ci est généré par l'instrument. Les champs utilisés étant spécifiques du type d'instrument, les paragraphes suivants décrivent les informations saisies et l'endroit où elles doivent être saisies et ce pour chaque type d'instrument supporté par ePims. | ||
| - | Si certaines de ces informations sont retrouvées automatiquement d'autres doivent être saisies par l'opérateur de l'instrument dans certains champs de la //sample-liste// de sorte qu'elles apparaissent dans le fichier d'acquisition au moment où celui-ci est généré par l'instrument. Les champs utilisés étant spécifiques au type d'instrument, les paragraphes suivants décrivent les informations saisies et l'endroit où elles doivent être saisies et ce pour chaque type d'instrument supporté par ePims. | ||
| Line 24: | Line 28: | ||
| * QToF Ultima | * QToF Ultima | ||
| - | Dans la //sample-list// de l'instrument, utiliser les colonnes suivantes (au besoin faire apparaitre ces colonnes dans l'affichage via le menu ''Customize Display'' en cliquant bouton droit dans la sample-list): | + | Dans la sample-list de l'instrument, utiliser les colonnes suivantes (au besoin faire apparaitre ces colonnes dans l'affichage via le menu ''Customize Display'' en cliquant bouton droit dans la sample-list): |
| * :!: **File Name** contient le nom de l'analyse (ce nom sera également celui du fichier généré par MassLynx) | * :!: **File Name** contient le nom de l'analyse (ce nom sera également celui du fichier généré par MassLynx) | ||
| + | * :!: **Task Code** contient le nom de l'étude ePims | ||
| * :!: **Job Code** contient le nom de l'échantillon ePims | * :!: **Job Code** contient le nom de l'échantillon ePims | ||
| * **User** contient le nom de l'opérateur de l'instrument | * **User** contient le nom de l'opérateur de l'instrument | ||
| - | * **Sample Description** contient la description de l'acquisition (cette information est uniquement affichée par eP-Back) | + | * **Submitter** contient le nom de la personne responsable de l'échantillon ePims |
| + | * **Sample Description** contient la description de l'échantillon (cette information est uniquement affichée par eP-Back) | ||
| + | |||
| + | \\ | ||
| + | __Fichiers spectres__ | ||
| + | |||
| + | * Nom : Deux fichiers sont considérés lorsqu'on considère les fichiers associés aux analyses. les fichiers correspondant à une analyse doivent avoir le même nom que l'analyse mais avec l'extension .pkl et .prp | ||
| + | * Localisation : tous les pkl doivent être localilsés dans un même répertoire (spécifié par l'utilisateur). Les prp sont recherchés dans le même répertoire que celui où sont les //raw files//. | ||
| - | La date, la durée et la taille de l'acquisition sont obtenues automatiquement depuis le raw file. Les seuls fichiers associés possible sont les spectres processés (au format pkl et prp) et doivent avoir le même nom que l'acquisition. La localisation de ces fichiers est configurable lors de l'exécution d'eP-Back. | ||
| - | Le type de l'acquisition dépend de la valeur spécifiée pour la nomenclature de l'échantillon : | ||
| - | FIXME: A Compléter ... Générale ou par instrument ?! | ||
| - | - blanc / controleLC / controleInst / <nomenclature_study> / test ? | ||
| Line 57: | Line 65: | ||
| * **Submitter** contient le nom de la personne responsable de l'échantillon ePims | * **Submitter** contient le nom de la personne responsable de l'échantillon ePims | ||
| + | \\ | ||
| + | __Fichiers spectres__ | ||
| + | * Nom : le nom du fichier de spectre pour une analyse est le même que le nom de l'analyse mais avec l'extention .mgf | ||
| + | * Localisation : les fichiers de spectres sont dans un sous-répertoire dta par rapport au répertoire contenant les raw file. | ||
| ===== Applied Biosystems ===== | ===== Applied Biosystems ===== | ||
| Line 66: | Line 78: | ||
| Dans le batch file de l'instrument les propriétés suivantes doivent être définies : | Dans le batch file de l'instrument les propriétés suivantes doivent être définies : | ||
| * :!: **Sample ID** contient le nom de l'échantillon ePims | * :!: **Sample ID** contient le nom de l'échantillon ePims | ||
| - | * :!: **Sample Name** contient le nom de l'acquisition | + | * **Sample Name** contient la description relative à l'acquisition de l'échantillon |
| - | * **Data File** correspond au nom du fichier wiff contenant l'acquisition | + | * **DataFile** le nom de l'acquisition |
| - | * **operateur** ou **operator**(custom column) corresondant au responsable instrument passant les échantillons. Le nom spécifié doit correspondre au login ePims | + | * **operator** corresondant au responsable instrument passant les échantillons. Le nom spécifié doit correspondre au login ePims |
| - | * **description** (custom column) contient la description de l'acquisition de l'échantillon | + | |
| + | \\ | ||
| + | __Fichiers spectres__ | ||
| + | * Nom : Les spectres processés doivent porter le même nom que le fichier d'acquisition mais avec l'extension .mgf | ||
| + | * Localisation : les fichiers de spectres se trouvent dans un sous répertoire //MGF// par rapport au répertoire contenant les acquisitions. | ||
| - | Pour chaque acquisition, il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'acquisition et se trouver dans un sous répertoire //MGF// par rapport au répertoire contenant les acquisitions. | + | \\ |
| - | De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un **Sample Name** différents qui ont un même **Data File**. | + | __Remarque :__ |
| - | Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une même étude. | + | Il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. Cette configuration est prise en compte par eP-Back. fichier wiff est alors copié une seule fois qu niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une même étude. |
| FIXME Autres cas à tester ... | FIXME Autres cas à tester ... | ||
| + | \\ | ||
| + | __Structure Projet__ | ||
| Au niveau d'Analyste (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie. | Au niveau d'Analyste (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie. | ||
| Le répertoire source spécifié à eP-Back peut se situer à deux niveaux: | Le répertoire source spécifié à eP-Back peut se situer à deux niveaux: | ||
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